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- PDB-6xmr: X-ray crystallographic structure model of Lactococcus lactis prol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmr
タイトルX-ray crystallographic structure model of Lactococcus lactis prolidase mutant H38S
要素Aminopeptidase P family protein
キーワードHYDROLASE / proline-specific / allosteric behaviour / substrate inhibition / dipeptidase / lactic acid bacteria / debittering of fermented foods
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peptidase M24 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xu, S. / Grochulski, P. / Tanaka, T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-06209-2016 カナダ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2017
タイトル: Crystallographic structure of recombinant Lactococcus lactis prolidase to support proposed structure-function relationships.
著者: Kgosisejo, O. / Chen, J.A. / Grochulski, P. / Tanaka, T.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase P family protein
B: Aminopeptidase P family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1446
ポリマ－79,9242
非ポリマー2204
水22,4651247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.760, 85.710, 117.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 1 - 362 / Label seq-ID: 1 - 362

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Aminopeptidase P family protein / Peptidase M24 family protein / Prolidase / Xaa-Pro dipeptidase


分子量: 39962.230 Da / 分子数: 2 / 変異: H38S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: pepQ, AMHIJAGA_00052, BW151_08640, FNJ58_07375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WBX8, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
22.550
1
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
277.152蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.70.1 M calcium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, 12-15% w/v PEG4000
277.151蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.750.1 M calcium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, 12-15% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→41.57 Å / Num. obs: 93477 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 7.18 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.68→1.76 Å / 冗長度: 7.45 % / Num. unique obs: 11518 / CC1/2: 0.623 / % possible all: 99.99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.89 Å41.57 Å
Translation4.89 Å41.57 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZNG

4zng


解像度: 1.7→41.57 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 4298 5.01 %
Rwork0.1645 81455 -
obs0.1662 85753 94.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.52 Å2 / Biso mean: 24.3819 Å2 / Biso min: 9.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→41.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5604 0 4 1247 6855
Biso mean--14.57 35.62 -
残基数----724
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2190X-RAY DIFFRACTION4.989TORSIONAL
12B2190X-RAY DIFFRACTION4.989TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.71930.32761240.276231981
1.7193-1.73960.29131260.2538238685
1.7396-1.76080.26221320.2357240985
1.7608-1.78310.25781300.233246588
1.7831-1.80650.27571280.2234249488
1.8065-1.83130.23491310.2172251189
1.8313-1.85740.29041350.2158255890
1.8574-1.88510.25571340.2109260291
1.8851-1.91460.23251430.2061258592
1.9146-1.9460.27051410.1951267894
1.946-1.97960.21671410.1802264393
1.9796-2.01550.21811410.1764269096
2.0155-2.05430.21711420.1694273895
2.0543-2.09620.17951420.1619272397
2.0962-2.14180.22081480.1619280997
2.1418-2.19160.18721460.1624277298
2.1916-2.24640.19721440.1625276197
2.2464-2.30720.20781480.1701281298
2.3072-2.37510.22421480.1622279698
2.3751-2.45170.17951510.1636282999
2.4517-2.53930.19761460.1658278599
2.5393-2.6410.19231500.1733282398
2.641-2.76120.22341500.1671282799
2.7612-2.90670.20981500.169285199
2.9067-3.08880.19051500.16012870100
3.0888-3.32720.17621530.14952898100
3.3272-3.66180.16471520.14382886100
3.6618-4.19120.16741540.13772917100
4.1912-5.27880.16261550.12222942100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.4357 Å / Origin y: -1.0123 Å / Origin z: -16.1359 Å
111213212223313233
T0.1168 Å2-0.0027 Å2-0.0009 Å2-0.106 Å2-0.0063 Å2--0.1191 Å2
L0.1416 °2-0.01 °2-0.0537 °2-0.0941 °2-0.0911 °2--0.1573 °2
S0.0023 Å °0.0094 Å °0.0096 Å °0.0125 Å °-0.007 Å °0.0061 Å °-0.0114 Å °0.009 Å °0.0044 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 362
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 362
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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