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- PDB-6xk5: Nitric Oxide Synthase from Bacillus subtilis in complex with 7-((... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xk5
タイトルNitric Oxide Synthase from Bacillus subtilis in complex with 7-((3-(((4-(6-aminopyridin-2-yl)butyl)amino)methyl)phenoxy)methyl)quinolin-2-amine
要素Nitric oxide synthase oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/Inhibitor / Inhibitor / Nitric Oxide Synthase / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-V4Y / Nitric oxide synthase oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Lewis, M.C. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131920 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Selective Anti-MRSA inhibitors targeting Nitric Oxide Synthase
著者: Lewis, M.C. / Poulos, T.L.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1297
ポリマ－41,7871
非ポリマー1,3426
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.320, 94.990, 61.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1144-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase oxygenase / NOSoxy-like protein


分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: nos, yflM, BSU07630 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O34453, nitric-oxide synthase (flavodoxin)

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非ポリマー , 5種, 206分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-V4Y / 7-{[3-({[3-(6-aminopyridin-2-yl)propyl]amino}methyl)phenoxy]methyl}quinolin-2-amine


分子量: 413.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 60 mM BisTris and 40mM citric acid pH 7.6 and 20% vol/vol polyethylene glycol (PEG) 3350, and 1% propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→34.12 Å / Num. obs: 37828 / % possible obs: 93.72 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 23.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04175 / Rpim(I) all: 0.04175 / Rrim(I) all: 0.05904 / Net I/σ(I): 7.53
反射 シェル解像度: 1.87→1.937 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 3559 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.322 / Rrim(I) all: 0.4554

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D3J

4d3j


解像度: 1.87→34.12 Å / SU ML: 0.2241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.2518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1998 5.34 %
Rwork0.1976 35396 -
obs0.2002 37394 93.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→34.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2940 0 93 200 3233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01263115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39654230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6994433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.920.35071340.27872400X-RAY DIFFRACTION91.02
1.92-1.970.30031370.25092418X-RAY DIFFRACTION90.96
1.97-2.030.27191380.23632452X-RAY DIFFRACTION91.71
2.03-2.090.28771370.22222418X-RAY DIFFRACTION91.68
2.09-2.170.2811370.22192444X-RAY DIFFRACTION91.36
2.17-2.250.26091390.21462445X-RAY DIFFRACTION91.63
2.25-2.360.23721400.2182481X-RAY DIFFRACTION92.42
2.36-2.480.22711430.21872528X-RAY DIFFRACTION94.38
2.48-2.640.2861460.2182589X-RAY DIFFRACTION96.85
2.64-2.840.25061480.21582621X-RAY DIFFRACTION96.85
2.84-3.120.26451470.21212589X-RAY DIFFRACTION95.7
3.12-3.580.23391470.19232602X-RAY DIFFRACTION96.09
3.58-4.50.21891500.1582671X-RAY DIFFRACTION96.71
4.5-34.120.21851550.16682738X-RAY DIFFRACTION94.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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