PDB-6xj5: Carboxypeptidase G2 modified with a versatile bioconjugate for me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xj5

タイトル

Carboxypeptidase G2 modified with a versatile bioconjugate for metalloprotein design

要素

(Carboxypeptidase G2) x 2

キーワード

HYDROLASE / metalloprotein design / bivalent metal ion co-ordination / bis-imidazoles / bioconjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate carboxypeptidase / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Yachnin, B.J. / Hansen, W.A. / Khare, S.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: A Bis(imidazole)-based cysteine labeling tool for metalloprotein assembly.
著者: Ahmad, R. / Tyryshkin, A.M. / Xie, L. / Hansen, W.A. / Yachnin, B.J. / Emge, T.J. / Mashrai, A. / Khare, S.D. / Knapp, S.

履歴

登録	2020年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xj5.cif.gz	570.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xj5.ent.gz	440 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xj5_validation.pdf.gz	542.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xj5_full_validation.pdf.gz	598.7 KB	表示
XML形式データ	6xj5_validation.xml.gz	107.8 KB	表示
CIF形式データ	6xj5_validation.cif.gz	143.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cg2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xj5-3 6xj5-2 6xj5-4 1mxw-3 7kkm-d 1m5b-3 1mxv-3 4m7e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Carboxypeptidase G2

B: Carboxypeptidase G2

C: Carboxypeptidase G2

D: Carboxypeptidase G2

E: Carboxypeptidase G2

F: Carboxypeptidase G2

G: Carboxypeptidase G2

H: Carboxypeptidase G2

ヘテロ分子

357 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carboxypeptidase G2

B: Carboxypeptidase G2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected.
89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carboxypeptidase G2

D: Carboxypeptidase G2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected.
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Carboxypeptidase G2

F: Carboxypeptidase G2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected.
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Carboxypeptidase G2

H: Carboxypeptidase G2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected.
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.120, 188.460, 124.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Carboxypeptidase G2 / CPDG2 / Folate hydrolase G2 / Glutamate carboxypeptidase / Pteroylmonoglutamic acid hydrolase G2 分子量: 44006.871 Da / 分子数: 4 / 変異: S203C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain RS-16) (バクテリア) 株: RS-16 / 遺伝子: cpg2 / Variant: S203C / プラスミド: pSpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06621, glutamate carboxypeptidase
#2: タンパク質	Carboxypeptidase G2 / CPDG2 / Folate hydrolase G2 / Glutamate carboxypeptidase / Pteroylmonoglutamic acid hydrolase G2 分子量: 44195.102 Da / 分子数: 4 / 変異: S203C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain RS-16) (バクテリア) 株: RS-16 / 遺伝子: cpg2 / Variant: S203C / プラスミド: pSpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06621, glutamate carboxypeptidase
#3: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM ...詳細: Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 supplemented with 0.1 M ZnSO4

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.11→41.5 Å / Num. obs: 59536 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.389 / R_pim(I) all: 0.164 / R_rim(I) all: 0.423 / R_sym value: 0.389 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 3.11→3.16 Å / 冗長度: 6.91 % / R_merge(I) obs: 1.949 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2967 / CC_1/2: 0.358 / R_pim(I) all: 0.793 / R_rim(I) all: 2.106 / R_sym value: 1.949 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2	0.5.898-g5f4e2fb3-dials-1.14	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
xia2	0.5.898-g5f4e2fb3-dials-1.14	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CG2

1cg2

解像度: 3.11→41.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.881 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / WR_factor R_free: 0.305 / WR_factor R_work: 0.269 / SU B: 36.846 / SU ML: 0.611 / Average fsc free: 0.7976 / Average fsc work: 0.8148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.603 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3086	2981	5.009 %
R_work	0.2713	56534	-
all	0.273	-	-
obs	-	59515	99.784 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.783 Å²	0 Å²	1.683 Å²
2-	-	1.256 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.517 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.11→41.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21355	0	66	120	21541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	21757
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	19373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.144	1.638	29633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.145	1.578	44294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.069	5	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.754	23.672	817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.918	15	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	4.714	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.485	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.022	0.2	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	25923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	5275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	18596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	10807
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	9844
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.135	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.297	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.095	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.762	7.269	12417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.762	7.269	12415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.357	10.903	15502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.357	10.903	15502
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.654	7.228	9340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.653	7.228	9336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.002	10.85	14131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.002	10.849	14126
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.973	89.764	23613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.955	89.794	23598
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	10566
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.094	0.05	10739
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.085	0.05	10473
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.092	0.05	10576
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.08	0.05	10514
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.078	0.05	10603
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.069	0.05	11006
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.094	0.05	10683
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.092	0.05	10494
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.099	0.05	10478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.082	0.05	10404
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.08	0.05	10612
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.085	0.05	10691
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.09	0.05	10568
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.091	0.05	10621
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.08	0.05	10606
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.079	0.05	10651
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.085	0.05	10813
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.082	0.05	10653
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.076	0.05	10346
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.07	0.05	10421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.079	0.05	10576
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.076	0.05	10338
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.081	0.05	10463
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.085	0.05	10563
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.071	0.05	10347
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.072	0.05	10549
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.064	0.05	10699

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.11-3.19	0.395	195	0.359	4208	0.361	4405	0.508	0.498	99.9546	0.358
3.19-3.277	0.358	210	0.347	4086	0.347	4300	0.61	0.658	99.907	0.343
3.277-3.372	0.37	153	0.327	3924	0.329	4081	0.67	0.7	99.902	0.323
3.372-3.475	0.36	195	0.307	3853	0.309	4048	0.737	0.77	100	0.298
3.475-3.588	0.329	182	0.289	3737	0.291	3920	0.795	0.815	99.9745	0.28
3.588-3.713	0.295	177	0.281	3538	0.281	3732	0.83	0.833	99.5445	0.27
3.713-3.852	0.352	215	0.278	3427	0.282	3642	0.783	0.838	100	0.267
3.852-4.008	0.301	222	0.26	3356	0.262	3582	0.839	0.869	99.8883	0.25
4.008-4.184	0.32	156	0.239	3171	0.242	3333	0.864	0.897	99.82	0.231
4.184-4.386	0.269	175	0.239	3058	0.241	3235	0.874	0.876	99.9382	0.232
4.386-4.62	0.333	172	0.228	2910	0.233	3083	0.836	0.899	99.9676	0.223
4.62-4.897	0.251	148	0.222	2730	0.223	2882	0.898	0.913	99.8612	0.217
4.897-5.23	0.274	166	0.232	2577	0.234	2744	0.911	0.926	99.9636	0.231
5.23-5.641	0.279	114	0.282	2465	0.282	2581	0.887	0.89	99.9225	0.28
5.641-6.168	0.342	118	0.28	2209	0.283	2329	0.853	0.889	99.9141	0.284
6.168-6.877	0.325	103	0.28	2039	0.282	2142	0.863	0.897	100	0.288
6.877-7.905	0.262	95	0.245	1819	0.246	1914	0.917	0.911	100	0.26
7.905-9.595	0.276	91	0.241	1527	0.243	1619	0.929	0.927	99.9382	0.259
9.595-13.221	0.272	58	0.263	1202	0.263	1264	0.896	0.919	99.6835	0.28
13.221-41.5	0.413	36	0.401	698	0.401	779	0.778	0.871	94.2234	0.431

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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