PDB-6xj0: Crystal structure of multi-copper oxidase from Pediococcus pentosaceus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xj0

タイトル

Crystal structure of multi-copper oxidase from Pediococcus pentosaceus

要素

Multicopper oxidase mco

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LACCASE / COPPER OXIDASE / ACOUSTIC DROPLET EJECTION / LIGNIN / COMBINATORIAL CRYSTALLIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pediococcus pentosaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Pardo, I. / Soares, A.S. / Collins, R. / Partowmah, S.H. / Coler, E.A.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM111244	米国
Department of Energy (DOE, United States)	KP1605010
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R21GM129570-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1P30GM133893	米国
Department of Energy (DOE, United States)	BER- BO 070	米国
Department of Energy (DOE, United States)	BES-FWP-PS001	米国

引用

ジャーナル: Microb Biotechnol / 年: 2021
タイトル: Structural analysis and biochemical properties of laccase enzymes from two Pediococcus species.
著者: Olmeda, I. / Casino, P. / Collins, R.E. / Sendra, R. / Callejon, S. / Huesa, J. / Soares, A.S. / Ferrer, S. / Pardo, I.

履歴

登録	2020年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xj0.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xj0.ent.gz	98.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xj0_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xj0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6xj0_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	6xj0_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xizC 6z0jC 6z0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vsr-d 3vss-d 6wcm-d 4eam-1 6m0d-d 5k5u-d 4m8j-d 6gcz-d 3mcx-d 3n2s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Multicopper oxidase mco

ヘテロ分子

57.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.370, 127.370, 75.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Multicopper oxidase mco 分子量: 57261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pediococcus pentosaceus (バクテリア) 遺伝子: mco, NCTC8066_01952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A379CCN4, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-C2O / CU-O-CU LINKAGE / 酸化銅(I) 分子量: 143.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.05 % 解説: Flat plate like single crystals formed on Mylar surface. Other tested surfaces (glass, Kapton, poly propylene, poly ethylene, and COC) yielded poorly diffracting crystals, micro crystals, or poly-crystals.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Crystallization screening accomplished using combinatorial crystallization strategy. Separate libraries of precipitants, buffers, and additives were combinatorially combined with protein (11 ...詳細: Crystallization screening accomplished using combinatorial crystallization strategy. Separate libraries of precipitants, buffers, and additives were combinatorially combined with protein (11 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCL pH 7.0) in situ on the crystallization plate. Final concentrations of mother liquor: Buffer: 83 mM Sodium Citrate pH 4.0 Additives: 670 mM lithium sulfate, 8 mM L-glutamine, 8 mM L-Aspartic acid, 8 mM glycine, 8 mM trans-4-hydroxy-L-proline. Reservoir solution:Precipitant: 2 M lithium sulfate Crystals only grow on Mylar surface (many surfaces were tested).

結晶

マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
解説: Flat plate like single crystals formed on Mylar surface. Other tested surfaces (glass, Kapton, poly propylene, poly ethylene, and COC) yielded poorly diffracting crystals, micro crystals, or poly-crystals.

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Crystallization screening accomplished using combinatorial crystallization strategy. Separate libraries of precipitants, buffers, and additives were combinatorially combined with protein (11 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→110.31 Å / Num. obs: 29876 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.73 % / CC_1/2: 0.955 / R_merge(I) obs: 0.335 / Net I/σ(I): 4.47
反射シェル	解像度: 2.34→2.4 Å / R_merge(I) obs: 0.707 / Num. unique obs: 2116 / CC_1/2: 0.622 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.34→110.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 7.312 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22256	1483	5 %	RANDOM
R_work	0.18192	-	-	-
obs	0.18399	28375	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.107 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.34→110.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4032	0	7	443	4482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	4177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.856	1.948	5678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.993	3	8870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.537	5	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.751	24.35	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.722	15	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.233	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.057	2.721	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.058	2.719	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.146	4.072	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.146	4.075	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.957	3.024	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.951	3.025	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.759	4.394	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.754	22.294	4863
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.445	22.083	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.4 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	80	-
R_work	0.338	2027	-
obs	-	-	96.03 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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