[日本語] English
万見
- PDB-6xg7: 1.3 A Resolution Structure of the of the NHL Repeat Region of D. ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xg7
タイトル1.3 A Resolution Structure of the of the NHL Repeat Region of D. melanogaster Thin
要素Thin, isoform D
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / BETA-PROPELLER / LIMB GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY TYPE 2H
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid biosynthetic process / larval locomotory behavior / myofibril assembly / Neutrophil degranulation / muscle cell development / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / translation repressor activity / positive regulation of glycolytic process / Z disc ...positive regulation of amino acid biosynthetic process / larval locomotory behavior / myofibril assembly / Neutrophil degranulation / muscle cell development / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / translation repressor activity / positive regulation of glycolytic process / Z disc / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of translation / protein ubiquitination / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Thin, isoform D / Thin, isoform C
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kashipathy, M.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Bawa, S. / Geisbrecht, E.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2021
タイトル: Costameric integrin and sarcoglycan protein levels are altered in a Drosophila model for Limb-girdle muscular dystrophy type 2H.
著者: Bawa, S. / Gameros, S. / Baumann, K. / Brooks, D.S. / Kollhoff, J.A. / Zolkiewski, M. / Re Cecconi, A.D. / Panini, N. / Russo, M. / Piccirillo, R. / Johnson, D.K. / Kashipathy, M.M. / ...著者: Bawa, S. / Gameros, S. / Baumann, K. / Brooks, D.S. / Kollhoff, J.A. / Zolkiewski, M. / Re Cecconi, A.D. / Panini, N. / Russo, M. / Piccirillo, R. / Johnson, D.K. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Bouyain, S.E.A. / Kawakami, J. / Geisbrecht, E.R.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thin, isoform D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4703
ポリマ－33,1801
非ポリマー2902
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.633, 51.917, 105.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Thin, isoform D


分子量: 33179.645 Da / 分子数: 1 / 断片: NHL Repeat Region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: tn, Abba, abba, Dmel\CG15105, l(2)tn, CG15105, Dmel_CG15105
プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4LFP7, UniProt: B7YZK8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.84 % / Mosaicity: 0.05 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46.55 Å / Num. obs: 58203 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 376145 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.3-1.326.60.9911870628360.651.899.9
7.12-46.555.60.05424294320.99725.999.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.35 Å39.51 Å
Translation5.35 Å39.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIXdev_3581精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D69

6d69


解像度: 1.3→33.11 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 16.62 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: All atoms except waters were refined with anisotropic atomic displacement parameters.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 2995 5.15 %
Rwork0.1381 55123 -
obs0.14 58118 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.82 Å2 / Biso mean: 17.5089 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→33.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2207 0 16 247 2470
Biso mean--46 28.97 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0043218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.156862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3-1.32130.25941510.20652574100
1.3213-1.34410.24011360.19742594100
1.3441-1.36850.25721450.18372620100
1.3685-1.39490.24941390.19112562100
1.3949-1.42330.22051440.17352592100
1.4233-1.45430.25191400.16722583100
1.4543-1.48810.20821310.15432605100
1.4881-1.52530.22331400.13822627100
1.5253-1.56660.17351490.12582583100
1.5666-1.61270.19021470.12522574100
1.6127-1.66470.17521440.12622626100
1.6647-1.72420.1931260.13142647100
1.7242-1.79320.17991420.12892601100
1.7932-1.87480.17671460.12962606100
1.8748-1.97370.16141550.11862608100
1.9737-2.09730.16881340.11762652100
2.0973-2.25920.14051240.12312665100
2.2592-2.48650.16171410.12432641100
2.4865-2.84610.15931630.14242652100
2.8461-3.58520.15751640.14142674100
3.5852-33.110.16951340.1448283799

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る