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万見
- PDB-6xfv: CRYSTAL STRUCTURE OF RAR-RELATED ORPHAN RECEPTOR C IN COMPLEX WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAR-RELATED ORPHAN RECEPTOR C IN COMPLEX WITH A NOVEL INVERSE AGONIST
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードTRANSCRIPTION/Agonist / RORGT / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR / LIGAND-BINDING DOMAIN / INVERSE AGONIST / TRANSCRIPTION-Agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V27 / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sack, J.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of (3S,4S)-3-methyl-3-(4-fluorophenyl)-4-(4-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxyprop-2-yl)phenyl)pyrrolidines as novel ROR gamma t inverse agonists.
著者: Jiang, B. / Duan, J.J. / Stachura, S. / Karmakar, A. / Hemagiri, H. / Raut, D.K. / Gupta, A.K. / Weigelt, C.A. / Khan, J. / Sack, J.S. / Wu, D.R. / Yarde, M. / Shen, D.R. / Galella, M.A. / ...著者: Jiang, B. / Duan, J.J. / Stachura, S. / Karmakar, A. / Hemagiri, H. / Raut, D.K. / Gupta, A.K. / Weigelt, C.A. / Khan, J. / Sack, J.S. / Wu, D.R. / Yarde, M. / Shen, D.R. / Galella, M.A. / Mathur, A. / Zhao, Q. / Salter-Cid, L.M. / Carter, P.H. / Dhar, T.G.M.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5364
ポリマ－61,4232
非ポリマー1,1132
水1,31573
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2682
ポリマ－30,7111
非ポリマー5571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2682
ポリマ－30,7111
非ポリマー5571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.867, 97.867, 130.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 30711.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-V27 / 1-(4-{(3S,4S)-4-[4-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-3-methyl-3-phenylpyrrolidine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)ethan-1-one


分子量: 556.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30F6N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0M NaAcetate, 0.3 M NaSCN, 0.1M Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.93 Å / Num. obs: 38454 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 50.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5573 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (20-MAY-2020)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BN6

6bn6


解像度: 2.15→48.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1925 5.01 %RANDOM
Rwork0.2528 ---
obs0.2541 38412 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8544 Å20 Å20 Å2
2---4.8544 Å20 Å2
3---9.7088 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3534 0 78 73 3685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093686HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.894984HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1334SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes658HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3686HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion456SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2901SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.17 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 -5.98 %
Rwork0.2182 723 -
all0.2218 769 -
obs--95.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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