PDB-6xex: Structure of Serratia marcescens 2,3-butanediol dehydrogenase mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xex

タイトル

Structure of Serratia marcescens 2,3-butanediol dehydrogenase mutant Q247A/V139Q

要素

2,3-butanediol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BDH

機能・相同性

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Meso-2,3-butanediol dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Phylogenetics-based identification and characterization of a superior 2,3-butanediol dehydrogenase for Zymomonas mobilis expression.
著者: Subramanian, V. / Lunin, V.V. / Farmer, S.J. / Alahuhta, M. / Moore, K.T. / Ho, A. / Chaudhari, Y.B. / Zhang, M. / Himmel, M.E. / Decker, S.R.

履歴

登録	2020年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xex.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xex.ent.gz	92.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xex_validation.pdf.gz	794.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xex_full_validation.pdf.gz	797.1 KB	表示
XML形式データ	6xex_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	6xex_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vspC 6xewC 4ni5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ipf-2 3wtb-2 4one-d 3ay7-1 3wtb-1 3aus-1 4ure-1 4rf3-1 3aut-1 4m8s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.800, 108.800, 83.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	2,3-butanediol dehydrogenase / 3-oxoacyl-ACP reductase / SDR family oxidoreductase 分子量: 27911.709 Da / 分子数: 2 / 変異: Q247A/V139Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: budC, A8A12_06140, FG174_10665 / 発現宿主: Zymomonas mobilis (バクテリア) / 参照: UniProt: H9XP47, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, pH 6-7, 6-15% w/v PEG3350 / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月28日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→42.025 Å / Num. obs: 46796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.99 % / R_sym value: 0.0925 / Net I/σ(I): 21.68
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 6911 / R_sym value: 0.7928

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PROTEUM PLUS		データ収集
PROTEUM PLUS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4NI5

4ni5

解像度: 1.8→42.025 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2095	2318	4.97 %
R_work	0.1603	44318	-
all	0.163	-	-
obs	-	46636	99.782 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.139 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.139 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.279 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3681	0	66	542	4289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.625	5293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.485	1.582	8460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.613	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.716	22.186	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.216	15	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.824	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.139	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.189	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.928	2.196	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.927	2.195	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.641	3.289	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.64	3.29	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.683	2.556	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.682	2.557	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.047	3.691	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.046	3.692	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.776	28.648	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.54	27.977	4414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.342	164	0.295	3227	X-RAY DIFFRACTION	99.0941
1.847-1.897	0.304	164	0.241	3103	X-RAY DIFFRACTION	99.543
1.897-1.952	0.278	166	0.225	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.8764
1.952-2.012	0.261	148	0.21	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.9048
2.012-2.078	0.294	152	0.201	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.222	168	0.177	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.8295
2.151-2.232	0.191	134	0.165	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.232-2.323	0.198	138	0.153	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.7079
2.323-2.427	0.204	134	0.159	2514	X-RAY DIFFRACTION	99.8492
2.427-2.545	0.224	135	0.153	2384	X-RAY DIFFRACTION	99.7624
2.545-2.682	0.228	125	0.155	2284	X-RAY DIFFRACTION	99.917
2.682-2.845	0.212	125	0.15	2150	X-RAY DIFFRACTION	99.9122
2.845-3.041	0.223	95	0.147	2051	X-RAY DIFFRACTION	99.814
3.041-3.284	0.173	89	0.149	1926	X-RAY DIFFRACTION	99.9008
3.284-3.597	0.195	87	0.142	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.8933
3.597-4.021	0.17	79	0.133	1616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.021-4.64	0.172	76	0.12	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.8672
4.64-5.678	0.171	66	0.127	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
5.678-8.008	0.185	44	0.152	983	X-RAY DIFFRACTION	100
8.008-42.025	0.147	29	0.161	590	X-RAY DIFFRACTION	98.7241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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