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- PDB-6xc0: Crystal structure of bacteriophage T4 spackle and lysozyme in mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xc0
タイトルCrystal structure of bacteriophage T4 spackle and lysozyme in monoclinic form
要素
  • Lysozyme
  • Protein spackle
キーワードHYDROLASE / lysozyme / spackle
機能・相同性
機能・相同性情報


superinfection exclusion / host cell periplasmic space / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process ...superinfection exclusion / host cell periplasmic space / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein spackle / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Gp5, C-terminal / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / SUCCINIC ACID / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Protein spackle
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia virus T4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Shi, K. / Oakland, J.T. / Kurniawan, F. / Moeller, N.H. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of superinfection exclusion by bacteriophage T4 Spackle.
著者: Shi, K. / Oakland, J.T. / Kurniawan, F. / Moeller, N.H. / Banerjee, S. / Aihara, H.
履歴
登録2020年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
B: Lysozyme
C: Protein spackle
D: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,64816
ポリマ－64,4144
非ポリマー1,23412
水8,953497
1
A: Lysozyme
C: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7698
ポリマ－32,2072
非ポリマー5626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysozyme
D: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8798
ポリマ－32,2072
非ポリマー6726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.310, 127.597, 46.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.245, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 276 through 292 or resid 294 through 324 or resid 326 through 341))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 276 through 292 or resid 294 through 324 or resid 326 through 341))
d_1ens_2(chain "C" and (resid 23 through 28 or resid 30...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 23 through 28 or resid 30...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAPHEPHEAA276 - 292103 - 119
d_12ens_1THRTHRALAALAAA294 - 324121 - 151
d_13ens_1ARGARGVALVALAA326 - 341153 - 168
d_21ens_1ALAALAPHEPHEBB276 - 292103 - 119
d_22ens_1THRTHRALAALABB294 - 324121 - 151
d_23ens_1ARGARGVALVALBB326 - 341153 - 168
d_11ens_2GLYGLYLEULEUCC23 - 2823 - 28
d_12ens_2GLUGLUVALVALCC30 - 6330 - 63
d_13ens_2LYSLYSTYRTYRCC65 - 8065 - 80
d_14ens_2ASPASPGLUGLUCC82 - 9782 - 97
d_21ens_2GLYGLYLEULEUDD23 - 2823 - 28
d_22ens_2GLUGLUVALVALDD30 - 6330 - 63
d_23ens_2LYSLYSTYRTYRDD65 - 8065 - 80
d_24ens_2ASPASPGLUGLUDD82 - 9782 - 97

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99997316721, -0.00588985569741, 0.00435596833749), (-0.0059107119852, -0.999971055891, 0.0047907059717), (0.00432762569101, -0.00481632429795, -0.999979037118)18.951937014, 32.7935977049, -23.5611777041
2given(0.997083079121, -0.0178245429379, 0.0742133343763), (-0.01858287462, -0.999781806094, 0.0095402816724), (0.0740270903187, -0.0108915505134, -0.997196752916)20.7229941364, 32.6875926631, -22.1967726456

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Lysozyme / Baseplate central spike complex protein gp5 / Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5


分子量: 20131.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16009, lysozyme
#2: タンパク質 Protein spackle


分子量: 12075.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス) / 遺伝子: sp, 61.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39230

-
非ポリマー , 6種, 509分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→127.43 Å / Num. obs: 44738 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 25.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6478 / CC1/2: 0.708

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6x6o, 1wth

6x6o

1wth


解像度: 1.78→63.8 Å / SU ML: 0.2522 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 2286 5.11 %
Rwork0.156 42407 -
obs0.1581 44693 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→63.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3838 0 75 497 4410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01274047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17335444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0625585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.04021569
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.289632917377
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.571348749527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.820.37671430.3042542X-RAY DIFFRACTION96.27
1.82-1.860.27981630.26882639X-RAY DIFFRACTION97.9
1.86-1.910.31781500.24712633X-RAY DIFFRACTION98.27
1.91-1.960.28131450.22842657X-RAY DIFFRACTION98.66
1.96-2.020.29541190.22012638X-RAY DIFFRACTION97.21
2.02-2.080.23041220.18132681X-RAY DIFFRACTION99.15
2.08-2.160.21111550.17382646X-RAY DIFFRACTION98.73
2.16-2.240.20891450.16672644X-RAY DIFFRACTION98.9
2.24-2.350.22291460.14972663X-RAY DIFFRACTION99.08
2.35-2.470.22341340.14642629X-RAY DIFFRACTION97.39
2.47-2.620.18121500.14752688X-RAY DIFFRACTION99.2
2.62-2.830.20381500.14932646X-RAY DIFFRACTION99.33
2.83-3.110.18421340.15482684X-RAY DIFFRACTION98.88
3.11-3.560.16431470.13642664X-RAY DIFFRACTION98.22
3.56-4.490.17181210.12212700X-RAY DIFFRACTION99.02
4.49-63.80.15791620.14192653X-RAY DIFFRACTION97.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.15394925147-4.91153532066-1.929194704395.25732018865.902846872379.52003773836-0.0167060826687-0.384033195798-0.3070552314560.103534656820.04026956182770.4830129437530.221524512843-0.4411013915220.04397808841110.2329684597030.0119109478360.005102586340040.2146808862210.05726750432690.197000766108-25.90145958022.94676309893-18.2536925659
27.45998062742-0.381192060045-1.903597835745.365124192914.645435962236.836157292710.0127690632245-0.001443769640050.243638688429-0.2411336779780.141581492955-0.167664154931-0.2441964547410.324951071252-0.1167376194740.18113380019-0.0122054529218-0.02686099083750.1527809418840.02226269280190.134648610194-12.5446856909-2.47358266934-12.704005961
38.64895896775-4.71320343908-2.411257921453.079352777150.4184964256472.407141381860.0436010463558-0.1297969068520.1081093012190.06982761660490.0738584746758-0.428356654079-0.1060442094311.14236235209-0.07072744487330.255467895504-0.0120864072479-0.01128181029880.389412257064-0.02866387103810.251582903637-4.444592591430.890853822424-9.58974471448
47.31757503563-0.6009767329681.032775025488.74685104766-2.761405675866.078942178650.0881697236303-0.0288661734749-0.104357199840.151067157999-0.0613283375441-0.2507143784560.1272036646170.382338182422-0.02742421777940.2078998236280.00569825854227-0.02491215756490.187442452546-0.002731445495780.0991285258547-11.1867410405-3.01406362015-0.735027847263
51.74204990991-0.22603947546-0.2769678901349.4543900637-7.676455069628.30152602734-0.237791149981-0.1675624460350.2316293678060.7423999549970.299141631595-0.299879509603-0.777611975003-0.362955667115-0.06581332253240.2741052372820.0763205293844-0.02827770593590.259265737111-0.04943851887510.183646946254-21.59025702069.38927537174-8.49842013393
61.65323924348-0.703256296378-0.3224174752251.98465055438-0.4987002786372.90860003435-0.0112576985560.03612607229270.2065871680720.1130811519830.0158509269171-0.10280943423-0.1847373544860.0691122257059-0.008248173029660.170959883403-0.01672269138240.004392871659520.161729155950.01000400428060.197590144837-20.831854814914.721929116-27.3622702088
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 175 through 184 )AA175 - 1841 - 10
22chain 'A' and (resid 185 through 204 )AA185 - 20411 - 31
33chain 'A' and (resid 205 through 213 )AA205 - 21332 - 40
44chain 'A' and (resid 214 through 237 )AA214 - 23741 - 64
55chain 'A' and (resid 238 through 258 )AA238 - 25865 - 85
66chain 'A' and (resid 259 through 333 )AA259 - 33386 - 162
77chain 'A' and (resid 334 through 341 )AA334 - 341163 - 170
88chain 'B' and (resid 175 through 184 )BE175 - 1841 - 10
99chain 'B' and (resid 185 through 204 )BE185 - 20411 - 30
1010chain 'B' and (resid 205 through 213 )BE205 - 21331 - 39
1111chain 'B' and (resid 214 through 237 )BE214 - 23740 - 64
1212chain 'B' and (resid 238 through 258 )BE238 - 25865 - 85
1313chain 'B' and (resid 259 through 291 )BE259 - 29186 - 119
1414chain 'B' and (resid 292 through 320 )BE292 - 320120 - 149
1515chain 'B' and (resid 321 through 333 )BE321 - 333150 - 162
1616chain 'B' and (resid 334 through 341 )BE334 - 341163 - 170
1717chain 'C' and (resid 23 through 36 )CH23 - 361 - 15
1818chain 'C' and (resid 37 through 55 )CH37 - 5516 - 34
1919chain 'C' and (resid 56 through 70 )CH56 - 7035 - 49
2020chain 'C' and (resid 71 through 98 )CH71 - 9850 - 78
2121chain 'D' and (resid 23 through 36 )DJ23 - 361 - 15
2222chain 'D' and (resid 37 through 55 )DJ37 - 5516 - 34
2323chain 'D' and (resid 56 through 70 )DJ56 - 7035 - 50
2424chain 'D' and (resid 71 through 86 )DJ71 - 8651 - 67
2525chain 'D' and (resid 87 through 97 )DJ87 - 9768 - 78

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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