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- PDB-6x8o: BimBH3 peptide tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x8o
タイトルBimBH3 peptide tetramer
要素Bcl-2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Bim / Cell Death / Bcl-2 / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / tube formation / mammary gland development / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / B cell homeostasis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Bcl-2-like protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Westphal, D. / Uson, I. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079700 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Biophysical Characterization of Pro-apoptotic BimBH3 Peptides Reveals an Unexpected Capacity for Self-Association.
著者: Assafa, T.E. / Nandi, S. / Smilowicz, D. / Galazzo, L. / Teucher, M. / Elsner, C. / Putz, S. / Bleicken, S. / Robin, A.Y. / Westphal, D. / Uson, I. / Stoll, R. / Czabotar, P.E. / Metzler-Nolte, N. / Bordignon, E.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 11
B: Bcl-2-like protein 11
C: Bcl-2-like protein 11
D: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1495
ポリマ－13,0914
非ポリマー581
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area6190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.560, 37.560, 128.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3272.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG600, 0.05 M Tris-HCl, 0.15 M potassium thiocyanate, 0.5% CHAPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→31.53 Å / Num. obs: 48375 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 22.97
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsRsym valueDiffraction-ID
3.92-31.5318300.0241
2.78-3.9233040.0281
2.27-3.9242420.0411
1.97-2.2750250.0611
1.76-1.9757270.1011
1.61-1.7663510.1581
1.49-1.6168210.231
1.39-1.4973900.3941
1.31-1.3976850.5711

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→31.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1683 --
Rwork0.1398 --
obs-259981 99.66 %
原子変位パラメータBiso mean: 12.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→31.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 3 177 1104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99611432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9531659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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