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- PDB-6x7o: LnmK in complex with 2-sulfonate-propionyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x7o
タイトルLnmK in complex with 2-sulfonate-propionyl-CoA
要素Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / transferase / lyase / inhibitor / isostere / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


S-acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / LnmK, N-terminal / LnmK N-terminal Hot Dog Fold domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-sulfonatepropionyl-CoA / (2S)-sulfonatepropionyl-CoA / Conserved hypthetical protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces atroolivaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Stunkard, L.M. / Kick, B.J. / Lohman, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structures of LnmK, a Bifunctional Acyltransferase/Decarboxylase, with Substrate Analogues Reveal the Basis for Selectivity and Stereospecificity.
著者: Stunkard, L.M. / Kick, B.J. / Lohman, J.R.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5727
ポリマ－35,3801
非ポリマー2,1926
水5,260292
1
A: Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
ヘテロ分子

A: Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,14414
ポリマ－70,7612
非ポリマー4,38312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area4970 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.110, 61.110, 312.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase


分子量: 35380.387 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces atroolivaceus (バクテリア)
遺伝子: LnmK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GGP1
#2: 化合物 ChemComp-YXS / (2S)-sulfonatepropionyl-CoA / (2~{S})-1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-1-oxidanylidene-propane-2-sulfonic acid


分子量: 903.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O20P3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-YXR / (2R)-sulfonatepropionyl-CoA / (2~{R})-1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]me thoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfany l]-1-oxidanylidene-propane-2-sulfonic acid


分子量: 903.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O20P3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3% PEG400, 67 mM Bis-Tris pH 6.5, 33 mM Bis-Tris pH 7.5, 28% PEG3350
PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月17日 / 詳細: MD2 microdifractometer
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 51831 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 29.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 101.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 17.1 % / Rmerge(I) obs: 1.352 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5079 / Rsym value: 1.23 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HZO

4hzo


解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.655 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2608 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 49087 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.29 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2358 0 88 292 2738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9991.6723443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5071.5945193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1645315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9719.803152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05715374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5531530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2230.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 168 -
Rwork0.286 3545 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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