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- PDB-6x6z: Rev1 Ternary Complex with dCTP and Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6z
タイトルRev1 Ternary Complex with dCTP and Ca2+
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*G)-3')
  • DNA repair protein REV1DNA修復
キーワードREPLICATION/DNA / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / REPLICATION (DNA複製) / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA複製 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding ...deoxycytidyl transferase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA複製 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / クロマチン / ミトコンドリア / 細胞核 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rev1 / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. ...DNA repair protein Rev1 / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Weaver, T.M. / Freudenthal, B.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Visualizing Rev1 catalyze protein-template DNA synthesis.
著者: Weaver, T.M. / Cortez, L.M. / Khoang, T.H. / Washington, M.T. / Agarwal, P.K. / Freudenthal, B.D.
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
A: DNA repair protein REV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8528
ポリマ－59,1733
非ポリマー6795
水13,763764
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.376, 73.947, 117.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 3814.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5037.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA repair protein REV1 / DNA修復 / Reversionless protein 1


分子量: 50320.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: REV1, YOR346W, O6339 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12689, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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非ポリマー , 4種, 769分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP / デオキシシチジン三リン酸


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15-23% PEG3350 and 200 mM ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→35.26 Å / Num. obs: 198840 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.24 Å2 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.5998 Å / Num. unique obs: 63131 / CC1/2: 0.426

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WM1

5wm1


解像度: 1.4→35.26 Å / SU ML: 0.1644 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4508
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 3751 1.89 %
Rwork0.1865 195089 -
obs0.1869 198840 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3482 572 37 764 4855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00844325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99875984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.80381669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.2971180.32246002X-RAY DIFFRACTION80.14
1.42-1.440.30631350.3116838X-RAY DIFFRACTION91.37
1.44-1.460.32711280.30116872X-RAY DIFFRACTION91.58
1.46-1.480.32261360.29047004X-RAY DIFFRACTION92.81
1.48-1.50.28271390.27736994X-RAY DIFFRACTION94.24
1.5-1.520.25121400.26267159X-RAY DIFFRACTION94.68
1.52-1.550.291340.24977150X-RAY DIFFRACTION95.75
1.55-1.570.24051410.24317251X-RAY DIFFRACTION96.28
1.57-1.60.26571390.23357290X-RAY DIFFRACTION97.09
1.6-1.630.22641460.22277284X-RAY DIFFRACTION97.33
1.63-1.670.25951370.21797290X-RAY DIFFRACTION97.15
1.67-1.70.22661450.20697302X-RAY DIFFRACTION97.42
1.7-1.740.22961350.20537331X-RAY DIFFRACTION97.51
1.74-1.790.27361450.20987324X-RAY DIFFRACTION97.44
1.79-1.830.27261370.20547287X-RAY DIFFRACTION97.26
1.83-1.890.25621400.2177330X-RAY DIFFRACTION97.21
1.89-1.950.20761410.19237308X-RAY DIFFRACTION97.35
1.95-2.020.19891420.17777253X-RAY DIFFRACTION97.35
2.02-2.10.20231400.17087329X-RAY DIFFRACTION97.38
2.1-2.20.19521460.16397319X-RAY DIFFRACTION97.44
2.2-2.310.1961400.17257374X-RAY DIFFRACTION98
2.31-2.460.20471350.18027373X-RAY DIFFRACTION98.57
2.46-2.650.18971430.18227424X-RAY DIFFRACTION99.28
2.65-2.910.21861440.18557504X-RAY DIFFRACTION99.88
2.91-3.330.20171390.17357508X-RAY DIFFRACTION99.84
3.33-4.20.15061410.14847491X-RAY DIFFRACTION99.91
4.2-35.260.18711450.16597498X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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