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万見
- PDB-6x6k: Cryo-EM Structure of the Helicobacter pylori dCag3 OMC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6k
タイトルCryo-EM Structure of the Helicobacter pylori dCag3 OMC
要素
  • Cag pathogenicity island protein
  • Cag pathogenicity island protein (Cag7)
  • Type IV secretion system apparatus protein CagX
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Helicobacter / T4SS / Secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


Cag pathogenicity island protein Cag12 / Cag pathogenicity island protein Cag12 / CagY type 1 repeat / CagY type 1 repeat / DC-EC / DC-EC Repeat / Type IV secretion system CagX conjugation protein / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily ...Cag pathogenicity island protein Cag12 / Cag pathogenicity island protein Cag12 / CagY type 1 repeat / CagY type 1 repeat / DC-EC / DC-EC Repeat / Type IV secretion system CagX conjugation protein / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion system apparatus protein CagX / Cag pathogenicity island protein (Cag7) / Cag pathogenicity island protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sheedlo, M.J. / Chung, J.M. / Sawhney, N. / Durie, C.L. / Cover, T.L. / Ohi, M.D. / Lacy, D.B.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118932 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA116087 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI039657 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020011 米国
Other government1I01BX004447 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM reveals species-specific components within the Cag type IV secretion system core complex.
著者: Michael J Sheedlo / Jeong Min Chung / Neha Sawhney / Clarissa L Durie / Timothy L Cover / Melanie D Ohi / D Borden Lacy /
要旨: The pathogenesis of -associated gastric cancer is dependent on delivery of CagA into host cells through a type IV secretion system (T4SS). The Cag T4SS includes a large membrane-spanning core ...The pathogenesis of -associated gastric cancer is dependent on delivery of CagA into host cells through a type IV secretion system (T4SS). The Cag T4SS includes a large membrane-spanning core complex containing five proteins, organized into an outer membrane cap (OMC), a periplasmic ring (PR) and a stalk. Here, we report cryo-EM reconstructions of a core complex lacking Cag3 and an improved map of the wild-type complex. We define the structures of two unique species-specific components (Cag3 and CagM) and show that Cag3 is structurally similar to CagT. Unexpectedly, components of the OMC are organized in a 1:1:2:2:5 molar ratio (CagY:CagX:CagT:CagM:Cag3). CagX and CagY are components of both the OMC and the PR and bridge the symmetry mismatch between these regions. These results reveal that assembly of the T4SS core complex is dependent on incorporation of interwoven species-specific components.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22076
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22076
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AT: Cag pathogenicity island protein
AX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
AY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
BT: Cag pathogenicity island protein
BX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
BY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
CT: Cag pathogenicity island protein
CX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
CY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
DT: Cag pathogenicity island protein
DX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
DY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
ET: Cag pathogenicity island protein
EX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
EY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
FT: Cag pathogenicity island protein
FX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
FY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
GT: Cag pathogenicity island protein
GX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
GY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
HT: Cag pathogenicity island protein
HX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
HY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
IT: Cag pathogenicity island protein
IX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
IY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
JT: Cag pathogenicity island protein
JX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
JY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
KT: Cag pathogenicity island protein
KX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
KY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
LT: Cag pathogenicity island protein
LX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
LY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
MT: Cag pathogenicity island protein
MX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
MY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)
NT: Cag pathogenicity island protein
NX: Type IV secretion system apparatus protein CagX
NY: Cag pathogenicity island protein (Cag7)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,377,82642
ポリマ－4,377,82642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area249180 Å2
ΔGint-1176 kcal/mol
Surface area309570 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "DT"
d_2ens_1chain "BT"
d_3ens_1chain "CT"
d_4ens_1chain "IT"
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d_13ens_3chain "MY"
d_14ens_3chain "NY"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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d_131ens_3PROLYSMA1 - 209
d_141ens_3PROLYSPA1 - 209

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

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要素

#1: タンパク質
Cag pathogenicity island protein / Cag12 / Type IV secretion system apparatus protein CagT


分子量: 32232.738 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 参照: UniProt: Q6VRP0
#2: タンパク質
Type IV secretion system apparatus protein CagX


分子量: 60720.480 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 参照: UniProt: A0A2J9KJM4
#3: タンパク質
Cag pathogenicity island protein (Cag7)


分子量: 219748.641 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 参照: UniProt: O25262

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helicobacter pylori dCag3 Cag T4SS OMC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 59.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C14 (14回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7337 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 75.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010961992
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.211483594
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06959520
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007310598
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.17338134
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940309561093
ens_1d_3CTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000699363941904
ens_1d_4ITELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940288872681
ens_1d_5ETELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940354865394
ens_1d_6FTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940406120581
ens_1d_7GTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000704816890503
ens_1d_8HTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940381475833
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ens_1d_10JTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000696709803386
ens_1d_11ATELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940362342342
ens_1d_12LTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000698362008439
ens_1d_13MTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940506006959
ens_1d_14NTELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0940374615458
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ens_2d_5EXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000704160413336
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ens_3d_14NYELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712745306183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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