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万見
- PDB-6x68: Cryo-EM structure of piggyBac transposase synaptic complex with h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x68
タイトルCryo-EM structure of piggyBac transposase synaptic complex with hairpin DNA (SNHP)
要素
  • Transposase
  • hairpin DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / piggyBac / synaptic complex / hairpin DNA / transposase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性PiggyBac transposable element-derived protein / Transposase IS4 / DNA / DNA (> 10) / Transposase
機能・相同性情報
生物種Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Chen, Q. / Hickman, A.B. / Dyda, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK093660 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of seamless excision and specific targeting by piggyBac transposase.
著者: Qiujia Chen / Wentian Luo / Ruth Ann Veach / Alison B Hickman / Matthew H Wilson / Fred Dyda /
要旨: The piggyBac DNA transposon is used widely in genome engineering applications. Unlike other transposons, its excision site can be precisely repaired without leaving footprints and it integrates ...The piggyBac DNA transposon is used widely in genome engineering applications. Unlike other transposons, its excision site can be precisely repaired without leaving footprints and it integrates specifically at TTAA tetranucleotides. We present cryo-EM structures of piggyBac transpososomes: a synaptic complex with hairpin DNA intermediates and a strand transfer complex capturing the integration step. The results show that the excised TTAA hairpin intermediate and the TTAA target adopt essentially identical conformations, providing a mechanistic link connecting the two unique properties of piggyBac. The transposase forms an asymmetric dimer in which the two central domains synapse the ends while two C-terminal domains form a separate dimer that contacts only one transposon end. In the strand transfer structure, target DNA is severely bent and the TTAA target is unpaired. In-cell data suggest that asymmetry promotes synaptic complex formation, and modifying ends with additional transposase binding sites stimulates activity.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22073
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transposase
D: Transposase
A: hairpin DNA
B: hairpin DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,07512
ポリマ－181,6534
非ポリマー4228
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15380 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area61870 Å2

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要素

#1: タンパク質 Transposase


分子量: 68012.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
細胞株 (発現宿主): EXPI293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q283G1
#2: DNA鎖 hairpin DNA


分子量: 22813.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: piggyBac transposase complex with hairpin DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: EXPI293F
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMcalcium chlorideCaCl21
41 mMTCEP1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: METHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 73.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2SerialEM3.5画像取得
4RELION3CTF補正
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2623168
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35960 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 109 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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