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- PDB-6x60: ClpP2 from Chlamydia trachomatis with resolved handle loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x60
タイトルClpP2 from Chlamydia trachomatis with resolved handle loop
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
キーワードHYDROLASE / Protease / Chlamydia trachomatis
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Azadmanesh, J. / Struble, L.R. / Seleem, M.A. / Ouellette, S. / Conda-Sheridan, M. / Borgstahl, G.E.O.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P20GM121316-01A1 米国
Department of Defense (DOD, United States)PRMRP#PR172445 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5P30CA036727-33 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ClpP2 from Chlamydia trachomatis with resolved handle loop
著者: Azadmanesh, J. / Struble, L.R. / Borgstahl, G.E.O. / Ouellette, S. / Conda-Sheridan, M.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5007
ポリマ－154,5007
非ポリマー00
水00
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,00114
ポリマ－309,00114
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area53200 Å2
ΔGint-318 kcal/mol
Surface area84450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.710, 147.043, 97.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))
21(chain B and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))
31(chain C and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))
41(chain D and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))
51(chain E and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))
61(chain F and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))
71(chain G and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUVALVAL(chain A and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))AA3 - 73 - 7
12ALAALATHRTHR(chain A and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))AA17 - 19617 - 196
21LEULEUVALVAL(chain B and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))BB3 - 73 - 7
22ALAALATHRTHR(chain B and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))BB17 - 19617 - 196
31LEULEUVALVAL(chain C and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))CC3 - 73 - 7
32ALAALATHRTHR(chain C and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))CC17 - 19617 - 196
41LEULEUVALVAL(chain D and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))DD3 - 73 - 7
42ALAALATHRTHR(chain D and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))DD17 - 19617 - 196
51LEULEUVALVAL(chain E and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))EE3 - 73 - 7
52ALAALATHRTHR(chain E and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))EE17 - 19617 - 196
61LEULEUVALVAL(chain F and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))FF3 - 73 - 7
62ALAALATHRTHR(chain F and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))FF17 - 19617 - 196
71LEULEUVALVAL(chain G and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))GG3 - 73 - 7
72ALAALATHRTHR(chain G and (resid 3 through 7 or resid 17 through 196))GG17 - 19617 - 196

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / Endopeptidase Clp 2


分子量: 22071.467 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: clpP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3KKY8, UniProt: O84712*PLUS, endopeptidase Clp

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tacsimate pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 34843 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 15.25
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 2318 / CC1/2: 0.699 / CC star: 0.907 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.712

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc2_3794精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JCT

4jct


解像度: 2.81→28.16 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 2029 6.03 %
Rwork0.1981 31603 -
obs0.2003 33632 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 286.23 Å2 / Biso mean: 49.5316 Å2 / Biso min: 20.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→28.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10106 0 0 0 10106
残基数----1328
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
12B6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
13C6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
14D6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
15E6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
16F6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
17G6170X-RAY DIFFRACTION20.391TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.81-2.880.38211070.3091516162365
2.88-2.950.33411230.25881999212285
2.95-3.040.31491470.25382295244298
3.04-3.140.29961470.252923252472100
3.14-3.250.29831510.25523352486100
3.25-3.380.26721500.222723322482100
3.38-3.530.23121460.215523512497100
3.53-3.720.23771600.190523142474100
3.72-3.950.2241440.192423492493100
3.95-4.260.2171510.163223532504100
4.26-4.680.16291500.14323392489100
4.68-5.360.2111540.1823512505100
5.36-6.730.24081440.209823542498100
6.73-28.160.19661550.173823902545100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.3601 Å / Origin y: 25.7384 Å / Origin z: 20.7137 Å
111213212223313233
T0.3053 Å2-0.0022 Å20.0683 Å2-0.2936 Å20.0182 Å2--0.2346 Å2
L0.4934 °20.0321 °20.2045 °2-0.257 °20.0214 °2--0.0033 °2
S-0.0084 Å °0.1584 Å °0.0463 Å °-0.0984 Å °0.0176 Å °-0.0713 Å °-0.0184 Å °0.0534 Å °-0.0097 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 197
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 200
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 199
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 196
5X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 203
6X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 197
7X-RAY DIFFRACTION1allG3 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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