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万見
- PDB-6x46: NMR solution structure of Asterix/Gtsf1 from mouse (CHHC zinc fin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x46
タイトルNMR solution structure of Asterix/Gtsf1 from mouse (CHHC zinc finger domains)
要素Gametocyte-specific factor 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CHHC zinc finger / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


piP-body / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / secondary piRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRM13/UPF0224 family, U11-48K-like CHHC zinc finger domain / : / U11-48K-like CHHC zinc finger / Zinc finger CHHC U11-48K-type profile. / Zinc finger C2H2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte-specific factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Ipsaro, J.J. / O'Brien, P.A. / Bhattacharya, S. / Palmer III, A.G. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM097888 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM050291 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130398 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008281-28 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR026540 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD016432 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Asterix/Gtsf1 links tRNAs and piRNA silencing of retrotransposons.
著者: Jonathan J Ipsaro / Paul A O'Brien / Shibani Bhattacharya / Arthur G Palmer / Leemor Joshua-Tor /
要旨: The Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway safeguards genomic integrity by silencing transposable elements (transposons) in the germline. While Piwi is the central piRNA factor, others including ...The Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway safeguards genomic integrity by silencing transposable elements (transposons) in the germline. While Piwi is the central piRNA factor, others including Asterix/Gtsf1 have also been demonstrated to be critical for effective silencing. Here, using enhanced crosslinking and immunoprecipitation (eCLIP) with a custom informatic pipeline, we show that Asterix/Gtsf1 specifically binds tRNAs in cellular contexts. We determined the structure of mouse Gtsf1 by NMR spectroscopy and identified the RNA-binding interface on the protein's first zinc finger, which was corroborated by biochemical analysis as well as cryo-EM structures of Gtsf1 in complex with co-purifying tRNA. Consistent with the known dependence of long terminal repeat (LTR) retrotransposons on tRNA primers, we demonstrate that LTR retrotransposons are, in fact, preferentially de-repressed in Asterix mutants. Together, these findings link Asterix/Gtsf1, tRNAs, and LTR retrotransposon silencing and suggest that Asterix exploits tRNA dependence to identify transposon transcripts and promote piRNA silencing.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte-specific factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3483
ポリマ－14,2181
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The elution profile of the purified protein most closely matches with that expected of a monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Gametocyte-specific factor 1 / Protein FAM112B


分子量: 14217.607 Da / 分子数: 1 / 変異: C28S, C76S, C100S, C103S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gtsf1, Cue110, Fam112b / プラスミド: pFL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): ovary / 参照: UniProt: Q9DAN6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic72D 1H-15N HSQC
123isotropic72D 1H-13C HSQC
132isotropic53D HNCA
142isotropic93D HN(CO)CA
152isotropic93D HNCO
162isotropic73D HN(CA)CO
172isotropic73D HN(CA)CB
182isotropic93D HN(COCA)CB
192isotropic73D (H)CCH-TOCSY
1102isotropic63D HBHA(CO)NH
1112isotropic63D H(CCO)NH
1122isotropic63D (H)C(CCO)NH
1131isotropic73D 1H-15N NOESY
1143isotropic73D 1H-13C NOESY
1153isotropic73D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] Gtsf1, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-13C; U-15N] Gtsf1, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.8 mM [U-13C; U-15N] Gtsf1, 100% D2O13C_15N_D2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMGtsf1[U-15N]1
0.8 mMGtsf1[U-13C; U-15N]2
0.8 mMGtsf1[U-13C; U-15N]3
試料状態詳細: Buffer composition was 50 mM MES, pH 6.5, 200 mM NaCl, 5 mM TCEP, 2:1 stoichiometric ZnCl2, 4:1 stoichiometric MgCl2, and 0.02% azide. 0.1 mM DSS was included in samples for internal ...詳細: Buffer composition was 50 mM MES, pH 6.5, 200 mM NaCl, 5 mM TCEP, 2:1 stoichiometric ZnCl2, 4:1 stoichiometric MgCl2, and 0.02% azide. 0.1 mM DSS was included in samples for internal referencing of 1H chemical shifts.
イオン強度: 200 mM NaCl mM / Label: conditions / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6005
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7006
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8007
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9009

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
SparkyLee, Tonelli, Markleypeak picking
SparkyLee, Tonelli, Markleychemical shift assignment
ARIA2.3Linge, Habeck, Rieping, Nilgesstructure calculation
ARIA2.3Linge, Habeck, Rieping, Nilges精密化
CNS1.2Brunger精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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