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万見
- PDB-6x1i: Two-Component D3 Assembly Constructed by Fusing Symmetric Oligome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1i
タイトルTwo-Component D3 Assembly Constructed by Fusing Symmetric Oligomers to Coiled Coils
要素
  • Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
  • SnoaL-like Protein fused to a coiled coil
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Two-Component / Self-Assembling / Symmetric / D3 / Coiled Coil / Helical Fusion / Design
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein / SnoaL-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Laniado, J. / Yeates, T.O. / Sawaya, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1629214 米国
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2021
タイトル: Geometric Lessons and Design Strategies for Nanoscale Protein Cages.
著者: Laniado, J. / Cannon, K.A. / Miller, J.E. / Sawaya, M.R. / McNamara, D.E. / Yeates, T.O.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0752
ポリマ－37,0752
非ポリマー00
水00
1
A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil

A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil

A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil

A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil

A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil

A: Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil
B: SnoaL-like Protein fused to a coiled coil


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,45212
ポリマ－222,45212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_555-y+1/4,-x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation19_555-x+1/4,-z+1/4,-y+1/41
crystal symmetry operation24_555-z+1/4,-y+1/4,-x+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)146.340, 146.340, 146.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Space group name HallP4acd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#6: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#7: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4

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要素

#1: タンパク質 Cob_adeno_trans domain-containing protein PH0671 fused to a coiled coil


分子量: 19430.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌), (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0671 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O58404
#2: タンパク質 SnoaL-like Protein fused to a coiled coil


分子量: 17644.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア), (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu0744 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7D0S4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reagent Well: - 10ul of Silver Bullets additive screen reagent B9: 0.25% w/v Hexamminecobalt(III) chloride, 0.25% w/v Salicylamide, 0.25% w/v Sulfanilamide, 0.25% w/v Vanillic acid, 0.02 M ...詳細: Reagent Well: - 10ul of Silver Bullets additive screen reagent B9: 0.25% w/v Hexamminecobalt(III) chloride, 0.25% w/v Salicylamide, 0.25% w/v Sulfanilamide, 0.25% w/v Vanillic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8 - 90ul of crystallization reagent: 0.10 M Sodium Acetate pH 5.4, 66% MPD Drop: - 2:1 protein sample to well reagent ratio - Protein sample: 2.8mg/ml of purified protein in 0.5M NaCl, 5% Glycerol, 2.8mM beta-mercaptoethanol, 50 mM Tris pH 7.5, 5mM MgCl2 sample buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.32→84.5 Å / Num. obs: 3945 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.657 % / Biso Wilson estimate: 237.211 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.32-4.4416.7652.3741.32810.4112.44996.9
4.44-4.5618.8561.8871.952640.7461.939100
4.56-4.6917.951.5772.282580.791.62399.6
4.69-4.8316.8680.9983.242650.8791.029100
4.83-4.9919.3360.6075.172470.9880.624100
4.99-5.1719.5590.5585.672470.9830.573100
5.17-5.36190.49862420.9930.512100
5.36-5.5819.0220.5365.872260.9860.551100
5.58-5.8318.3710.6165.362130.970.634100
5.83-6.1117.7290.5336.132180.9740.548100
6.11-6.4416.6230.4287.452040.9660.442100
6.44-6.8319.120.20415.211910.9930.209100
6.83-7.3118.5680.13122.441850.9980.135100
7.31-7.8917.9650.09231.21720.9980.094100
7.89-8.6516.5150.07236.031650.9980.074100
8.65-9.6714.8840.05942.661460.9980.061100
9.67-11.1616.3560.05449.341350.9990.056100
11.16-13.6715.210.04949.61190.9990.051100
13.67-19.3313.1730.04347.32980.9990.044100
19.33-84.511.7390.04546.86910.04897.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Oct 15, 2015データ削減
XSCALEVERSION Oct 15, 2015データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIXdev 3724精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WY1, 3DXO

1wy1

3dxo


解像度: 4.32→84.49 Å / SU ML: 0.6069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 43.638
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2926 391 10 %
Rwork0.2778 3519 -
obs0.2796 3910 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 267.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.32→84.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2507 0 0 0 2507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92023421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7134966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.32-4.950.42511240.40391122X-RAY DIFFRACTION98.97
4.95-6.230.45571270.45191145X-RAY DIFFRACTION99.45
6.24-84.490.24681400.22681252X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.6837214664 Å / Origin y: -3.49920025763 Å / Origin z: 4.27013204244 Å
111213212223313233
T1.75171890574 Å2-0.43226750827 Å2-0.0701406520304 Å2-2.06183065063 Å20.313834654617 Å2--1.44975340898 Å2
L2.89094022973 °22.48600199681 °20.932657103822 °2-8.82866925215 °24.03708450741 °2--2.90858788207 °2
S0.835757290141 Å °-0.462621168491 Å °-0.045012249451 Å °0.551176001079 Å °-1.55494478699 Å °0.479707903664 Å °-0.124552175224 Å °-0.755072867776 Å °0.570331786576 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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