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- PDB-6wzc: Ni-bound structure of an engineered protein trimer, TriCyt3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wzc
タイトルNi-bound structure of an engineered protein trimer, TriCyt3
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / four-helix bundle / metalloprotein trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / NICKEL (II) ION / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Kakkis, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1607145 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM112584-01 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Metal-Templated Design of Chemically Switchable Protein Assemblies with High-Affinity Coordination Sites.
著者: Kakkis, A. / Gagnon, D. / Esselborn, J. / Britt, R.D. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2020年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,79911
ポリマ－11,7961
非ポリマー1,00310
水1,892105
1
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,39733
ポリマ－35,3893
非ポリマー3,00830
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.460, 82.460, 53.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

NI

21A-204-

CA

31A-207-

CA

41A-208-

CL

51A-209-

CL

61A-363-

HOH

71A-390-

HOH

81A-404-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11796.407 Da / 分子数: 1
変異: T31K, A35K, Q41K, D54A, K59I, H63V, I67E, V69A, G70W, Q71E, D73H, L76A, K77H, N80K, R98C, Y101C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 5種, 115分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG2000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→35.7108 Å / Num. obs: 10934 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.887 / Rmerge(I) obs: 0.7438 / Rpim(I) all: 0.1867 / Rrim(I) all: 0.7678 / Net I/σ(I): 2.96
反射 シェル解像度: 2.195→2.274 Å / Rmerge(I) obs: 0.5781 / Num. unique obs: 1068 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.2183 / Rrim(I) all: 0.6193

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bc5

2bc5


解像度: 2.195→35.7108 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 1092 9.99 %
Rwork0.181 --
obs0.1847 10934 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.195→35.7108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数824 0 52 105 981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8581235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.907768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1954-2.29530.24371320.18281200X-RAY DIFFRACTION98
2.2953-2.41630.26051340.18271217X-RAY DIFFRACTION100
2.4163-2.56760.26051340.17871208X-RAY DIFFRACTION100
2.5676-2.76580.23121370.18991215X-RAY DIFFRACTION100
2.7658-3.0440.24451330.1931230X-RAY DIFFRACTION100
3.044-3.48420.20921360.19651219X-RAY DIFFRACTION100
3.4842-4.38840.19991400.17161246X-RAY DIFFRACTION100
4.3884-35.71080.1961460.16991307X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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