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万見
- PDB-6wqa: 2.0A angstrom A2a adenosine receptor structure using XFEL data co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wqa
タイトル2.0A angstrom A2a adenosine receptor structure using XFEL data collected in helium atmosphere.
要素Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adenosine A2A receptor / XFEL / Lipidic cubic phase / helium atmosphere
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / membrane depolarization / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, M.-Y. / Geiger, J. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Barty, A. / White, T.A. / Gati, C. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Aquila, A. ...Lee, M.-Y. / Geiger, J. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Barty, A. / White, T.A. / Gati, C. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Aquila, A. / Boutet, S. / Weierstall, U. / Cherezov, V. / Liu, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM127086 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Harnessing the power of an X-ray laser for serial crystallography of membrane proteins crystallized in lipidic cubic phase
著者: Lee, M.-Y. / Geiger, J. / Ishchenko, A. / Han, G.W. / Barty, A. / White, T.A. / Gati, C. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Aquila, A. / Boutet, S. / Weierstall, U. / Cherezov, V. / Liu, W.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,96328
ポリマ－49,9741
非ポリマー7,98927
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.350, 180.500, 142.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a/Soluble cytochrome b562 chimera / Cytochrome b-562


分子量: 49974.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 8種, 111分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400, sodium thiocyanate, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX170-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月15日 / Frequency: 10
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.7 Å / Num. obs: 35870 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 205 % / Biso Wilson estimate: 33.85 Å2 / CC star: 0.99 / R split: 0.19 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 3486 / CC star: 0.5 / R split: 2.11 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionInjector temperature: 293 K
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 26341 / Frames indexed: 16737

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PHASER1.17位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.8.0+049c3eb4データ削減
CrystFEL0.8.0+049c3eb4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K2D

5k2d


解像度: 2→27.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2000 5.58 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 35862 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 142.69 Å2 / Biso mean: 49.05 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1385 Å20 Å20 Å2
2--1.1739 Å20 Å2
3---0.9645 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→27.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2929 0 438 84 3451
Biso mean--63.41 44.72 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1640SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes499HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3457HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion452SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3783SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3457HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4653HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.94
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 160 5.57 %
Rwork0.24 2715 -
all0.24 2875 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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