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- PDB-6wpy: Crystal structure of Bacillus licheniformis lipase BlEst2 in matu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpy
タイトルCrystal structure of Bacillus licheniformis lipase BlEst2 in mature form
要素BlEst2
キーワードHYDROLASE / esterase / lipase / propetide
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / Lipase
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nakamura, A.M. / Godoy, A.S. / Kadowaki, M.A.S. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/13684-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)423693/2016-6 and #303988/2016-9 ブラジル
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structures of BlEst2 from Bacillus licheniformis in its propeptide and mature forms reveal autoinhibitory effects of the C-terminal domain
著者: Nakamura, A.M. / Godoy, A.S. / Kadowaki, M.A.S. / Trentin, L.N. / Gonzalez, S.E.T. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BlEst2
B: BlEst2
C: BlEst2
D: BlEst2
E: BlEst2
F: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,4436
ポリマ－322,4436
非ポリマー00
水5,026279
1
A: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7411
ポリマ－53,7411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7411
ポリマ－53,7411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7411
ポリマ－53,7411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7411
ポリマ－53,7411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7411
ポリマ－53,7411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: BlEst2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7411
ポリマ－53,7411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.077, 122.518, 157.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
BlEst2


分子量: 53740.566 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: DW032_06865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A415J7C9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MMT pH 5.0 and 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4585 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4585 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→40.49 Å / Num. obs: 23568 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2306 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.489

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WPX

6wpx


解像度: 3.6→40.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.806 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.764 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.652
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1202 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 23568 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 181.88 Å2 / Biso mean: 38.11 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.0386 Å20 Å20 Å2
2---7.4826 Å20 Å2
3---17.5212 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→40.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11580 0 0 279 11859
Biso mean---38.2 -
残基数----1470
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3912SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes300HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1770HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11976HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1464SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14600SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11976HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16278HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.4
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 137 4.84 %
Rwork0.233 2693 -
all0.235 2830 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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