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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wpd | |||||||||
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タイトル | NMR Structure of HSP1-NH2 antimicrobial peptide in presence of DPC-d38 micelles | |||||||||
要素 | HSP1-NH2 | |||||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide | |||||||||
機能・相同性 | defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Hylaseptin-P1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Boana punctata (カエル) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Verly, R.M. / Gomes, I.P. | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2020 タイトル: Membrane interactions of the anuran antimicrobial peptide HSP1-NH2: Different aspects of the association to anionic and zwitterionic biomimetic systems. 著者: Gomes, I.P. / Santos, T.L. / de Souza, A.N. / Nunes, L.O. / Cardoso, G.A. / Matos, C.O. / Costa, L.M.F. / Liao, L.M. / Resende, J.M. / Verly, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wpd.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wpd.ent.gz | 28.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wpd_validation.pdf.gz | 371.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wpd_full_validation.pdf.gz | 409.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wpd_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wpd_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wpbC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1311.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Boana punctata (カエル) / 参照: UniProt: P84292 |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: micelle / 内容: 1.0 mM HSP1-NH2, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 200 mM DPC-d38 micelles / Label: natural abundance / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.0 mM / 構成要素: HSP1-NH2 / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | 詳細: peptide in presence of 200 mM DPC-d38 micelles / イオン強度: 0 Not defined / Label: DPC-d38 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |