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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wpb | ||||||
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タイトル | NMR Structure of HSP1-NH2 antimicrobial peptide in presence of SDS-d25 micelles | ||||||
![]() | HSP1-NH2 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide | ||||||
機能・相同性 | defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Hylaseptin-P1![]() | ||||||
生物種 | Boana punctata (カエル) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Verly, R.M. / Gomes, I.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Membrane interactions of the anuran antimicrobial peptide HSP1-NH2: Different aspects of the association to anionic and zwitterionic biomimetic systems. 著者: Gomes, I.P. / Santos, T.L. / de Souza, A.N. / Nunes, L.O. / Cardoso, G.A. / Matos, C.O. / Costa, L.M.F. / Liao, L.M. / Resende, J.M. / Verly, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 375.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 411.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6wpdC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1311.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Boana punctata (カエル) / 参照: UniProt: P84292 |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: micelle / 内容: 1 mM unlable HSP-1, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 200 mM SDS-d25 micelles / Label: natural abundace / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: HSP-1 / Isotopic labeling: unlable |
試料状態 | 詳細: 200 mM SDS-d25 micelles / イオン強度: undifined Not defined / Label: SDS-d25 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: Bruker Avance III / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |