PDB-6wnl: human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wnl

タイトル

human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 2

要素

Protein artemis

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Artemis / SNM1C / endonuclease / metallo-beta-lactamase / beta-CASP

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / nonhomologous end joining complex / V(D)J recombination / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / response to ionizing radiation / interstrand cross-link repair / telomere maintenance / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Karim, F. / Liu, S. / Laciak, A.R. / Volk, L. / Rosenblum, M. / Curtis, R. / Huang, N. / Carr, G. / Zhu, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the catalytic domain of Artemis endonuclease/SNM1C reveals distinct structural features.
著者: Karim, M.F. / Liu, S. / Laciak, A.R. / Volk, L. / Koszelak-Rosenblum, M. / Lieber, M.R. / Wu, M. / Curtis, R. / Huang, N.N. / Carr, G. / Zhu, G.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wnl.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wnl.ent.gz	124.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wnl_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wnl_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6wnl_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	6wnl_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wo0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tt5-d 4ewi-3 7af1-d 7afu-d 7afs-d 5y39-2 5z67-d 2c83-d 2xrw-d 2ii6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein artemis

B: Protein artemis

ヘテロ分子

86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein artemis

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein artemis

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.209, 105.675, 116.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein artemis / DNA cross-link repair 1C protein / Protein A-SCID / SNM1 homolog C / hSNM1C / SNM1-like protein 分子量: 43294.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLRE1C, ARTEMIS, ASCID, SCIDA, SNM1C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96SD1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM MES pH 6.5, 0.1 M LiCl, 0.01 M MgCl2, 12% PEG 4000 (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 35315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.37→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.784 / Num. unique obs: 2574

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD model

解像度: 2.37→44.462 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 9.077 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2803	1641	4.66 %
R_work	0.2207	-	-
all	0.224	-	-
obs	-	35218	99.824 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.687 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.37 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.983 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.387 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→44.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5770	0	4	207	5981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	5932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.648	8034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	1.569	12740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.168	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.792	20.559	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.146	15	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.064	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.743	3.199	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.743	3.198	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.907	4.784	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.907	4.785	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.002	3.518	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.002	3.518	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.443	5.137	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.442	5.138	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.196	36.099	6439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.183	36.066	6416

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.37-2.431	0.309	129	0.263	2411	0.266	2550	0.811	0.844	99.6078	0.241
2.431-2.498	0.353	101	0.239	2394	0.243	2497	0.845	0.889	99.9199	0.216
2.498-2.57	0.265	101	0.242	2346	0.243	2450	0.879	0.882	99.8775	0.215
2.57-2.649	0.304	95	0.249	2276	0.251	2375	0.877	0.87	99.8316	0.225
2.649-2.735	0.348	101	0.259	2157	0.263	2260	0.814	0.859	99.9115	0.233
2.735-2.831	0.265	104	0.228	2126	0.229	2230	0.881	0.899	100	0.202
2.831-2.937	0.289	98	0.221	2062	0.225	2161	0.905	0.913	99.9537	0.195
2.937-3.057	0.303	105	0.213	1956	0.218	2063	0.883	0.917	99.9031	0.188
3.057-3.192	0.278	97	0.231	1888	0.233	1986	0.898	0.907	99.9496	0.209
3.192-3.347	0.295	78	0.215	1836	0.217	1914	0.891	0.931	100	0.196
3.347-3.527	0.312	91	0.243	1718	0.246	1813	0.874	0.912	99.7794	0.224
3.527-3.739	0.321	78	0.243	1641	0.247	1728	0.862	0.905	99.4792	0.222
3.739-3.995	0.258	74	0.221	1528	0.223	1617	0.903	0.92	99.0724	0.204
3.995-4.313	0.241	90	0.191	1442	0.194	1532	0.93	0.943	100	0.171
4.313-4.72	0.239	57	0.168	1351	0.171	1408	0.953	0.961	100	0.147
4.72-5.269	0.242	69	0.177	1219	0.18	1288	0.955	0.964	100	0.156
5.269-6.07	0.272	67	0.202	1069	0.206	1137	0.936	0.952	99.912	0.184
6.07-7.4	0.248	41	0.222	945	0.223	986	0.933	0.948	100	0.204
7.4-10.324	0.25	39	0.18	743	0.183	782	0.947	0.966	100	0.161
10.324-44.462	0.304	26	0.302	468	0.302	494	0.964	0.927	100	0.271

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