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- PDB-6wnc: Structure of the Rieske non-heme iron oxygenase GxtA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wnc
タイトルStructure of the Rieske non-heme iron oxygenase GxtA
要素SxtDIOX
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / saxitoxin / Rieske oxygenase / metalloprotein / natural products
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / : / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich ...Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / : / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / SxtDIOX
類似検索 - 構成要素
生物種Microseira wollei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bridwell-Rabb, J. / Liu, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for divergent C-H hydroxylation selectivity in two Rieske oxygenases.
著者: Lukowski, A.L. / Liu, J. / Bridwell-Rabb, J. / Narayan, A.R.H.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SxtDIOX
B: SxtDIOX
C: SxtDIOX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,60911
ポリマ－114,7303
非ポリマー8798
水6,431357
1
A: SxtDIOX
ヘテロ分子

B: SxtDIOX
ヘテロ分子

C: SxtDIOX
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration shows a trimeric arrangement. Other Rieske oxygenases also adapt trimeric architectures to facilitate electron transfer between the metallocenters.
  • 116 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,60911
ポリマ－114,7303
非ポリマー8798
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area8460 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area41790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.730, 96.932, 80.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.967, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 SxtDIOX


分子量: 38243.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Microseira wollei (バクテリア) / 遺伝子: sxtDIOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3RVP5
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.3 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% v/v PEG3350, 15% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 54048 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 36.91 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 10.56
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 5122 / CC1/2: 0.73 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WN3

6wn3


解像度: 2.2→38.65 Å / SU ML: 0.228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.6905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 2701 5 %
Rwork0.1942 51327 -
obs0.1954 54028 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7691 0 27 357 8075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01128011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.535210942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08341201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01261409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3452941
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.26461370.24072518X-RAY DIFFRACTION91.08
2.24-2.280.241440.23782595X-RAY DIFFRACTION94.06
2.28-2.330.25731430.2282654X-RAY DIFFRACTION94.85
2.33-2.380.2641340.23132680X-RAY DIFFRACTION95.75
2.38-2.440.26691360.23292657X-RAY DIFFRACTION95.95
2.44-2.50.28691450.23172696X-RAY DIFFRACTION95.79
2.5-2.560.27721290.22742549X-RAY DIFFRACTION91.96
2.56-2.640.23961380.21982657X-RAY DIFFRACTION95.62
2.64-2.720.24141480.20982781X-RAY DIFFRACTION99.12
2.72-2.820.25961470.20512762X-RAY DIFFRACTION99.32
2.82-2.930.24291400.20772784X-RAY DIFFRACTION99.35
2.94-3.070.23541560.1962757X-RAY DIFFRACTION99.12
3.07-3.230.23571470.19292794X-RAY DIFFRACTION99.02
3.23-3.430.23381450.18452763X-RAY DIFFRACTION98.78
3.43-3.70.20161510.17182732X-RAY DIFFRACTION97.83
3.7-4.070.17531370.16482739X-RAY DIFFRACTION97.16
4.07-4.660.16721400.15882642X-RAY DIFFRACTION94.24
4.66-5.860.1791400.1812706X-RAY DIFFRACTION95.86
5.87-38.650.24051440.21642861X-RAY DIFFRACTION99.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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