+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wnb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the Rieske non-heme iron oxygenase SxtT with dideoxysaxitoxin bound | ||||||
![]() | SxtT | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / saxitoxin / Rieske oxygenase / metalloprotein / natural products | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bridwell-Rabb, J. / Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for divergent C-H hydroxylation selectivity in two Rieske oxygenases. 著者: Lukowski, A.L. / Liu, J. / Bridwell-Rabb, J. / Narayan, A.R.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 181.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 38432.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 471分子 ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/U5A.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/U5A.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 10% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30.16 Å / Num. obs: 81796 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 8066 / CC1/2: 0.89 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6WN3 解像度: 2.1→30.16 Å / SU ML: 0.2202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.6312
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.16 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|