PDB-6wn6: Crystal structure of 3-keto-D-glucoside 4-epimerase, YcjR, from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wn6

タイトル

Crystal structure of 3-keto-D-glucoside 4-epimerase, YcjR, from E. coli, apo form

要素

3-keto-D-glucoside 4-epimerase

キーワード

ISOMERASE / microbiome / prebiotic / epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用 / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Mabanglo, M.F. / Raushel, F.M. / Mukherjee, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structure and Reaction Mechanism of YcjR, an Epimerase That Facilitates the Interconversion of d-Gulosides to d-Glucosides inEscherichia coli.
著者: Mabanglo, M.F. / Huddleston, J.P. / Mukherjee, K. / Taylor, Z.W. / Raushel, F.M.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wn6.cif.gz	456.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wn6.ent.gz	375 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wn6_validation.pdf.gz	14.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wn6_full_validation.pdf.gz	14.5 MB	表示
XML形式データ	6wn6_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	6wn6_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1jub-d 6ebs-d 2e6a-d 2b4g-1 3w83-d 3w7i-d 3w2k-d 2e6d-d 4l6d-2 3f7j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

B: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

C: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

D: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

B: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: fluorescence resonance energy transfer
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

D: 3-keto-D-glucoside 4-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.576, 116.576, 247.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	3-keto-D-glucoside 4-epimerase / Transient receptor potential locus 分子量: 35571.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ycjR, PGD_01932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5E8GIH3, UniProt: P76044*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979231 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979231 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 143197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.464 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 2113171

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.86-1.89	14.9	0.939	7069	0.913	0.25	0.972	1.015	100
1.89-1.93	14.9	0.81	7023	0.924	0.215	0.838	1.012	100
1.93-1.96	14.9	0.66	7086	0.953	0.175	0.684	1.024	100
1.96-2	14.9	0.545	7064	0.969	0.145	0.564	1.05	100
2-2.05	14.9	0.452	7077	0.974	0.12	0.468	1.06	100
2.05-2.09	14.9	0.387	7058	0.98	0.103	0.401	1.076	100
2.09-2.15	14.9	0.321	7073	0.985	0.085	0.332	1.089	100
2.15-2.21	14.9	0.271	7131	0.991	0.072	0.28	1.108	100
2.21-2.27	14.9	0.226	7068	0.993	0.06	0.234	1.162	100
2.27-2.34	14.9	0.202	7114	0.994	0.054	0.209	1.175	100
2.34-2.43	14.9	0.187	7146	0.995	0.05	0.193	1.242	100
2.43-2.52	14.9	0.162	7089	0.995	0.043	0.167	1.371	100
2.52-2.64	14.9	0.14	7144	0.996	0.038	0.145	1.4	100
2.64-2.78	14.9	0.117	7154	0.997	0.031	0.121	1.408	100
2.78-2.95	14.8	0.091	7147	0.998	0.024	0.094	1.47	100
2.95-3.18	14.7	0.078	7225	0.999	0.021	0.081	1.674	100
3.18-3.5	14.7	0.066	7208	0.999	0.018	0.069	2.155	100
3.5-4.01	14.6	0.049	7279	0.999	0.013	0.051	2.041	100
4.01-5.05	14.3	0.042	7340	1	0.011	0.044	2.249	100
5.05-50	13.4	0.051	7702	0.999	0.014	0.053	3.565	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→35.91 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	1978	1.4 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1758	141124	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.92 Å² / B_iso mean: 24.847 Å² / B_iso min: 11.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.86→35.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8471	0	260	419	9150
B_iso mean	-	-	30.57	30.24	-
残基数	-	-	-	-	1055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8698
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	11766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.545	3262
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1254
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1563

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.86-1.91	0.2536	131	0.2158	9480	9611	95
1.91-1.96	0.1964	140	0.196	9551	9691	96
1.96-2.02	0.1973	139	0.1802	9677	9816	97
2.02-2.08	0.2018	139	0.167	9791	9930	98
2.08-2.16	0.2281	140	0.17	9813	9953	98
2.16-2.24	0.1936	140	0.1645	9868	10008	99
2.24-2.34	0.174	140	0.1673	9891	10031	99
2.34-2.47	0.2069	140	0.1695	9921	10061	99
2.47-2.62	0.1786	142	0.1663	9974	10116	100
2.62-2.82	0.1828	143	0.1672	10043	10186	100
2.82-3.11	0.1886	144	0.1694	10091	10235	100
3.11-3.56	0.1802	143	0.1777	10149	10292	100
3.56-4.48	0.21	145	0.1792	10262	10407	100
4.48-35.91	0.2104	152	0.1802	10635	10787	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 67.2187 Å / Origin y: 115.9372 Å / Origin z: 38.2786 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1424 Å²	0.0063 Å²	-0.0037 Å²	-	0.1232 Å²	-0.0032 Å²	-	-	0.1533 Å²
L	0.1766 °²	-0.0291 °²	-0.0436 °²	-	0.2431 °²	0.0758 °²	-	-	0.5363 °²
S	-0.025 Å °	0.0072 Å °	-0.0116 Å °	0.0066 Å °	-0.0205 Å °	0.0249 Å °	-0.0089 Å °	-0.0404 Å °	0.0376 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 265
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 265
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 965
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 88

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関連情報:EMDBヘッダ

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