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- PDB-6wml: Human TLR8 bound to the potent agonist, GS-9688 (Selgantolimod) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wml
タイトルHuman TLR8 bound to the potent agonist, GS-9688 (Selgantolimod)
要素Toll-like receptor 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Selgantolimod / Toll-like Receptor / Immune Activator / Receptor agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / immunoglobulin mediated immune response ...Toll Like Receptor 7/8 (TLR7/8) Cascade / toll-like receptor 8 signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / Trafficking and processing of endosomal TLR / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / immunoglobulin mediated immune response / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / double-stranded RNA binding / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / single-stranded RNA binding / endosome membrane / inflammatory response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Chem-U57 / Toll-like receptor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Appleby, T.C. / Perry, J.K. / Mish, M. / Villasenor, A.G. / Mackman, R.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of GS-9688 (Selgantolimod) as a Potent and Selective Oral Toll-Like Receptor 8 Agonist for the Treatment of Chronic Hepatitis B.
著者: Mackman, R.L. / Mish, M. / Chin, G. / Perry, J.K. / Appleby, T. / Aktoudianakis, V. / Metobo, S. / Pyun, P. / Niu, C. / Daffis, S. / Yu, H. / Zheng, J. / Villasenor, A.G. / Zablocki, J. / ...著者: Mackman, R.L. / Mish, M. / Chin, G. / Perry, J.K. / Appleby, T. / Aktoudianakis, V. / Metobo, S. / Pyun, P. / Niu, C. / Daffis, S. / Yu, H. / Zheng, J. / Villasenor, A.G. / Zablocki, J. / Chamberlain, J. / Jin, H. / Lee, G. / Suekawa-Pirrone, K. / Santos, R. / Delaney 4th, W.E. / Fletcher, S.P.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 8
B: Toll-like receptor 8
C: Toll-like receptor 8
D: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,50246
ポリマ－371,3414
非ポリマー14,16042
水7,638424
1
A: Toll-like receptor 8
B: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,80725
ポリマ－185,6712
非ポリマー7,13723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12960 Å2
ΔGint89 kcal/mol
Surface area58790 Å2
手法PISA
2
C: Toll-like receptor 8
D: Toll-like receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,69421
ポリマ－185,6712
非ポリマー7,02419
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13100 Å2
ΔGint92 kcal/mol
Surface area57460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.816, 141.575, 171.263
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.413, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Toll-like receptor 8


分子量: 92835.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR8, UNQ249/PRO286
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9NR97

-
糖 , 7種, 38分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 428分子

#9: 化合物
ChemComp-U57 / (2R)-2-[(2-amino-7-fluoropyrido[3,2-d]pyrimidin-4-yl)amino]-2-methylhexan-1-ol


分子量: 293.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20FN5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 4% (w/v) PEG 3350 0.2 M potassium formate 0.1 M sodium citrate, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.86 Å / Num. obs: 270193 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 48.39 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 17.44
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Num. unique obs: 22744 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 0.498 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W3K

3w3k


解像度: 2.5→47.86 Å / SU ML: 0.3222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 3827 1.42 %
Rwork0.2109 266366 -
obs0.2115 270193 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22413 0 927 424 23764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002323830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.542232421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04213900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00324086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7663556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.33311470.29789897X-RAY DIFFRACTION95.14
2.53-2.570.3161400.29089998X-RAY DIFFRACTION97.45
2.57-2.60.35481400.286710067X-RAY DIFFRACTION97.67
2.6-2.640.36441410.272410109X-RAY DIFFRACTION97.51
2.64-2.680.31591460.262410021X-RAY DIFFRACTION97.39
2.68-2.720.30211340.253510068X-RAY DIFFRACTION97.31
2.72-2.760.29971330.23919926X-RAY DIFFRACTION97.24
2.76-2.810.3071460.235510059X-RAY DIFFRACTION97.2
2.81-2.860.26811440.23299892X-RAY DIFFRACTION96.84
2.86-2.920.29151480.238510051X-RAY DIFFRACTION96.98
2.92-2.980.26891490.23949941X-RAY DIFFRACTION96.79
2.98-3.040.30771440.2389877X-RAY DIFFRACTION96.49
3.04-3.110.36651460.235610049X-RAY DIFFRACTION96.74
3.11-3.190.28751440.23429902X-RAY DIFFRACTION96.43
3.19-3.280.2821420.24039880X-RAY DIFFRACTION96.39
3.28-3.370.29361440.22689962X-RAY DIFFRACTION96.04
3.37-3.480.25751410.21819836X-RAY DIFFRACTION95.74
3.48-3.610.28671400.21189903X-RAY DIFFRACTION95.67
3.61-3.750.25541420.19379765X-RAY DIFFRACTION95.29
3.75-3.920.22721400.18529778X-RAY DIFFRACTION94.89
3.92-4.130.2351350.17949777X-RAY DIFFRACTION94.7
4.13-4.390.22151450.17159629X-RAY DIFFRACTION94.01
4.39-4.720.18451410.17399643X-RAY DIFFRACTION93.62
4.72-5.20.22871400.17599722X-RAY DIFFRACTION93.83
5.2-5.950.24771340.29556X-RAY DIFFRACTION93.31
5.95-7.490.24031450.21239681X-RAY DIFFRACTION94
7.49-47.860.19631360.2149377X-RAY DIFFRACTION90.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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