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- PDB-6wk7: Crystal Structure Analysis of a poly(thymine) DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wk7
タイトルCrystal Structure Analysis of a poly(thymine) DNA duplex
要素DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードDNA / melamine-mediated / poly(thymine) DNA duplex
機能・相同性1,3,5-triazine-2,4,6-triamine / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.423 Å
データ登録者Li, Q. / Zhao, J. / Liu, L. / Mandal, S. / Rizzuto, F.J. / He, H. / Wei, S. / Jonchhe, S. / Sleiman, H.F. / Mao, H. / Mao, C.
資金援助 中国, 米国, カナダ, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21974111 中国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-1904921 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NIH 1R01CA236350 米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Office of Naval ResearchN00014-15-1-2707 米国
Banting Postdoctoral Fellowships カナダ
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Nat Mater / 年: 2020
タイトル: A poly(thymine)-melamine duplex for the assembly of DNA nanomaterials.
著者: Li, Q. / Zhao, J. / Liu, L. / Jonchhe, S. / Rizzuto, F.J. / Mandal, S. / He, H. / Wei, S. / Sleiman, H.F. / Mao, H. / Mao, C.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3178
ポリマ－3,5602
非ポリマー7576
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area2760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.665, 67.665, 67.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-AX2 / 1,3,5-triazine-2,4,6-triamine / Melamine / メラミン


分子量: 126.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 % / 解説: Cubic-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: magnesium chloride hexahydrate, MOPS, ammonium sulfate, spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 2064 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 44.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 22011
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.42-2.469.60.362890.9490.120.3820.86288.1
2.46-2.5110.70.3511090.9520.1120.3680.851100
2.51-2.5510.80.366970.9470.1170.3840.947100
2.55-2.61110.3171000.9730.0990.3320.994100
2.61-2.6610.60.2721040.9720.0870.2860.932100
2.66-2.7310.80.32970.9690.1020.3361.078100
2.73-2.7910.90.21050.9850.0630.210.922100
2.79-2.8710.90.2391010.9890.0750.250.987100
2.87-2.95110.1631070.9930.0510.1710.923100
2.95-3.0510.90.1221000.9970.0390.1280.931100
3.05-3.1610.90.075940.9980.0240.0790.984100
3.16-3.2810.70.02911310.010.0310.948100
3.28-3.4310.70.03610210.0110.0380.969100
3.43-3.6110.80.0419810.0130.0421.161100
3.61-3.8410.70.0691050.9980.0220.0731.192100
3.84-4.1410.70.0621050.9990.020.0661.096100
4.14-4.5510.80.0371080.9990.0120.0390.957100
4.55-5.2110.50.03910510.0130.0410.91100
5.21-6.5610.70.03210610.010.0340.935100
6.56-509.60.02411910.0080.0260.87898.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER1.12位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1d3x

1d3x


解像度: 2.423→27.624 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 204 9.95 %
Rwork0.2275 --
obs0.2311 2051 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.76 Å2 / Biso mean: 45.4515 Å2 / Biso min: 21.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.423→27.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 234 54 29 317
Biso mean--34.4 56.32 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.288470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d37.467112
LS精密化 シェル解像度: 2.423→27.624 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 204 -
Rwork0.2275 1847 -
obs--99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.7765 Å / Origin y: 40.3085 Å / Origin z: 16.5784 Å
111213212223313233
T0.3295 Å20.1156 Å20.1389 Å2-0.3325 Å2-0.015 Å2--0.3888 Å2
L0.215 °20.1596 °20.3211 °2-0.3325 °20.0833 °2--0.5958 °2
S0.4601 Å °0.2622 Å °0.987 Å °-0 Å °-0.0867 Å °-0.1982 Å °-0.0825 Å °-0.032 Å °0.2007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 6
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1allD6
5X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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