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- PDB-6wk3: Engineered carbene transferase RmaNOD Q52V, putative nitric oxide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wk3
タイトルEngineered carbene transferase RmaNOD Q52V, putative nitric oxide dioxygenase from Rhodothermus marinus
要素Nitric oxide dioxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Heme binding protein / Carbene transferase / Globin
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide dioxygenase / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / response to nitrosative stress / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavohemoprotein / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Knight, A.M. / Arnold, F.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1513007 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STTR-1549855 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1144469 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-07616 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-112592 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Diversity-Oriented Enzymatic Synthesis of Cyclopropane Building Blocks.
著者: Wittmann, B.J. / Knight, A.M. / Hofstra, J.L. / Reisman, S.E. / Kan, S.B.J. / Arnold, F.H.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide dioxygenase
B: Nitric oxide dioxygenase
C: Nitric oxide dioxygenase
D: Nitric oxide dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,71019
ポリマ－65,5684
非ポリマー3,14215
水181
1
A: Nitric oxide dioxygenase
B: Nitric oxide dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3219
ポリマ－32,7842
非ポリマー1,5377
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
2
C: Nitric oxide dioxygenase
ヘテロ分子

D: Nitric oxide dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,38910
ポリマ－32,7842
非ポリマー1,6058
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area1970 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.269, 102.472, 84.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.529, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Nitric oxide dioxygenase


分子量: 16391.928 Da / 分子数: 4 / 変異: Q52V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 遺伝子: Rmar_2776 / プラスミド: pSUMO_RmaNOD_Q52V
詳細 (発現宿主): pET22b encoding RmaNOD Q52V with N-terminal His-SUMO tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0MGT2, nitric oxide dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 40 mM Cu(II)SO4, 0.1M HEPES pH 7.6, 1.2 M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.74035 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74035 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→43.65 Å / Num. obs: 36944 / % possible obs: 95.98 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 58.05 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.353 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3602 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.79 / Rrim(I) all: 1.462 / % possible all: 94.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→41.67 Å / SU ML: 0.3288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.3732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1816 4.92 %
Rwork0.2077 35112 -
obs0.2096 36928 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→41.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4481 0 198 1 4680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73486584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0367745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8272670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.520.31971310.29782654X-RAY DIFFRACTION94.25
2.52-2.590.36481600.28372608X-RAY DIFFRACTION94.41
2.59-2.670.29251550.27452660X-RAY DIFFRACTION94.97
2.67-2.770.33221440.27322625X-RAY DIFFRACTION94.51
2.77-2.880.32211210.26422678X-RAY DIFFRACTION94.47
2.88-3.010.31491400.26012665X-RAY DIFFRACTION95.73
3.01-3.170.30721380.25362685X-RAY DIFFRACTION95.96
3.17-3.370.26041430.25232720X-RAY DIFFRACTION96.56
3.37-3.630.26031390.21952701X-RAY DIFFRACTION96.34
3.63-3.990.23691270.19962759X-RAY DIFFRACTION97.6
3.99-4.570.2281370.17652775X-RAY DIFFRACTION97.72
4.57-5.750.22091640.20262737X-RAY DIFFRACTION97.35
5.76-41.670.18851170.15972845X-RAY DIFFRACTION98.08
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.07758944232 Å / Origin y: 16.3263764547 Å / Origin z: 33.3602071872 Å
111213212223313233
T0.432469199414 Å20.0090182011569 Å20.00928890146978 Å2-0.411628433373 Å20.0258303636211 Å2--0.429794352643 Å2
L0.497107255816 °20.00332134339843 °2-0.0360066068485 °2-0.247072593173 °20.004256219083 °2--0.250072179154 °2
S-0.0445546507521 Å °0.0130324078922 Å °0.105999788599 Å °0.0237856807367 Å °0.0192772897079 Å °-0.0409498072128 Å °0.0158876211181 Å °0.0012390807867 Å °0.0109222683299 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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