PDB-6wiu: Crystal structure of a beta-glucosidase from Exiguobacterium marinum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wiu

タイトル

Crystal structure of a beta-glucosidase from Exiguobacterium marinum

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

beta-glucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

scopolin beta-glucosidase activity /

beta-glucosidase /

beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Exiguobacterium sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.511 Å

データ登録者

Zanphorlin, L.M. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.

引用

ジャーナル: Biofuels, Bioprod Bioref / 年: 2020
タイトル: A rationally identified marine GH1 beta-glucosidase has distinguishing functional features for simultaneous saccharification and fermentation
著者: de Sousa, A.S. / de Melo, R.R. / Miyamoto, R.Y. / Morais, M.A.B. / Andrade, L.P. / Milan, N. / de Avila, M.C. / de Souza, C.M. / Adao, R.C. / Scarpassa, J.A. / Vieira, P.S. / dos Santos, L.V. ...

履歴

登録	2020年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wiu.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wiu.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wiu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dt5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dt7-2 5dt7-1 5dt5-2 5dt5-1 3rv9-d 5w12-d 6b86-d 3qz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

C: Beta-glucosidase

D: Beta-glucosidase

E: Beta-glucosidase

F: Beta-glucosidase

G: Beta-glucosidase

H: Beta-glucosidase

I: Beta-glucosidase

J: Beta-glucosidase

K: Beta-glucosidase

L: Beta-glucosidase

M: Beta-glucosidase

N: Beta-glucosidase

O: Beta-glucosidase

P: Beta-glucosidase

873 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

C: Beta-glucosidase

D: Beta-glucosidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
218 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Beta-glucosidase

F: Beta-glucosidase

G: Beta-glucosidase

H: Beta-glucosidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Beta-glucosidase

J: Beta-glucosidase

K: Beta-glucosidase

L: Beta-glucosidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Beta-glucosidase

N: Beta-glucosidase

O: Beta-glucosidase

P: Beta-glucosidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.161, 171.897, 213.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-glucosidase / 分子量: 54560.734 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium sp. (strain ATCC BAA-1283 / AT1b) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1283 / AT1b / 遺伝子: EAT1b_2183 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4L1S4*PLUS, beta-glucosidase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % (w/v) PEG 3350; 0.2 M sodium bromide; 0.1 M Bis tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.5→32.709 Å / Num. obs: 93391 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.975 % / B_iso Wilson estimate: 93.9 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.406 / R_rim(I) all: 0.454 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 3.95

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.5-3.71	5.108	1.994	0.82	78464	15440	15361	0.438	2.221	99.5
3.71-3.96	5.079	1.495	1.07	73802	14542	14531	0.461	1.667	99.9
3.96-4.28	4.861	0.996	1.55	65732	13533	13523	0.6	1.117	99.9
4.28-4.68	4.548	0.663	2.27	56581	12446	12442	0.749	0.752	100
4.68-5.23	5.251	0.524	3.24	59254	11291	11284	0.85	0.582	99.9
5.23-6.03	5.223	0.489	3.53	52076	9985	9970	0.872	0.543	99.8
6.03-7.36	4.994	0.37	4.61	42426	8503	8496	0.915	0.413	99.9
7.36-10.28	4.596	0.105	13.42	30345	6622	6603	0.993	0.119	99.7
10.28-32.709	4.997	0.05	26.83	18993	3911	3801	0.997	0.056	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DT5

5dt5

解像度: 3.511→32.709 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2921	4491	4.81 %
R_work	0.2633	-	-
obs	0.2647	93273	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 460.34 Å² / B_iso mean: 102.42 Å² / B_iso min: 38.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.511→32.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	57949	0	0	0	57949
残基数	-	-	-	-	7059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	59714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	80909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	8030
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	10571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.241	21237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.5113-3.5511	0.5794	123	0.552	2484	93
3.5511-3.5929	0.4314	102	0.4483	1996	96
3.5929-3.6366	0.3991	158	0.3646	2993	100
3.6366-3.6826	0.4373	166	0.4017	2989	100
3.6826-3.731	0.3815	164	0.3699	2950	100
3.731-3.782	0.3344	147	0.3191	3050	100
3.782-3.836	0.3269	156	0.3	2964	100
3.836-3.8932	0.3455	150	0.3146	3033	100
3.8932-3.9539	0.3449	149	0.3245	3032	100
3.9539-4.0186	0.3439	154	0.299	2995	100
4.0186-4.0878	0.3706	151	0.2959	3027	100
4.0878-4.162	0.2872	136	0.2787	2980	100
4.162-4.2418	0.3188	140	0.2728	3015	100
4.2418-4.3282	0.3063	133	0.2749	3031	100
4.3282-4.4221	0.2938	144	0.2659	3048	100
4.4221-4.5247	0.2819	145	0.2525	2971	100
4.5247-4.6376	0.2626	169	0.2438	3041	100
4.6376-4.7626	0.2768	144	0.2494	2998	100
4.7626-4.9023	0.2612	147	0.2478	3006	100
4.9023-5.06	0.2928	139	0.2465	3083	100
5.06-5.2401	0.2877	153	0.236	2964	100
5.2401-5.449	0.2699	164	0.2424	3031	100
5.449-5.6958	0.2647	155	0.2481	3005	100
5.6958-5.9944	0.3013	162	0.2439	2987	100
5.9944-6.3673	0.2619	136	0.2526	3056	100
6.3673-6.8548	0.2942	168	0.2524	3003	100
6.8548-7.537	0.2869	165	0.2401	3043	100
7.537-8.6102	0.2406	145	0.2211	3027	100
8.6102-10.783	0.2109	172	0.1917	3025	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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