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- PDB-6whb: MEKK1 TOG domain (548-867) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6whb
タイトルMEKK1 TOG domain (548-867)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Tubulin-binding / localization / protein-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / MAP kinase kinase kinase activity / FCERI mediated MAPK activation / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to mechanical stimulus ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / MAP kinase kinase kinase activity / FCERI mediated MAPK activation / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to mechanical stimulus / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, SWIM-type / SWIM zinc finger / Zinc finger SWIM-type profile. / : / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical ...Zinc finger, SWIM-type / SWIM zinc finger / Zinc finger SWIM-type profile. / : / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.90032055102 Å
データ登録者Filipcik, P. / Mace, P.D.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New Zealand ニュージーランド
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A cryptic tubulin-binding domain links MEKK1 to curved tubulin protomers.
著者: Filipcik, P. / Latham, S.L. / Cadell, A.L. / Day, C.L. / Croucher, D.R. / Mace, P.D.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5379
ポリマ－37,9651
非ポリマー5728
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, as SEC-MALLS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.817, 71.817, 259.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1056-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1 / MAPK/ERK kinase kinase 1 / MEKK 1


分子量: 37965.492 Da / 分子数: 1 / 断片: TOG domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K1, MAPKKK1, MEKK, MEKK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q13233, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.9, 1.5 M sodium acetate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX110.9537
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX121.4586
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2016年2月1日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2016年2月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Si with sagittaly bent second crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Si with sagittaly bent second crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21.45861
反射解像度: 1.9→47.3 Å / Num. obs: 27403 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 28.6 % / Biso Wilson estimate: 44.1557858027 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1447 / Rrim(I) all: 0.1473 / Net I/σ(I): 19.36
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 29 % / Num. unique obs: 2683 / CC1/2: 0.239 / CC star: 0.621 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.90032055102→47.2908101698 Å / SU ML: 0.320125233772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32649928869 / 位相誤差: 28.9789126262
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229687564641 1381 5.10177694041 %random
Rwork0.2070807354 ---
obs0.208269068866 27069 98.7595315407 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.378466522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.90032055102→47.2908101698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 38 68 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005950226169392284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7277908456423080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414032461585367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00402486158347386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.89864353491391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9004-1.96820.4463073126411130.4151711198952243X-RAY DIFFRACTION87.8121505777
1.9682-2.0470.4005712947361660.33880769822526X-RAY DIFFRACTION100
2.047-2.14020.3001033641441440.2894358796962542X-RAY DIFFRACTION100
2.1402-2.2530.2655758770321320.2547566276382562X-RAY DIFFRACTION100
2.253-2.39420.2678481286031300.2191052771972592X-RAY DIFFRACTION100
2.3942-2.5790.2607406054191220.212371315112580X-RAY DIFFRACTION99.9630040696
2.579-2.83860.2767659291211310.2225271470012600X-RAY DIFFRACTION99.9633967789
2.8386-3.24920.2500529250251540.2103331259442608X-RAY DIFFRACTION100
3.2492-4.09330.1996821651961450.1879288896742633X-RAY DIFFRACTION100
4.0933-47.290.1936012499631440.183507104052802X-RAY DIFFRACTION99.6954314721
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.8197403785 Å / Origin y: 15.2451849573 Å / Origin z: 7.59981569605 Å
111213212223313233
T0.337541809868 Å20.034826493021 Å2-0.0393742900525 Å2-0.230895862252 Å20.0363124634189 Å2--0.309789300445 Å2
L2.87213714246 °2-0.124189667224 °2-1.56610614331 °2-1.55416511577 °20.822182095406 °2--2.73680600704 °2
S0.0079942964481 Å °0.0606343135943 Å °-0.0967580879025 Å °-0.005176568648 Å °0.00489151578313 Å °-0.0676027096401 Å °0.307854564635 Å °-0.0362025943676 Å °-0.0220420589835 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA548 - 867
2X-RAY DIFFRACTION1allA901 - 903
3X-RAY DIFFRACTION1allA904 - 908
4X-RAY DIFFRACTION1allA1001 - 1068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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