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- PDB-6wh5: Mycobacterium tuberculosis pduO-type ATP:cobalamin adenosyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wh5
タイトルMycobacterium tuberculosis pduO-type ATP:cobalamin adenosyltransferase bound to cob(II)alamin and PPPi
要素Corrinoid adenosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / chaperone / B12 trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / COBALAMIN / : / Corrinoid adenosyltransferase / Corrinoid adenosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.866 Å
データ登録者Mascarenhas, R.N. / Ruetz, M. / Koutmos, M. / Banerjee, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1-DK45776 米国
American Heart Association19POST34370113 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Mobile loop dynamics in adenosyltransferase control binding and reactivity of coenzyme B 12 .
著者: Mascarenhas, R. / Ruetz, M. / McDevitt, L. / Koutmos, M. / Banerjee, R.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corrinoid adenosyltransferase
B: Corrinoid adenosyltransferase
C: Corrinoid adenosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95715
ポリマ－63,0023
非ポリマー4,95512
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19150 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.428, 62.678, 103.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...
21(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...
31(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLEULEU(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA3 - 206 - 23
12ASPASPASPASP(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA2225
13SERSERSERSER(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA2427
14GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA8386
15VALVALGLYGLY(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA3 - 1886 - 191
16VALVALGLYGLY(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA3 - 1886 - 191
17VALVALGLYGLY(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA3 - 1886 - 191
18VALVALGLYGLY(chain A and (resid 3 through 20 or resid 22...AA3 - 1886 - 191
21VALVALLEULEU(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB3 - 206 - 23
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB2225
23SERSERSERSER(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB2427
24GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB8386
25VALVALGLYGLY(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB3 - 1886 - 191
26VALVALGLYGLY(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB3 - 1886 - 191
27VALVALGLYGLY(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB3 - 1886 - 191
28VALVALGLYGLY(chain B and (resid 3 through 20 or resid 22...BB3 - 1886 - 191
31VALVALLEULEU(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC3 - 206 - 23
32ASPASPASPASP(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC2225
33SERSERSERSER(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC2427
34LYSLYSHISHIS(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC86 - 8789 - 90
35VALVALGLYGLY(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC3 - 1886 - 191
36VALVALGLYGLY(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC3 - 1886 - 191
37VALVALGLYGLY(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC3 - 1886 - 191
38VALVALGLYGLY(chain C and (resid 3 through 20 or resid 22...CC3 - 1886 - 191

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Corrinoid adenosyltransferase


分子量: 21000.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: E5M05_13560, ERS023446_03354, ERS027651_01619, FCN16_21305, SAMEA2682864_01680, SAMEA2683035_01578
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045JVI3, UniProt: P9WP99*PLUS, corrinoid adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸


分子量: 257.955 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 3350, 0.1 M bis Tris pH 6.5, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.866→54.156 Å / Num. obs: 46346 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.866→1.898 Å / Rmerge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 12179 / CC1/2: 0.818

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G2D

2g2d


解像度: 1.866→39.806 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 2372 5.12 %
Rwork0.1764 --
obs0.1784 46298 91.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.06 Å2 / Biso mean: 32.4085 Å2 / Biso min: 13.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.866→39.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4204 0 585 206 4995
Biso mean--41.68 32.56 -
残基数----558
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1653X-RAY DIFFRACTION0.601TORSIONAL
12B1653X-RAY DIFFRACTION0.601TORSIONAL
13C1653X-RAY DIFFRACTION0.601TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8663-1.90440.32981400.2686255691
1.9044-1.94580.24281350.2259276798
1.9458-1.99110.24611550.1924273699
1.9911-2.04090.21861660.195276699
2.0409-2.0960.3551630.284197235
2.096-2.15770.20071460.1809275699
2.1577-2.22730.20411450.1733273898
2.2273-2.30690.2081810.1997149853
2.3069-2.39930.19371570.1695276799
2.3993-2.50850.22411460.1686277798
2.5085-2.64070.22961360.1681270297
2.6407-2.80610.21071260.1826278699
2.8061-3.02270.21651590.17822822100
3.0227-3.32680.19131610.17542800100
3.3268-3.80780.23851610.17092791100
3.8078-4.79620.17671620.1484280398
4.7962-39.8060.24971330.1808288999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.119 Å / Origin y: -14.9474 Å / Origin z: 22.6985 Å
111213212223313233
T0.1545 Å20.001 Å2-0.0033 Å2-0.1486 Å2-0.0031 Å2--0.1427 Å2
L0.924 °20.0057 °20.1831 °2-1.1293 °20.0337 °2--1.1919 °2
S0.0048 Å °0.033 Å °0.0068 Å °-0.0498 Å °-0.0028 Å °-0.0522 Å °0.0069 Å °0.033 Å °-0.0019 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 188
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 188
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 188
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 212
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 3
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 3
7X-RAY DIFFRACTION1allG301 - 303
8X-RAY DIFFRACTION1allH401 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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