[日本語] English
万見
- PDB-6wg9: Crystal structure of tetracycline destructase Tet(X7) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wg9
タイトルCrystal structure of tetracycline destructase Tet(X7)
要素Tetracycline destructase Tet(X7)
キーワードFLAVOPROTEIN / Nucleotide Binding / Oxidoreductase Activity / FAD Binding / Response to Antibiotic / Oxidation Reduction Process / ANTIBIOTIC
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kumar, H. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI12339405 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Tetracycline-inactivating enzymes from environmental, human commensal, and pathogenic bacteria cause broad-spectrum tetracycline resistance.
著者: Gasparrini, A.J. / Markley, J.L. / Kumar, H. / Wang, B. / Fang, L. / Irum, S. / Symister, C.T. / Wallace, M. / Burnham, C.D. / Andleeb, S. / Tolia, N.H. / Wencewicz, T.A. / Dantas, G.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tetracycline destructase Tet(X7)
B: Tetracycline destructase Tet(X7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6414
ポリマ－90,0702
非ポリマー1,5712
水1,11762
1
A: Tetracycline destructase Tet(X7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8212
ポリマ－45,0351
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tetracycline destructase Tet(X7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8212
ポリマ－45,0351
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.130, 131.970, 136.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 23 through 253 or resid 261 through 393))A23 - 253
121(chain 'A' and (resid 23 through 253 or resid 261 through 393))A261 - 393
211(chain 'B' and (resid 23 through 253 or resid 261 through 393))B23 - 253
221(chain 'B' and (resid 23 through 253 or resid 261 through 393))B261 - 393
112chain 'C'C389
212chain 'D'D389

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tetracycline destructase Tet(X7)


分子量: 45034.957 Da / 分子数: 2 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium sulfate and 20% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000033 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→19.77 Å / Num. obs: 34444 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 50.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09138 / Net I/σ(I): 17.31
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / Rmerge(I) obs: 0.8967 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 3416 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.3809 / Rrim(I) all: 0.9762

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A6N

4a6n


解像度: 2.55→19.77 Å / SU ML: 0.2683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.279
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1673 4.86 %
Rwork0.207 --
obs0.2088 34427 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5800 0 106 62 5968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00386022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71668160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464903
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.61382216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.620.31721330.30042671X-RAY DIFFRACTION99.72
2.62-2.710.31761420.28162704X-RAY DIFFRACTION99.89
2.71-2.810.30661330.28562689X-RAY DIFFRACTION99.89
2.81-2.920.33471490.27932683X-RAY DIFFRACTION99.82
2.92-3.050.30771320.27722699X-RAY DIFFRACTION99.86
3.05-3.210.29181410.26882708X-RAY DIFFRACTION99.72
3.21-3.410.32041340.24862710X-RAY DIFFRACTION99.61
3.41-3.670.2231380.21992710X-RAY DIFFRACTION99.68
3.67-4.040.22811370.19032753X-RAY DIFFRACTION99.9
4.04-4.620.18531400.1532742X-RAY DIFFRACTION99.93
4.62-5.790.19921460.16052785X-RAY DIFFRACTION99.76
5.79-19.770.22241480.17422900X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.202535802921.60465534421-0.09738437662183.794518581890.2030040688791.93715474331-0.1181313027340.3819400537290.10554333863-0.863958330890.0392153147258-0.25692242642-0.03144034503440.2257412079140.09963602028080.66867039402-0.01835813014940.08261187313530.491952868623-0.0521974014430.27972563397233.143897811361.318283257772.6107382996
27.773106326871.31071285381-2.007562689122.46893936082-0.5400842369683.54838644662-0.2182800345960.2200847103130.105671796132-0.3511677826810.124214925257-0.240232029878-0.02545482262510.1215930627360.1153509698130.4729762972940.02817282714910.01622856687580.364324805465-0.02957428608880.33322973486632.323155123357.879252887879.9831756545
32.763594508681.95160730253-0.5888713373815.67184939636-0.9636470525852.85982160792-0.00535812472493-0.1486508401530.02195412533240.1083682574870.07698999573620.3660246537670.152600126666-0.0681425591848-0.06473139980920.2758726885380.0473426153011-0.01715680995590.348137378077-0.05140756820060.3315695073224.182881109452.066607734793.4818161066
48.282951759975.13054390846-6.079651893616.38017008007-3.487808038415.435906700850.2386027126370.05109095552030.534648108148-0.180787198516-0.05719440881910.0205116463891-0.7281789805110.297588154942-0.4052584009980.463252187919-0.0164572858499-0.02781058835420.429900232773-0.02633369918120.42357293368728.107260683672.047106387984.7664586249
58.755966493140.1671832185751.464348010028.14423419013-2.060094848816.17137347271-0.02894435116570.3043244262290.4084547507360.1535320998530.1459570537111.10287772723-0.739415839598-0.459881904976-0.175061147870.5168102852180.1333751387110.05306313289040.300251070569-0.03147741435150.5702020929954.0778788877693.8708495051107.224297226
62.74341369485-0.4350866062071.569410007492.56388406753-0.327359158441.32727673784-0.09414975374990.1222629072990.173004777190.0613135624485-0.0224966389857-0.0820585266093-0.046230608750.324212401010.1042694495940.621452152783-0.00314058465282-0.02894414697970.358773753143-0.02070747896630.33228371535226.407725503989.9898737021114.181975775
73.95371904661-3.09789922071-0.5553105766486.388333909050.9379228595241.85728493147-0.1379580960130.03834574722250.1147808637870.1697631811750.2575824968791.03649297217-0.107566817697-0.435976507147-0.06664162249130.389788732369-0.01980805541870.06606447771530.4297300131320.05211494156070.729238088165-1.5289952529383.011917064106.061634173
86.214648896880.2868499807330.3075032896243.25473394507-0.9255596096054.273826806050.0174646839584-0.281681975944-0.3470148195930.8605428378490.0444608234534-0.1096638836460.333547892844-0.0858256818815-0.06174867107640.7075856894840.0221971518443-0.03031409972570.3438194883250.009253093058470.30614857409424.086691226171.972206378126.577646325
96.66278948916-6.25991986314.011593191648.98866120241-4.364668845025.61875941138-0.297403988950.04195249625140.01429529609050.03522439622710.2602927475560.276742908427-0.0212850382619-0.0141067896242-0.04282658185490.408269206644-0.09617163358950.02909671212840.397633119916-0.04471464896980.44251642789910.305673582777.2199991455100.481196197
105.07537623262-5.30493988575.562409483366.9352685105-4.416687891517.455683328340.08378417357280.363484150397-0.0409587936241-0.315288239405-0.01243391355410.122970950648-0.1436030327470.1740549519520.1040363248270.367964473452-0.05245105783660.05250047561730.4185805081760.01256553855060.38583695750317.481045752681.811888256898.1856217761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 187 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 188 through 334 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 335 through 393 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 23 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 138 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 139 through 199 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 200 through 299 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 300 through 334 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 335 through 393 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る