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- PDB-6wfm: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wfm
タイトルCrystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (murA) from Stenotrophomonas maltophilia K279a
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Stenotrophomonas maltophilia / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / murA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (murA) from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1352
ポリマ－91,1352
非ポリマー00
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area30790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.740, 136.950, 155.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...
21(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLYSLYS(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA0 - 38 - 11
12VALVALGLYGLY(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA5 - 1413 - 22
13GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA1523
14HISHISPROPRO(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA0 - 4238 - 431
15HISHISPROPRO(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA0 - 4238 - 431
16HISHISPROPRO(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA0 - 4238 - 431
17HISHISPROPRO(chain A and (resid 0 through 3 or resid 5...AA0 - 4238 - 431
21HISHISLYSLYS(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB0 - 38 - 11
22VALVALVALVAL(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB5 - 1613 - 24
23HISHISHISHIS(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB08
24HISHISHISHIS(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB08
25HISHISHISHIS(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB4856
26HISHISPROPRO(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB0 - 4238 - 431
27HISHISPROPRO(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB0 - 4238 - 431
28HISHISPROPRO(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB0 - 4238 - 431
29HISHISPROPRO(chain B and (resid 0 through 3 or resid 5...BB0 - 4238 - 431

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 45567.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: murA, Smlt1119
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B2FRX1, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition g7: 25% (w/V) PEG 3350, 100mM Tris base / HCl pH 8.5: StmaA.00952.a.B1.PW38746 (labelled as StmaA.01067.a.B1.PW38746) at 9mg/ml: tray 314074g7: cryo: 15% ...詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition g7: 25% (w/V) PEG 3350, 100mM Tris base / HCl pH 8.5: StmaA.00952.a.B1.PW38746 (labelled as StmaA.01067.a.B1.PW38746) at 9mg/ml: tray 314074g7: cryo: 15% EG: puck qvy9-5. For phasing, a crystal from the same condition was incubated for 20sec in a mix of 90% reservoir and 10% 2.5M NaI in EG, followed by a soak for 20sec in a mix of 80% reservoir and 20% NaI in EG. cryo: 20% EG + 500mM NaI: puck ynn3-13

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2020年2月13日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2020年2月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2RIGAKU VARIMAX VHFSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.95→37.23 Å / Num. obs: 66158 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.176 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 18.03 / Num. measured all: 408609
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-26.2610.5952.6130351485048480.9170.649100
2-2.066.2580.4373.4829701474947460.9490.47799.9
2.06-2.126.2330.2945.0628746461346120.980.321100
2.12-2.186.2680.2366.2727874445044470.9850.25799.9
2.18-2.256.2620.1917.7527146433543350.9890.208100
2.25-2.336.2720.1529.5426205418141780.9930.16599.9
2.33-2.426.280.12611.6525497406240600.9940.137100
2.42-2.526.2520.10214.2624452391639110.9960.11199.9
2.52-2.636.2760.08417.1623579376137570.9970.09299.9
2.63-2.766.2130.0720.8422223358135770.9980.07699.9
2.76-2.916.2020.06224.4621160341634120.9980.06899.9
2.91-3.086.1670.05327.8819974324932390.9980.05899.7
3.08-3.36.1030.04931.6518480303530280.9980.05399.8
3.3-3.566.0260.04434.6417126285128420.9990.04899.7
3.56-3.960.04136.8315834264326390.9980.04599.8
3.9-4.365.9910.03938.5914252238623790.9990.04299.7
4.36-5.035.9720.03639.2512714213421290.9990.0499.8
5.03-6.175.9620.03539.1410737180118010.9990.038100
6.17-8.725.9020.03439.318411142714250.9990.03799.9
8.72-37.235.230.03537.6241478287930.9980.03995.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18rc4精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHELXDE位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→37.23 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2019 3.05 %0
Rwork0.1709 ---
obs0.1722 66100 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.74 Å2 / Biso mean: 49.1715 Å2 / Biso min: 25.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→37.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6067 0 0 476 6543
Biso mean---49.75 -
残基数----833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8358457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551056
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9592254
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3570X-RAY DIFFRACTION7.836TORSIONAL
12B3570X-RAY DIFFRACTION7.836TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.3431440.261245294673100
2-2.050.29931460.241244954641100
2.05-2.110.22991550.210345574712100
2.11-2.180.25091460.199145234669100
2.18-2.260.25061450.198745444689100
2.26-2.350.23931470.197345464693100
2.35-2.460.25161410.195445404681100
2.46-2.590.25041470.191245624709100
2.59-2.750.26161400.184945614701100
2.75-2.960.2531400.191845914731100
2.96-3.260.22961510.181345714722100
3.26-3.730.20921590.162845924751100
3.73-4.70.1711230.142946734796100
4.7-37.230.18291350.14864797493299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0129-2.19511.39371.0247-0.69611.7827-0.1484-0.0673-0.20280.01360.07650.11730.0111-0.20070.07740.3949-0.07690.06130.3213-0.02950.2806-13.234-34.310227.071
21.5391-0.18210.52063.1622-0.28334.2925-0.24540.26350.25220.03930.1313-0.0121-0.8581-0.06810.13050.4241-0.0259-0.0950.4849-0.03360.3318-20.189-18.632715.724
32.1391-0.82570.70992.3099-0.17612.2439-0.15910.43380.2056-0.0273-0.04810.1368-0.2551-0.07050.21940.3852-0.094-0.09190.5698-0.00070.3503-19.8932-22.98455.0528
42.7489-0.86690.51061.2249-0.34571.3789-0.04880.2951-0.5123-0.09570.01260.19250.3599-0.15450.00240.3828-0.0860.05760.3134-0.09410.302-6.1884-44.094914.013
52.86160.1743-0.79850.66660.62325.0240.08350.15170.2008-0.06030.0375-0.0867-0.17080.2195-0.1040.353-0.00190.08320.2556-0.03220.308311.2328-35.224122.9816
66.686-3.4810.79441.8373-0.63841.4415-0.3431-0.05810.4390.16740.1569-0.3321-0.23780.18320.19890.4044-0.1129-0.03170.3299-0.0120.430416.9005-1.363833.7928
72.7819-1.15720.14062.83910.74991.64940.02130.7616-0.1064-0.2335-0.0569-0.22140.06910.19990.03740.3074-0.09790.10740.64070.0280.538830.4455-14.752222.1979
82.4818-0.57410.68970.9551-0.14951.32790.03270.58130.9914-0.1574-0.1753-0.4769-0.5730.3980.02550.5601-0.13290.07360.45350.20560.638616.73268.261319.2883
93.20760.016-0.40931.233-0.35244.75780.17870.49220.101-0.3016-0.0666-0.0060.0749-0.1748-0.06260.39880.0201-0.04480.29790.07280.3093-3.3702-0.195619.8613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 80 )A0 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 139 )A81 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 194 )A140 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 195 through 309 )A195 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 310 through 423 )A310 - 423
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 80 )B0 - 80
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 81 through 194 )B81 - 194
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 195 through 309 )B195 - 309
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 310 through 423 )B310 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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