PDB-6wef: Copper-bound D92H variant of Campylobacter jejuni P19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wef

タイトル

Copper-bound D92H variant of Campylobacter jejuni P19

要素

Uncharacterized protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / iron transport / copper cofactor / periplasmic

機能・相同性

Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Periplasmic metal-binding protein Tp34-type superfamily / Fe2+ transport protein / metal ion binding / COPPER (II) ION / Iron transporter

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Chan, A.C. / Murphy, M.E.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Metallomics / 年: 2020
タイトル: A copper site is required for iron transport by the periplasmic proteins P19 and FetP.
著者: Chan, A.C.K. / Lin, H. / Koch, D. / Grass, G. / Nies, D.H. / Murphy, M.E.P.

履歴

登録	2020年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wef.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wef.ent.gz	903.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wef_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wef_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	6wef_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	6wef_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i0vC 5i0wC 5i0xC 5i0yC 6wedC 6weeC 3lzlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wee-3 6wee-1 5i0v-d 6wed-d 3lzr-d 6wee-2 5i0w-d 3lzp-d 3lzq-d 5i0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

214 kDa, 12 ポリマー
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1

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.5 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

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35.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

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35.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

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35.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

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35.5 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	132.455, 132.455, 104.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 17613.920 Da / 分子数: 12 / 変異: D92H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3PA01
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 % / Mosaicity: 0.83 ° / Mosaicity esd: 0.008 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.49

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 70171 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.846 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 341533

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	3.5	0.624	3406	0.9	0.381	0.735	0.805	97.3
2.54-2.59	3.7	0.627	3447	0.907	0.372	0.732	0.813	98.5
2.59-2.64	3.9	0.432	3589	0.952	0.247	0.499	0.814	98.5
2.64-2.69	4.2	0.456	3432	0.951	0.25	0.522	0.847	98.1
2.69-2.75	4.4	0.46	3494	0.95	0.244	0.521	0.81	98.3
2.75-2.82	4.7	0.356	3540	0.962	0.182	0.401	0.822	98.9
2.82-2.89	4.8	0.312	3468	0.973	0.157	0.349	0.803	98.9
2.89-2.96	4.9	0.288	3526	0.974	0.143	0.321	0.811	99
2.96-3.05	4.9	0.265	3496	0.983	0.13	0.296	0.801	99.1
3.05-3.15	5	0.224	3507	0.982	0.109	0.249	0.821	99.1
3.15-3.26	5.1	0.137	3515	0.995	0.066	0.153	0.813	98.9
3.26-3.39	5.2	0.138	3539	0.993	0.066	0.153	0.835	99.3
3.39-3.55	5.3	0.103	3497	0.996	0.049	0.114	0.867	99.5
3.55-3.73	5.3	0.102	3537	0.996	0.048	0.112	1.049	99.4
3.73-3.97	5.3	0.084	3496	0.998	0.04	0.093	0.879	99.7
3.97-4.27	5.3	0.064	3573	0.998	0.03	0.07	0.908	99.4
4.27-4.7	5.4	0.054	3513	0.999	0.025	0.06	1	99.7
4.7-5.38	5.4	0.049	3525	0.999	0.023	0.055	0.817	99.7
5.38-6.78	5.6	0.053	3556	0.999	0.024	0.058	0.746	99.9
6.78-50	5.6	0.029	3515	1	0.013	0.032	0.804	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.38 Å	28.68 Å
Translation	3.38 Å	28.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LZL

3lzl

解像度: 2.501→28.677 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 74.24 / 位相誤差: 35.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2991	2034	2.91 %
R_work	0.2702	-	-
obs	0.2716	69955	98.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.34 Å² / B_iso mean: 51.1021 Å² / B_iso min: 0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.501→28.677 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14829	0	103	541	15473
B_iso mean	-	-	55.54	22.17	-
残基数	-	-	-	-	1901

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5027-2.5653	0.4745	142	0.3728	4598	4740	92
2.5653-2.6345	0.3157	135	0.3625	4831	4966	95
2.6345-2.712	0.4328	146	0.3368	4783	4929	96
2.712-2.7994	0.3847	139	0.3388	4846	4985	96
2.7994-2.8992	0.3604	138	0.3153	4828	4966	96
2.8992-3.0151	0.3463	152	0.307	4878	5030	96
3.0151-3.152	0.3273	140	0.2999	4823	4963	96
3.152-3.3178	0.3755	146	0.2592	4892	5038	96
3.3178-3.5251	0.2948	154	0.265	4826	4980	96
3.5251-3.7962	0.2985	144	0.2476	4918	5062	97
3.7962-4.1764	0.2987	142	0.2149	4842	4984	97
4.1764-4.7765	0.1995	157	0.1977	4899	5056	97
4.7765-6.0018	0.2312	154	0.2494	4901	5055	97
6.0018-23.7919	0.3152	139	0.3083	4903	5042	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0019	-0.0081	0.0004	0.0543	-0.0086	0.0014	-0.0457	0.0303	0.0124	0.0118	0.0523	-0.0444	-0.02	0.0193	0.002	0.225	0.0418	0.1115	0.5787	0.0863	0.3218	57.28	-11.8798	20.953
2	0.0131	0.0061	0.0326	0.002	0.0077	0.0765	-0.1365	-0.0282	0.0443	0.0651	-0.0158	0.033	0.0002	0.1181	-0.0982	0.3823	0.2223	0.0082	0.5263	0.0501	0.2693	45.8458	-17.1199	31.2817
3	0.0572	0.002	0.0304	0.0976	0.0053	0.0244	-0.0113	-0.1064	-0.0377	-0.0781	0.0282	-0.0985	-0.021	0.0899	0.0197	0.3956	0.1439	0.0057	0.512	0.067	0.224	49.8528	-16.092	18.4594
4	0.0037	-0.0083	0.0025	0.0175	-0.0083	0.0126	0.0433	0.0611	-0.0349	0.0185	0.0244	-0.0253	0.0673	0.0807	0.0256	0.3571	0.1927	0.006	0.658	0.128	0.4026	53.0242	-22.2821	27.6046
5	0.008	-0.0034	-0.0061	0	-0.0017	0.0042	0.1394	0.0551	-0.045	-0.0111	0.1225	-0.0597	0.0678	-0.032	-0	0.2904	0.0879	0.0059	0.4331	0.0861	0.3149	41.2313	-11.5461	3.7422
6	0.0097	-0.0044	-0.0078	0.002	0.0028	0.0045	0.0994	-0.0181	-0.0238	-0.0769	-0.0928	-0.0433	-0.0174	0.0387	0	0.3672	0.1964	0.011	0.983	0.0178	0.4872	59.4376	-19.3337	25.9849
7	-0.0015	0.0034	0.0038	0.0034	0.0057	0.0053	0.0241	-0.0584	0.0663	0.0055	-0.0116	0.071	-0.0267	-0.0381	0	0.3048	-0.0239	-0.0286	0.344	-0.0531	0.4294	28.3774	7.0826	13.8745
8	0.1327	0.0914	0.0222	0.0798	-0.0247	0.0126	0.0479	-0.0335	0.0189	-0.1041	-0.0545	0.1479	-0.0541	0.0205	0.0639	0.1998	0.0636	-0.0559	0.3401	0.0429	0.3966	28.3925	-3.1144	11.2285
9	0.0024	-0.0033	-0.0024	0.0164	0.0188	0.0221	-0.0499	0.0187	-0.0238	0.0212	0.0209	0.0662	-0.0263	0.0027	-0.0096	0.2062	0.1033	-0.0199	0.3168	0.068	0.2765	35.4428	-5.17	7.5218
10	0.1023	0.0613	-0.029	0.0398	0.0072	0.0893	0.0461	0.0679	-0.0688	-0.0473	0.0406	0.1001	-0.1525	-0.0923	0.0442	0.2027	0.0917	-0.0896	0.2833	0.0045	0.4002	19.97	-2.9085	7.0299
11	0.0156	0.0113	-0.0076	0.0095	-0.0047	0.0043	0.018	-0.0054	0.0069	0.0168	0.0086	-0.014	0.0178	-0.021	0.0115	0.3682	0.0465	-0.1773	0.5721	0.1214	0.4977	34.986	-11.7906	26.7647
12	0.1016	-0.0096	-0.0176	0.0068	0.0212	0.0975	0.0421	-0.1251	0.0963	-0.1051	-0.0525	0.11	-0.0651	0.012	-0.0148	0.2751	0.2177	-0.0413	0.3094	-0.0647	0.4137	28.3574	-0.607	20.5589
13	0.0673	-0.0155	-0.0349	0.0597	-0.0065	0.0369	0.0146	0.0533	-0.0334	0.028	0.034	0.0479	0.0293	-0.0053	0.0218	0.3741	0.1785	0.0284	0.3066	-0.0514	0.3704	28.2623	-6.9601	54.8405
14	0.0169	-0.011	-0.006	0.0144	0.0092	0.0087	0.0575	0.0314	-0.0189	0.0867	-0.0678	0.0175	0.0282	0.0071	0.0104	0.2302	-0.0961	0.0241	0.2942	0.135	0.4902	29.2987	-3.0372	59.1749
15	0.0025	0.0003	0.0021	0.0023	-0.0009	0.0007	-0.0204	-0.0115	-0.0077	-0.0007	-0.0082	0.021	-0.0489	0.0294	-0	0.5103	-0.1086	0.0619	0.4405	-0.0284	0.471	30.2311	11.9887	68.8201
16	0.0024	-0.0042	0.001	0.0006	-0.0009	0.0035	-0.0522	0.0047	-0.0014	0.0215	0.0332	0.0737	-0.0184	-0.0248	-0	0.255	-0.0109	0.0436	0.3462	0.0074	0.3512	28.2752	2.5885	63.3629
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 2 through 22 )	C	2 - 22
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 85 through 92 )	D	85 - 92
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 123 through 132 )	D	123 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 133 through 159 )	D	133 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 2 through 14 )	A	2 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 15 through 23 )	A	15 - 23
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 24 through 35 )	A	24 - 35
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 36 through 49 )	A	36 - 49
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 50 through 78 )	A	50 - 78
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 79 through 90 )	A	79 - 90
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 91 through 100 )	A	91 - 100
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 101 through 112 )	A	101 - 112
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 113 through 122 )	A	113 - 122
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 123 through 132 )	A	123 - 132
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 133 through 145 )	A	133 - 145
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 146 through 159 )	A	146 - 159
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 1 through 14 )	B	1 - 14
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 15 through 35 )	B	15 - 35
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 36 through 49 )	B	36 - 49
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 50 through 84 )	B	50 - 84
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 85 through 100 )	B	85 - 100
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 101 through 132 )	B	101 - 132
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 133 through 145 )	B	133 - 145
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'B' and (resid 146 through 159 )	B	146 - 159
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 2 through 14 )	E	2 - 14
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 15 through 35 )	E	15 - 35
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 36 through 66 )	E	36 - 66
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 67 through 79 )	E	67 - 79
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 80 through 100 )	E	80 - 100
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 101 through 112 )	E	101 - 112
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 113 through 122 )	E	113 - 122
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 123 through 132 )	E	123 - 132
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 133 through 145 )	E	133 - 145
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 146 through 159 )	E	146 - 159
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 2 through 22 )	F	2 - 22
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 23 through 84 )	F	23 - 84
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 85 through 122 )	F	85 - 122
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 123 through 132 )	F	123 - 132
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 133 through 159 )	F	133 - 159
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 2 through 22 )	G	2 - 22
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 23 through 49 )	G	23 - 49
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 50 through 112 )	G	50 - 112
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 113 through 159 )	G	113 - 159
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	1 - 14
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 15 through 22 )	H	15 - 22
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 23 through 35 )	H	23 - 35
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 36 through 49 )	H	36 - 49
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 50 through 66 )	H	50 - 66
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 67 through 79 )	H	67 - 79
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 80 through 90 )	H	80 - 90
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 91 through 112 )	H	91 - 112
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 113 through 122 )	H	113 - 122
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resid 123 through 132 )	H	123 - 132
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resid 133 through 145 )	H	133 - 145
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 146 through 159 )	H	146 - 159
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resid 2 through 14 )	I	2 - 14
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'I' and (resid 15 through 49 )	I	15 - 49
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'I' and (resid 50 through 100 )	I	50 - 100
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'I' and (resid 101 through 112 )	I	101 - 112
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'I' and (resid 113 through 122 )	I	113 - 122
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'I' and (resid 123 through 145 )	I	123 - 145
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'I' and (resid 146 through 159 )	I	146 - 159
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'J' and (resid 1 through 14 )	J	1 - 14
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'J' and (resid 15 through 59 )	J	15 - 59
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'J' and (resid 60 through 100 )	J	60 - 100
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'J' and (resid 101 through 122 )	J	101 - 122
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'J' and (resid 123 through 159 )	J	123 - 159
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'K' and (resid 2 through 22 )	K	2 - 22
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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