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- PDB-6wee: Copper-bound M88I variant of Campylobacter jejuni P19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wee
タイトルCopper-bound M88I variant of Campylobacter jejuni P19
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / iron transport / copper cofactor / periplasmic
機能・相同性Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Periplasmic metal-binding protein Tp34-type superfamily / Fe2+ transport protein / metal ion binding / COPPER (II) ION / Iron transporter
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (カンピロバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chan, A.C. / Murphy, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Metallomics / : 2020
タイトル: A copper site is required for iron transport by the periplasmic proteins P19 and FetP.
著者: Chan, A.C.K. / Lin, H. / Koch, D. / Grass, G. / Nies, D.H. / Murphy, M.E.P.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,49719
ポリマ-105,4376
非ポリマー1,06013
6,936385
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4576
ポリマ-35,1462
非ポリマー3114
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4616
ポリマ-35,1462
非ポリマー3154
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5797
ポリマ-35,1462
非ポリマー4335
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.965, 132.965, 104.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 17572.822 Da / 分子数: 6 / 変異: M88I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター)
: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3PA01

-
非ポリマー , 5種, 398分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 % / Mosaicity: 0.597 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 45682 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.841 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 490946
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.347.60.83318090.8150.30.8890.68477.8
2.34-2.388.40.68221320.9120.2430.7260.70291.3
2.38-2.439.90.76522660.9390.2540.8070.70397.7
2.43-2.4810.70.76422800.9580.2420.8020.69898.1
2.48-2.5310.90.7423410.9520.2330.7760.71698.4
2.53-2.59110.58622440.9760.1840.6140.73198.3
2.59-2.66110.42723070.9820.1340.4470.73698.5
2.66-2.7311.10.3823160.9850.1190.3980.75598.7
2.73-2.8111.10.34122940.9870.1070.3580.76798.7
2.81-2.911.10.24623030.9910.0770.2580.77498.7
2.9-311.10.21722990.9930.0680.2270.78598.8
3-3.1211.10.19323340.9950.060.2030.81399.4
3.12-3.2611.10.1223210.9980.0380.1260.87799.2
3.26-3.4411.20.10623240.9980.0330.1120.91899.3
3.44-3.6511.20.07923280.9990.0240.0820.96899.3
3.65-3.9311.20.07523480.9990.0230.0791.03599.5
3.93-4.3311.10.05623410.9990.0180.0591.08199.6
4.33-4.9511.20.04823490.9990.0150.051.0499.5
4.95-6.2411.20.04723550.9990.0140.0490.91299.6
6.24-5010.90.034239110.0110.0360.94299

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.42 Å30.55 Å
Translation4.42 Å30.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LZL
解像度: 2.3→30.552 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 31.45 / 位相誤差: 31.97 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 1996 4.41 %
Rwork0.2354 43239 -
obs0.2373 45287 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.46 Å2 / Biso mean: 47.1436 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→30.552 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 76 385 7781
Biso mean--46.49 32.34 -
残基数----946
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3005-2.3580.43741160.34032553266977
2.358-2.42170.35041410.34193079322092
2.4217-2.49280.42781400.36853100324094
2.4928-2.57320.34841440.35113109325394
2.5732-2.66510.37541410.31143152329394
2.6651-2.77160.36611430.30913131327494
2.7716-2.89750.38041430.26613118326194
2.8975-3.050.30711460.25953144329094
3.05-3.24060.28091470.23153136328394
3.2406-3.49010.26671460.21623137328394
3.4901-3.840.2631400.20523129326994
3.84-4.39250.21441470.1733076322392
4.3925-5.52240.17381390.16223137327693
5.5224-23.58040.26911500.26073238338895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00170.0015-0.00160.0043-0.00190.00130.00660.0043-0.02250.01740.00130.0059-0.0092-0.0057-00.6135-0.16590.06630.4624-0.0170.1759-20.297320.251413.7362
20.00240.0033-0.00710.00440.00320.0213-0.0030.03030.01280.02450.0334-0.01860.02410.03070.00610.538-0.1480.06220.4372-0.05750.0543-10.420328.12993.66
30.001-0.00060.00170.00680.00180.00160.0018-0.0034-0.00870.0184-0.0095-0.00620.01050.0001-0.0070.4507-0.0622-0.06580.2624-0.03690.024-12.019825.30945.1319
40.02280.0090.02080.01140.00520.01790.0002-0.0545-0.0209-0.00670.01110.00820.06920.00470.01090.6004-0.07530.03230.2637-0.0184-0.1467-15.114328.782419.0661
50.00030.00220.00110.0067-0.00130.00330.00280.00010.004-0.00750.00560.0070.00450.014300.74420.01850.05240.5220.04380.3433-3.597612.05887.9741
60.00440.0055-0.00360.0091-0.00690.0095-0.0140.0039-0.0081-0.0058-0.01270.00260.0291-0.0162-0.02580.4728-0.13850.00610.3389-0.01080.0071-12.284430.81997.1395
70.00110.0003-0.00080.00060.00040.00120.01090.007-0.01160.00030.0128-0.01490.0005-0.005800.73990.0920.0720.6328-0.08440.4472-2.928613.8172-1.164
80.01410.0085-0.01090.0081-0.0180.0262-0.06-0.0809-0.0186-0.030.0018-0.00880.068-0.0029-0.03710.56180.00230.05550.3434-0.0389-0.0179-8.609525.749819.4107
90.0050.0047-0.00960.0057-0.01110.01890.0059-0.0235-0.00210.0058-0.0045-0.00760.02660.0038-0.0010.4681-0.0088-0.0110.4368-0.01490.0701-13.418434.77933.0003
10-00.0027-0.00050.0097-0.00260.00270.01740.0229-0.03230.0180.00210.0012-0.0056-0.0152-00.7344-0.2180.02850.3705-0.03810.1816-13.820614.93268.8479
110.02890.0246-0.02950.0158-0.02090.0374-0.037-0.03010.0281-0.05150.06640.00330.01090.01980.03430.3471-0.0199-0.00260.3872-0.00880.0336-14.731651.192925.5274
12-0.00280.0053-0.03390.08370.01110.0849-0.0144-0.12510.2354-0.03980.1597-0.12480.0430.02450.27530.3139-0.04830.04650.2898-0.1367-0.4344-10.871853.100722.7311
130.01890.0094-0.00740.05880.0140.0512-0.09580.03760.037-0.06450.0594-0.00240.0473-0.0457-0.04260.4101-0.06290.08860.2937-0.0258-0.0489-12.467248.876211.6941
140.0116-0.00170.00890.01180.00150.00710.0196-0.0174-0.0102-0.0086-0.0181-0.0117-0.0165-0.00920.00390.2383-0.1173-0.0540.45510.03860.1318-8.474448.627-21.2661
150.0020.0050.00410.0017-0.00340.01080.07390.00350.0058-0.0014-0.04-0.0097-0.02530.00140.01490.3425-0.019-0.01410.5002-0.02480.0265-19.521653.3266-31.1128
160.0252-0.0022-0.00290.0109-0.01460.02680.0395-0.00520.02250.023-0.0199-0.00130.0083-0.01860.01220.17510.02670.00230.3070.0138-0.0128-16.718753.4937-30.0117
170.0016-0.0059-0.00940.01220.00210.00920.0474-0.05660.00430.0082-0.0034-0.03740.0333-0.04890.09230.3588-0.10550.01690.4198-0.1023-0.1186-18.264449.5495-16.2523
180.1063-0.0314-0.0490.01250.01880.02250.12580.04040.0864-0.0674-0.0521-0.07150.0055-0.04390.06110.3865-0.04670.0610.43490.00830.1436-13.660860.0506-28.4083
190.0034-0.002-0.00240.00110.00150.0016-0.0053-0.0146-0.00010.00820.00410.005-0.00470.0015-0.00480.3541-0.08260.0640.3792-0.00820.0584-28.484952.6639-9.0404
200.0386-0.0149-0.00760.0285-0.01960.05140.0896-0.02290.02010.0026-0.082-0.04580.05780.02430.00620.3172-0.0796-0.0060.3822-0.00990.0404-15.088152.5039-15.6287
210.0034-0.0049-0.00150.01170.0020.0009-0.0110.0402-0.02550.03830.01670.00980.0070.01010.00260.2905-0.1660.00340.4244-0.04740.156-39.939831.9511-15.2713
220.03560.0065-0.00440.0011-0.00010.0006-0.00550.088-0.02030.08590.07130.0466-0.06540.00040.00970.3133-0.04310.02610.4341-0.01380.0715-38.260843.2934-6.9369
230.0136-0.0085-0.00590.0148-0.01840.0239-0.0080.0154-0.02810.02140.0760.0145-0.06750.00430.10670.2298-0.12940.0090.38130.0013-0.0924-35.408540.8347-20.8525
240.00180.0016-0.00010.002-0.0020.0008-0.0147-0.00240.0044-0.0015-0.00710.013-0.0254-0.012-00.4266-0.01040.05980.60510.12580.36-55.133943.4247-10.3975
250.0015-0.0014-0.00020.0011-0.00110.003-0.0199-0.0022-0.00680.0042-0.023-0.00030.0055-0.0115-0.00010.3722-0.0772-0.0510.4332-0.01060.1751-32.248343.8695-9.0221
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270.00280.0021-0.00040.0088-0.00390.01720.00060.0905-0.0198-0.0410.02320.0513-0.02680.04870.03990.2347-0.0277-0.01180.5053-0.0077-0.0005-36.685444.7206-26.8064
280.00330.0019-0.00820.0018-0.01930.09370.01320.0369-0.02920.02740.01840.01830.0232-0.00580.00610.3895-0.0661-0.01050.46230.05370.1848-47.531634.9796-9.7392
290.0115-0.0015-0.00320.00140.00080.0038-0.03190.02770.01830.05840.0257-0.01660.00440.01230.00030.42590.0472-0.09350.2865-0.06220.077717.133855.275412.8028
300.0253-0.0023-0.00840.00910.00110.0025-0.0101-0.00020.0017-0.0081-0.01960.00740.0241-0.014300.37380.0169-0.01430.4994-0.03570.12663.982945.2186-0.9001
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320.00690.0059-0.00910.0128-0.0030.05530.01710.01220.0302-0.01190.02380.02280.00380.01230.02510.34370.13360.05750.4162-0.0213-0.00957.059149.47548.1701
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350.00670.0019-0.00040.00110.00120.00270.0148-0.03980.0281-0.006-0.02350.0203-0.0192-0.0134-0.00160.55710.20520.02540.4357-0.05580.109411.536242.004433.0035
360.00330.0053-0.01360.0063-0.02340.1233-0.03020.03660.03420.03980.0357-0.0256-0.00720.00840.00560.41850.01960.04240.25640.07370.089611.852561.71267.52
370.0023-0.0041-0.00230.00550.00270.00140.0120.0035-0.0363-0.01220.0167-0.0246-0.00730.000600.66250.24610.11090.4744-0.04310.319718.618720.653518.336
380.00050.001-0.00230.0021-0.00150.00960.00720.0118-0.0048-0.0126-0.0125-0.00010.0005-0.0018-00.61160.112-0.02630.3789-0.02880.235316.511924.109920.6311
390.0002-0.0003-0.00040.0003-0.00080.00240.0118-0.00640.01420.02030.0226-0.00460.0124-0.008600.64150.15030.03110.56720.0430.24834.401331.885133.7432
400.0139-0.0041-0.00210.01550.00590.00840.02540.0453-0.0204-0.02580.0122-0.00110.01710.00060.0330.53070.2240.05230.33480.0756-0.081914.885629.162918.951
410.0037-0.00070.00860.00330.00020.01530.0353-0.0149-0.022-0.02020.00970.0097-0.0076-0.02980.05070.52710.0616-0.04410.31040.0321-0.06716.624523.23519.7784
420.00480.00310.0020.002-0.00050.00280.00250.0137-0.01070.0042-0.0031-0.00330.00720.0157-0.00470.4430.16910.00680.3572-0.00860.029910.986631.709826.0913
43-00.0001-00.0009-0.00140.00130.00810.0031-0.01210.01280.01690.0023-0.00750.003200.6722-0.03220.02410.61270.10380.44381.645913.90433.7709
44-0.0007-0.0019-0.00120.00460.00520.00540.0138-0.0106-0.01220.00690.0381-0.00740.01180.020700.80710.11550.01070.4950.05930.46897.76816.195419.8305
450.0081-0.00820.01020.01980.0170.0396-0.03660.1323-0.047-0.01210.04560.0110.05110.0358-0.02590.66710.0719-0.07970.3604-0.0026-0.070810.432928.245611.5392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 14 )A2 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 35 )A15 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 49 )A36 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 74 )A50 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 84 )A75 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 85 through 100 )A85 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 101 through 112 )A101 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 113 through 132 )A113 - 132
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 133 through 145 )A133 - 145
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 146 through 158 )A146 - 158
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 35 )B1 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 36 through 122 )B36 - 122
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 123 through 159 )B123 - 159
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 2 through 14 )C2 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 15 through 35 )C15 - 35
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 36 through 49 )C36 - 49
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 50 through 74 )C50 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 75 through 122 )C75 - 122
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 123 through 132 )C123 - 132
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 133 through 159 )C133 - 159
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 1 through 14 )D1 - 14
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 15 through 49 )D15 - 49
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 50 through 74 )D50 - 74
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 75 through 84 )D75 - 84
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 85 through 92 )D85 - 92
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 93 through 112 )D93 - 112
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 113 through 145 )D113 - 145
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 146 through 159 )D146 - 159
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 1 through 22 )E1 - 22
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 23 through 35 )E23 - 35
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 36 through 79 )E36 - 79
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 80 through 100 )E80 - 100
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 101 through 122 )E101 - 122
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 123 through 132 )E123 - 132
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 133 through 145 )E133 - 145
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 146 through 159 )E146 - 159
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 3 through 14 )F3 - 14
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 15 through 22 )F15 - 22
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 23 through 35 )F23 - 35
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 36 through 59 )F36 - 59
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 60 through 85 )F60 - 85
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 86 through 100 )F86 - 100
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 101 through 112 )F101 - 112
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 113 through 122 )F113 - 122
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 123 through 159 )F123 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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