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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wed | ||||||
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タイトル | Copper-bound E44Q variant of Campylobacter jejuni P19 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / iron transport / copper cofactor / periplasmic | ||||||
機能・相同性 | Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Periplasmic metal-binding protein Tp34-type superfamily / Fe2+ transport protein / metal ion binding / COPPER (II) ION / Iron transporter 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, A.C. / Murphy, M.E. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Metallomics / 年: 2020 タイトル: A copper site is required for iron transport by the periplasmic proteins P19 and FetP. 著者: Chan, A.C.K. / Lin, H. / Koch, D. / Grass, G. / Nies, D.H. / Murphy, M.E.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wed.cif.gz | 193.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wed.ent.gz | 156.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wed.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wed_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wed_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wed_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wed_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wed | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17589.875 Da / 分子数: 2 / 変異: E44Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1650 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3PA01 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 % / Mosaicity: 1.087 ° / Mosaicity esd: 0.012 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BisTris pH 6.5, 20% PEG 550, and 40 mM CaCl2 dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 25790 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.104 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 173279 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LZL 解像度: 1.9→28.506 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.83
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.86 Å2 / Biso mean: 34.403 Å2 / Biso min: 11.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→28.506 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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