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- PDB-6wci: Crystal structure of a cysteine desulfurase SufS from Stenotropho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wci
タイトルCrystal structure of a cysteine desulfurase SufS from Stenotrophomonas maltophilia K279a
要素Cysteine desulfurase
キーワードTRANSFERASE / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / biosynthesis / multi-drug resistant gram-negative bacterium / opportunistic pathogen / PLP / L-cysteine / L-alanine / sulfurtransferase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a cysteine desulfurase SufS from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase
B: Cysteine desulfurase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0475
ポリマ－93,8272
非ポリマー2203
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.260, 219.650, 166.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase / SufS


分子量: 46913.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: Smlt1153 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FS04, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24 mg/mL StmaA.01104.a.B1.PW38747 + 4 mM L-cysteine against MCSG-1 screen condition F11 (0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350), supplemented with 15% ethylene glycol as ...詳細: 24 mg/mL StmaA.01104.a.B1.PW38747 + 4 mM L-cysteine against MCSG-1 screen condition F11 (0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350), supplemented with 15% ethylene glycol as cryoprotectant, unique puck ID njo9-6, crystal tracking ID 313926f11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45.35 Å / Num. obs: 55564 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.903 % / Biso Wilson estimate: 38.794 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 14.34 / Num. measured all: 439141 / Scaling rejects: 599
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.18.1120.6153.6333372412041140.9610.65999.9
2.1-2.168.0210.4744.5131964399039850.970.50999.9
2.16-2.228.0910.395.331094385438430.9790.41999.7
2.22-2.298.1120.3136.4630843382338020.9860.33699.5
2.29-2.378.0570.2737.1629020361436020.9870.29399.7
2.37-2.458.0450.2288.4228528357035460.9890.24599.3
2.45-2.548.0930.199.8927709344834240.9920.20499.3
2.54-2.657.9790.16411.4426060328632660.9930.17699.4
2.65-2.767.990.1413.225096317131410.9930.1599.1
2.76-2.97.9090.11915.3623829304330130.9940.12899
2.9-3.067.8320.0991822516290728750.9960.10798.9
3.06-3.247.820.08720.0921271275427200.9950.09498.8
3.24-3.477.6210.07323.0619511258925600.9960.07898.9
3.47-3.747.5470.06525.8617895241123710.9970.0798.3
3.74-4.17.4860.0628.1716401223521910.9960.06598
4.1-4.587.5330.05829.5914878202119750.9970.06297.7
4.58-5.297.660.05730.4113651182317820.9970.06197.8
5.29-6.487.7250.05130.311588154415000.9970.05597.2
6.48-9.177.7160.04531.479051121711730.9980.04996.4
9.17-45.357.1420.04130.9848647286810.9980.04493.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix1.17.1-3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C9E

6c9e


解像度: 2.05→45.35 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 1981 3.57 %
Rwork0.1718 53543 -
obs0.1736 55524 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.76 Å2 / Biso mean: 42.8277 Å2 / Biso min: 17.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→45.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 13 443 6622
Biso mean--56.21 44.42 -
残基数----805
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10.31191560.237538163972100
2.1-2.160.25971280.219437993927100
2.16-2.220.25411370.213237813918100
2.22-2.290.29041650.19913808397399
2.29-2.380.25511240.200937943918100
2.38-2.470.23951380.2023799393799
2.47-2.580.26751460.18413807395399
2.58-2.720.23171330.18973819395299
2.72-2.890.24811540.18963796395099
2.89-3.110.24051370.18233828396599
3.11-3.430.21271460.18093833397999
3.43-3.920.20751160.15753843395998
3.92-4.940.19351470.13263864401198
4.94-45.350.19121540.15553956411097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83980.2280.16372.5217-0.58393.829-0.03950.0114-0.05580.3849-0.02930.151-0.1655-0.22020.0540.20440.01660.03730.1901-0.04360.2297-4.5647-9.7114-4.8066
20.7809-0.1452-0.64912.4432-0.64662.66570.00790.0671-0.074-0.22810.02050.27720.4029-0.2909-0.01610.2095-0.0759-0.00820.2464-0.00680.2768-9.8781-30.9086-23.0377
31.141-0.50360.23253.1759-0.64581.7761-0.0807-0.0378-0.21450.42190.15430.40940.1763-0.3061-0.09160.2502-0.04350.09840.2746-0.01490.2909-10.3833-28.4207-4.2951
46.89431.6923-2.82335.5596-0.18366.6593-0.01940.48930.3171-0.21140.16970.2567-0.4955-0.5458-0.15390.23740.0328-0.07670.2501-0.00040.2109-7.1474-4.2013-28.054
55.42142.4132.31114.30210.78874.2837-0.02440.4928-0.1182-0.31090.0499-0.4055-0.11110.5482-0.03530.1823-0.01350.0610.29350.03310.25556.7695-10.6118-32.3049
60.99260.2680.62493.83741.07321.3859-0.02240.08980.0362-0.29450.0308-0.4619-0.15590.3810.00790.2052-0.02310.03660.28620.03830.23146.3355-9.9585-28.1078
70.95420.2690.05622.7395-0.14254.8942-0.0971-0.1393-0.01820.77660.0221-0.12470.33430.25030.06940.43190.0505-0.0330.2002-0.02310.2844.7379-13.64988.7154
80.68480.1760.2483.1198-0.31821.1755-0.0363-0.0776-0.12670.49350.0246-0.16850.26380.07670.01350.33130.06550.00450.24370.00270.23547.3083-36.2956-0.8166
91.50770.15810.34151.3204-0.69682.2472-0.0015-0.1859-0.16690.98170.0307-0.10250.13970.1141-0.02920.7650.0847-0.04490.28850.02790.354410.5424-44.195811.5507
101.3903-0.64130.39443.18941.16233.0939-0.02630.0098-0.06250.28820.139-0.2910.30570.4303-0.10540.24380.0325-0.00260.23670.01970.265910.212-29.4972-5.8992
110.0976-0.2894-0.14991.2960.47461.0923-0.2356-0.2474-0.2411.8525-0.03130.19550.4368-0.1280.13031.58840.08980.14760.4350.03040.3328-1.6486-28.844226.615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 93 )A14 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 235 )A94 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 236 through 309 )A236 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 310 through 330 )A310 - 330
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 331 through 366 )A331 - 366
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 367 through 418 )A367 - 418
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 15 through 72 )B15 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 73 through 149 )B73 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 150 through 235 )B150 - 235
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 236 through 309 )B236 - 309
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 310 through 417 )B310 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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