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- PDB-6wbo: DNA-Ligase from Thermococcus gammatolerans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wbo
タイトルDNA-Ligase from Thermococcus gammatolerans
要素DNA ligase
キーワードLIGASE / DNA-Ligase / Thermococcus gammatolerans / extremophile / DNA-binding protein / AMP / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP or NAD+) / DNA ligase (ATP) activity / cell cycle / DNA biosynthetic process / DNA replication / DNA recombination / cell division / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site ...DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus gammatolerans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Flores-Hernandez, E. / Cardona-Felix, C. / Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: New structural DNA-Ligase from Thermococcus gammatolerans
著者: Rudino-Pinera, E. / Flores-Hernandez, E. / Cardona-Felix, C.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5503
ポリマ－63,1081
非ポリマー4422
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.670, 92.750, 98.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP/NAD(+)]


分子量: 63107.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus gammatolerans (古細菌)
遺伝子: lig, TGAM_1718 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5A7K8, DNA ligase (ATP or NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 4% (w/v) PEG 8000, 100 mM Potassium phosphate monobasic/ Sodium phosphate dibasic pH 6.2, 150 mM NaCl
PH範囲: 6.2-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.14796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月29日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→39.33 Å / Num. obs: 23996 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 32.41 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.65-2.740.63519660.930.4290.77380.1
2.74-2.850.4823520.8550.2790.55895.6
2.85-2.980.384108480.9290.2050.43899.8
2.98-3.140.29324540.9540.1570.334
3.14-3.340.21924480.970.1220.25298.6
3.34-3.60.17322850.9840.10.20192.4
3.6-3.960.11821890.9930.0750.14186.7
3.96-4.530.0624670.9970.0330.06998.1
4.53-5.70.05125220.9970.0280.05998.8
5.7-39.330.03626330.9990.020.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RR5

3rr5


解像度: 2.65→39.326 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1144 4.83 %
Rwork0.2328 --
obs0.233 23671 94.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.34 Å2 / Biso mean: 36.5144 Å2 / Biso min: 14.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→39.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4438 0 27 179 4644
Biso mean--28.55 33.97 -
残基数----555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0344540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0746103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.18678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.1651774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6501-2.77060.35891370.3311235681
2.7706-2.91670.32811490.3107288098
2.9167-3.09930.29771460.3042930100
3.0993-3.33850.25761660.2764289399
3.3385-3.67430.23761820.2572264591
3.6743-4.20540.20821380.2197268290
4.2054-5.29630.15441080.165301099
5.2963-39.320.21021180.1882313198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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