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- PDB-6wb3: Crystal structure of coiled coil region of human septin 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wb3
タイトルCrystal structure of coiled coil region of human septin 4
要素Septin-4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Coiled coil / Septin
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm annulus / septin complex / spermatid differentiation / hematopoietic stem cell homeostasis / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / regulation of exocytosis / flagellated sperm motility / dopaminergic synapse ...sperm annulus / septin complex / spermatid differentiation / hematopoietic stem cell homeostasis / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / regulation of exocytosis / flagellated sperm motility / dopaminergic synapse / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cell division site / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / neuron migration / intracellular protein localization / synaptic vesicle / presynapse / microtubule cytoskeleton / regulation of apoptotic process / molecular adaptor activity / perikaryon / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / axon / GTPase activity / apoptotic process / dendrite / GTP binding / structural molecule activity / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Septin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Cabrejos, D.A.L. / Cavini, I. / Sala, F.A. / Valadares, N.F. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Nascimento, A.F.Z. / Uson, I. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/04658-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/19992-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/00062-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Orientational Ambiguity in Septin Coiled Coils and its Structural Basis.
著者: Leonardo, D.A. / Cavini, I.A. / Sala, F.A. / Mendonca, D.C. / Rosa, H.V.D. / Kumagai, P.S. / Crusca Jr., E. / Valadares, N.F. / Marques, I.A. / Brandao-Neto, J. / Munte, C.E. / Kalbitzer, H.R. ...著者: Leonardo, D.A. / Cavini, I.A. / Sala, F.A. / Mendonca, D.C. / Rosa, H.V.D. / Kumagai, P.S. / Crusca Jr., E. / Valadares, N.F. / Marques, I.A. / Brandao-Neto, J. / Munte, C.E. / Kalbitzer, H.R. / Soler, N. / Uson, I. / Andre, I. / Araujo, A.P.U. / D'Muniz Pereira, H. / Garratt, R.C.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-4
B: Septin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0616
ポリマ－7,7512
非ポリマー3104
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area5080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.763, 41.463, 54.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Septin-4 / Apoptosis-related protein in the TGF-beta signaling pathway / ARTS / Bradeion beta / Brain protein ...Apoptosis-related protein in the TGF-beta signaling pathway / ARTS / Bradeion beta / Brain protein H5 / CE5B3 beta / Cell division control-related protein 2 / hCDCREL-2 / Cerebral protein 7 / Peanut-like protein 2


分子量: 3875.542 Da / 分子数: 2 / 断片: Coiled coil region / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43236
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M NH4SO4, 16% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→33.02 Å / Num. obs: 13442 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 18.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 162112 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.35-1.3712.30.88880656540.9480.2610.9262.6100
7.39-33.029.30.06710361110.9980.0220.07136.499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.35→33.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2467 658 4.96 %RANDOM
Rwork0.2215 ---
obs0.2227 13276 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 100.34 Å2 / Biso mean: 31.3 Å2 / Biso min: 16.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.9664 Å20 Å20 Å2
2--7.4025 Å20 Å2
3---3.5639 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→33.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数509 0 18 44 571
Biso mean--56.45 36.22 -
残基数----63
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d231SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes97HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it542HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion69SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact606SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d542HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg717HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.58
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 17 4.1 %
Rwork0.2458 398 -
all0.2469 415 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.10855.17081.925512.13194.13983.90490.4441-0.36570.16120.4904-0.41510.36720.1537-0.1827-0.02890.0563-0.03310.0216-0.0786-0.0101-0.080514.617327.91254.1593
23.58335.0311.73111.14244.81474.21860.3707-0.1347-0.3120.4979-0.1027-0.48920.21070.1207-0.2680.11810.0057-0.0478-0.0263-0.0014-0.024325.466327.93394.2215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A447 - 478
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B447 - 477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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