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- PDB-6w4z: Galectin-8N terminal domain in complex with Methyl 3-O-[3-O-benzy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w4z
タイトルGalectin-8N terminal domain in complex with Methyl 3-O-[3-O-benzyloxy]-malonyl-beta-D-galactopyranoside
要素Galectin-8
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-8N
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SZS / Galectin-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Patel, B. / Kishor, C. / Blanchard, H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Cancer Council WA1080845 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Rational Design and Synthesis of Methyl-beta-d-galactomalonyl Phenyl Esters as Potent Galectin-8 N Antagonists.
著者: Patel, B. / Kishor, C. / Houston, T.A. / Shatz-Azoulay, H. / Zick, Y. / Vinik, Y. / Blanchard, H.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-8
B: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6788
ポリマ－34,5842
非ポリマー1,0956
水2,486138
1
A: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7604
ポリマ－17,2921
非ポリマー4683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galectin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9194
ポリマ－17,2921
非ポリマー6273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.391, 40.003, 70.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.222, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-359-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1


分子量: 17291.928 Da / 分子数: 2 / 変異: M54V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214

-
非ポリマー , 5種, 144分子

#2: 化合物 ChemComp-SZS / methyl 3-O-[3-(benzyloxy)-3-oxopropanoyl]-beta-D-galactopyranoside


分子量: 370.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 10% IPA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→46.32 Å / Num. obs: 41190 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.538 / Num. unique obs: 1987 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.946 / Χ2: 0.84 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T7S

5t7s


解像度: 1.59→46.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.883 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2139 5.194 %
Rwork0.1925 --
all0.194 --
obs-41186 99.91 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.001 Å2
2--0.001 Å20 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→46.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 74 138 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.6713539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4051.6095716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1765314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.94922.117137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6815439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3931517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.1690.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.22190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2850.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2870.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2620.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7811.7961242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7741.7951241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5822.6861556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5842.6871557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0232.281372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0222.281373
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5613.2621981
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.563.2621982
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.55122.1292635
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.55121.9942612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.6310.2731520.2732864X-RAY DIFFRACTION99.6037
1.631-1.6760.251350.2552811X-RAY DIFFRACTION99.7967
1.676-1.7250.2451380.2352711X-RAY DIFFRACTION100
1.725-1.7780.2571680.222613X-RAY DIFFRACTION99.8922
1.778-1.8360.2531440.2072577X-RAY DIFFRACTION99.9266
1.836-1.90.21400.1832487X-RAY DIFFRACTION99.8859
1.9-1.9720.2331320.1842361X-RAY DIFFRACTION100
1.972-2.0520.199880.1642314X-RAY DIFFRACTION100
2.052-2.1440.21270.1762233X-RAY DIFFRACTION100
2.144-2.2480.221290.1832115X-RAY DIFFRACTION100
2.248-2.3690.1931110.1782008X-RAY DIFFRACTION100
2.369-2.5130.211210.1881903X-RAY DIFFRACTION100
2.513-2.6860.252950.1991805X-RAY DIFFRACTION100
2.686-2.9010.245730.1971696X-RAY DIFFRACTION100
2.901-3.1780.247930.2031521X-RAY DIFFRACTION99.9381
3.178-3.5520.226900.1831407X-RAY DIFFRACTION99.9332
3.552-4.0990.201730.1831237X-RAY DIFFRACTION99.9237
4.099-5.0160.186570.1551078X-RAY DIFFRACTION100
5.016-7.0760.256370.2835X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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