PDB-6w2v: Junction 23, DHR14-DHR18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w2v

タイトル

Junction 23, DHR14-DHR18

要素

Junction 23 DHR14-DHR18

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / helical bundle / designed helical repeat / computational design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.399 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Brunette, T.J. / Baker, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions.
著者: Brunette, T.J. / Bick, M.J. / Hansen, J.M. / Chow, C.M. / Kollman, J.M. / Baker, D.

履歴

登録	2020年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w2v.cif.gz	207 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w2v.ent.gz	167.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w2qC 6w2rC 6w2wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1m1p-11 3qxl-1 1lqv-1 4ndh-1 2cmb-d 1xmj-d 3a54-2 6unx-d 3uol-1 1gwo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Junction 23 DHR14-DHR18

B: Junction 23 DHR14-DHR18

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Junction 23 DHR14-DHR18

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Protein was determined to be monomeric by SAXS, with an expected radius of gyration and a Vr score that indicates the protein in solution closely matches the design.
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Junction 23 DHR14-DHR18

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.046, 41.084, 94.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Junction 23 DHR14-DHR18 分子量: 25715.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Crystals were grown in Qiagen MPD condition A9 (0.2 M Ammonium chloride, 40% MPD) and required no additional cryopreservation

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 17261 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 69.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.902 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	4.4	0.512	633	0.838	0.245	0.571	0.626	72.4
2.44-2.49	4.6	0.445	677	0.921	0.208	0.493	0.719	75.2
2.49-2.53	5	0.439	764	0.95	0.202	0.485	0.671	83.9
2.53-2.59	5.3	0.439	805	0.915	0.198	0.484	0.678	86.3
2.59-2.64	5.4	0.414	807	0.925	0.186	0.456	0.658	92.7
2.64-2.7	5.4	0.373	874	0.942	0.168	0.411	0.75	94.7
2.7-2.77	5.3	0.313	884	0.967	0.143	0.346	0.783	97.1
2.77-2.85	5.1	0.238	864	0.979	0.11	0.263	1.008	96.3
2.85-2.93	6.2	0.23	924	0.979	0.098	0.25	1.005	99.4
2.93-3.02	6.3	0.212	868	0.974	0.089	0.23	1.112	99.1
3.02-3.13	6.3	0.179	940	0.983	0.077	0.195	1.01	99.5
3.13-3.26	6.1	0.164	891	0.98	0.071	0.179	0.956	99.6
3.26-3.41	6.1	0.148	917	0.981	0.064	0.161	0.98	99.5
3.41-3.58	5.9	0.135	890	0.966	0.061	0.149	0.947	98.7
3.58-3.81	5.7	0.116	911	0.99	0.052	0.127	0.996	97.5
3.81-4.1	6.4	0.106	918	0.989	0.045	0.115	0.91	99.4
4.1-4.52	6.3	0.099	910	0.989	0.043	0.108	0.957	99.5
4.52-5.17	6	0.083	930	0.994	0.036	0.091	0.968	98.9
5.17-6.51	6	0.084	905	0.994	0.037	0.092	0.92	97.4
6.51-50	5.7	0.069	949	0.992	0.032	0.076	0.939	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.19 Å	45.45 Å
Translation	3.19 Å	45.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX	dev-2849	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000	2.3.10	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.399→45.45 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2713	1642	10.08 %
R_work	0.2437	-	-
obs	0.2465	16290	88.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 345.96 Å² / B_iso mean: 102.6257 Å² / B_iso min: 50.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.399→45.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2762	0	0	1	2763
B_iso mean	-	-	-	75.15	-
残基数	-	-	-	-	435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.429	3836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.299	1736

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3992-2.4698	0.3672	80	0.3271	856	63
2.4698-2.5495	0.3676	104	0.3107	948	70
2.5495-2.6407	0.3436	118	0.3247	1055	79
2.6407-2.7464	0.3353	144	0.3141	1163	86
2.7464-2.8713	0.3125	128	0.3045	1204	88
2.8713-3.0227	0.3604	139	0.2904	1287	95
3.0227-3.212	0.2926	160	0.2829	1323	96
3.212-3.46	0.305	144	0.2637	1355	98
3.46-3.808	0.2812	155	0.2422	1329	97
3.808-4.3586	0.2367	152	0.216	1355	99
4.3586-5.4899	0.2584	154	0.2269	1373	98
5.4899-45.45	0.2535	164	0.2303	1400	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.018	0.1609	-0.4837	1.2114	0.2	2.7026	0.1535	-0.1266	0.3831	0.1681	0.0012	0.1311	0.0887	0.2513	-0.1499	0.7817	0.03	0.1433	0.5562	0.0715	0.611	-3.9654	-21.4764	-38.1421
2	1.9552	0.0272	-0.2209	1.5066	-0.1055	2.7713	-0.0074	0.2105	0.1228	-0.3449	0.0507	-0.073	0.1873	-0.1625	-0.0628	0.7938	-0.0065	0.1508	0.6046	0.0857	0.5869	-17.2191	-1.2602	-0.3772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 7 through 232)	B	7 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 20 through 231)	A	20 - 231

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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