PDB-6w2l: Crystal structure of human dehydrodolichyl diphosphate synthase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w2l

タイトル

Crystal structure of human dehydrodolichyl diphosphate synthase (NgBR/DHDDS) in complex with Mg and IPP

要素

Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / cis-prenyltransferase /

dehydrodolichyl diphosphate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein mannosylation / Defective DHDDS causes RP59 / dolichol biosynthetic process /

dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / Synthesis of Dolichyl-phosphate / dolichyl diphosphate biosynthetic process / regulation of intracellular cholesterol transport / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] /

dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.306 Å

データ登録者

Edani, B.H. / Ha, Y. / Sessa, W.C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	2P01 HLHL107205-06A1	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	5R35 HL139945-03	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural elucidation of thecis-prenyltransferase NgBR/DHDDS complex reveals insights in regulation of protein glycosylation.
著者: Edani, B.H. / Grabinska, K.A. / Zhang, R. / Park, E.J. / Siciliano, B. / Surmacz, L. / Ha, Y. / Sessa, W.C.

履歴

登録	2020年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w2l.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w2l.ent.gz	88.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x06S 6jcnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1v3l-1 6z1n-d 5jp0-2 4xwh-d 1ukq-1 5iro-6 5iro-3 1v3m-1 3vu1-2 1a47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS

B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

ヘテロ分子

63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.670, 185.670, 113.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / / Cis-isoprenyltransferase / Cis-IPTase / Cis-prenyltransferase subunit hCIT / Epididymis tissue protein Li 189m 分子量: 38455.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHDDS, HDS / プラスミド: pRSF-Duet1 / 詳細 (発現宿主): Bacterial expression, coexpression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q86SQ9, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: タンパク質	Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1 / / Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate ...Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate synthase 1 homolog 分子量: 24086.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUS1, C6orf68, NGBR / プラスミド: pRSF-Duet1 / 詳細 (発現宿主): Bacterial expression, coexpression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q96E22, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸分子量: 246.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.5 mM MgCl2, 3.3 mM IPP, 0.1 M Bicine, 10% v/v 2-propanol, 22% PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月20日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.306→40 Å / Num. obs: 31367 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 1.001 / Net I/av σ(I): 29.6 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	8.7	0.877	2401	0.826	0.291	0.927	0.585	94.3
2.59-2.69	10.8	0.783	2509	0.888	0.238	0.82	0.617	98.5
2.69-2.82	13.3	0.685	2553	0.95	0.192	0.711	0.603	100
2.82-2.96	14.4	0.538	2558	0.966	0.146	0.558	0.64	100
2.96-3.15	13.9	0.361	2574	0.983	0.1	0.375	0.71	100
3.15-3.39	13.2	0.209	2563	0.99	0.059	0.217	0.864	99.9
3.39-3.73	14.9	0.145	2570	0.995	0.039	0.15	1.059	100
3.73-4.27	13.9	0.098	2565	0.996	0.028	0.102	1.229	100
4.27-5.38	12.2	0.071	2602	0.997	0.022	0.074	1.424	99.4
5.38-40	12.7	0.07	2658	0.997	0.022	0.074	2.085	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X06, 6JCN

1x06

6jcn

解像度: 2.306→37.916 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 11.973 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	1611	5.136 %
R_work	0.2123	29756	-
all	0.214	-	-
obs	-	31367	94.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.743 Å²	-0.871 Å²	0 Å²
2-	-	-1.743 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.654 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.306→37.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3900	0	29	107	4036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.133	1.631	5443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.088	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.659	22	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.369	15	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.542	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.63	7.882	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.966	11.802	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.353	7.771	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.911	11.553	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.999	104.657	6006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.306-2.366	0.39	97	0.392	1688	X-RAY DIFFRACTION	72.9763
2.366-2.431	0.35	81	0.368	1794	X-RAY DIFFRACTION	80.1282
2.431-2.501	0.364	117	0.366	1869	X-RAY DIFFRACTION	86.423
2.501-2.578	0.373	108	0.343	1990	X-RAY DIFFRACTION	93.4105
2.578-2.662	0.436	135	0.312	1962	X-RAY DIFFRACTION	97.7622
2.662-2.756	0.304	111	0.304	1979	X-RAY DIFFRACTION	99.6187
2.756-2.86	0.351	102	0.269	1928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.976	0.281	102	0.245	1856	X-RAY DIFFRACTION	99.949
2.976-3.109	0.361	86	0.251	1779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.109-3.26	0.318	100	0.248	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.9441
3.26-3.436	0.321	77	0.224	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.436-3.644	0.218	89	0.188	1527	X-RAY DIFFRACTION	100
3.644-3.896	0.237	72	0.181	1428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.896-4.207	0.223	73	0.183	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
4.207-4.608	0.214	59	0.174	1222	X-RAY DIFFRACTION	99.6887
4.608-5.15	0.165	44	0.159	1152	X-RAY DIFFRACTION	99.2531
5.15-5.944	0.266	53	0.222	992	X-RAY DIFFRACTION	99.9044
5.944-7.272	0.312	45	0.221	857	X-RAY DIFFRACTION	99.8893
7.272-10.253	0.186	39	0.16	663	X-RAY DIFFRACTION	99.7159
10.253-37.91	0.206	21	0.209	379	X-RAY DIFFRACTION	97.561

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