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- PDB-6w2j: CPS1 bound to allosteric inhibitor H3B-374 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w2j
タイトルCPS1 bound to allosteric inhibitor H3B-374
要素Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl phosphate biosynthetic process / cellular response to oleic acid / monoatomic anion homeostasis / modified amino acid binding / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / triglyceride catabolic process / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / midgut development / homocysteine metabolic process ...carbamoyl phosphate biosynthetic process / cellular response to oleic acid / monoatomic anion homeostasis / modified amino acid binding / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / triglyceride catabolic process / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / midgut development / homocysteine metabolic process / Urea cycle / cellular response to ammonium ion / citrulline biosynthetic process / urea cycle / hepatocyte differentiation / glutamine metabolic process / response to growth hormone / glutamate binding / response to zinc ion / response to food / response to starvation / response to dexamethasone / response to amine / small molecule binding / potassium ion binding / mitochondrial nucleoid / response to amino acid / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nitric oxide metabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to cAMP / phospholipid binding / response to toxic substance / vasodilation / response to lipopolysaccharide / endopeptidase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / calcium ion binding / protein-containing complex binding / nucleolus / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily ...Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-374 / Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Larsen, N.A. / Nguyen, T.V.
引用
#1: ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Small Molecule Inhibition of CPS1 Activity through an Allosteric Pocket.
著者: Yao, S. / Nguyen, T.V. / Rolfe, A. / Agrawal, A.A. / Ke, J. / Peng, S. / Colombo, F. / Yu, S. / Bouchard, P. / Wu, J. / Huang, K.C. / Bao, X. / Omoto, K. / Selvaraj, A. / Yu, L. / Ioannidis, ...著者: Yao, S. / Nguyen, T.V. / Rolfe, A. / Agrawal, A.A. / Ke, J. / Peng, S. / Colombo, F. / Yu, S. / Bouchard, P. / Wu, J. / Huang, K.C. / Bao, X. / Omoto, K. / Selvaraj, A. / Yu, L. / Ioannidis, S. / Vaillancourt, F.H. / Zhu, P. / Larsen, N.A. / Bolduc, D.M.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
B: Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,2877
ポリマ－330,2572
非ポリマー1,0305
水2,450136
1
A: Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6744
ポリマ－165,1291
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6123
ポリマ－165,1291
非ポリマー4842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.660, 98.530, 142.530
Angle α, β, γ (deg.)102.130, 97.940, 106.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial / Carbamoyl-phosphate synthetase I / CPSase I


分子量: 165128.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPS1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31327, carbamoyl-phosphate synthase (ammonia)
#2: 化合物 ChemComp-374 / (2-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)-[(3~{R},5~{R})-4-(2-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)carbonyl-3,5-dimethyl-piperazin-1-yl]methanone


分子量: 418.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24F2N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CPS1 protein was buffer exchanged into 50 mM glycyl-glycine pH 7.4, 50 mM KCl, 5% glycerol. CPS1 was concentrated to 10 mg/ml and H3B-4193 was added to a 5x excess molar ratio along with 1mM ...詳細: CPS1 protein was buffer exchanged into 50 mM glycyl-glycine pH 7.4, 50 mM KCl, 5% glycerol. CPS1 was concentrated to 10 mg/ml and H3B-4193 was added to a 5x excess molar ratio along with 1mM AMPPNP and 1mM NAG. Ligand bound complex crystals grew by hanging drop vapor diffusion in 20% PEG 3350 and 0.2M trisodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→58.96 Å / Num. obs: 104121 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.051 % / Biso Wilson estimate: 49.396 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 9.35 / Num. measured all: 213566 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.62-2.692.1130.5231.6816309801677180.6880.71196.3
2.69-2.762.1140.4292.0316002781875690.7630.58396.8
2.76-2.842.1130.3512.415447753773090.8140.47697
2.84-2.932.0910.2992.814818729470860.8550.40697.1
2.93-3.032.090.2343.5614407709268940.910.31797.2
3.03-3.132.1020.1854.4414052691366850.9420.2596.7
3.13-3.252.0640.1525.2713403666664940.9570.20597.4
3.25-3.382.0880.1146.7212781636961210.9770.15496.1
3.38-3.532.0230.0928.1211879609158720.9840.12596.4
3.53-3.712.0060.0710.2911237587156020.990.09595.4
3.71-3.911.9340.05911.8410353555553520.9930.0896.3
3.91-4.141.7760.04813.59035527850870.9950.06596.4
4.14-4.431.8520.03916.348823496847650.9960.05295.9
4.43-4.781.8960.03518.318392460444270.9970.04896.2
4.78-5.242.010.03518.988184422940720.9970.04796.3
5.24-5.862.1990.03918.098172382437170.9960.05297.2
5.86-6.762.190.03718.967215339332940.9960.0597.1
6.76-8.292.1880.02823.956050284327650.9980.03897.3
8.29-11.722.1630.01833.144650220621500.9990.02497.5
11.72-58.962.0640.01933.082357120511420.9990.02594.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UEL

6uel


解像度: 2.62→58.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 15.054 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.316
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 5170 5 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1927 98950 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.89 Å2 / Biso mean: 60.404 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→58.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21554 0 66 136 21756
Biso mean--44.9 45.04 -
残基数----2786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01922041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.96729843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9823.00148314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99852772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18125.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.928153871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.771598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.23402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02124295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024175
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.688 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 381 -
Rwork0.347 7326 -
all-7707 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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