PDB-6vy7: Structural characterization of novel conotoxin MIIIB derived from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vy7

タイトル

Structural characterization of novel conotoxin MIIIB derived from Conus magus

要素

Conotoxin MIIIB

キーワード

TOXIN / venom peptide

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / extracellular region / Conotoxin superfamily M

機能・相同性情報

生物種

Conus magus (ヤキイモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Loening, N.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery and characterization of novel conotoxin MIIIB derived from Conus magus: The expansion of conotoxin diversity
著者: Zhang, R.-Y. / Espirtu, M.J. / Loening, N.M. / Kapono, C.A. / Bingham, J.-P.

履歴

登録	2020年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vy7.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vy7.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vy7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vy7	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30728Structural characterization of novel conotoxin MIIIB derived from Conus magus

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conotoxin MIIIB

2.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Conotoxin MIIIB 分子量: 2457.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus magus (ヤキイモ) / 参照: UniProt: A0A679PEX4*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 2 mM MIIIB Isomer F, 0.5 mM DSS, 95% H2O/5% D2O
詳細: Synthetically produced MIIIB purified by prep RP-HPLC and analytical RP-HPLC to isolate isomer F, which has the disulfide connectivity C1-C6, C2-C4, C3-C5.
Label: MIIIB_Isomer_F / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mM	MIIIB Isomer F	natural abundance	1
0.5 mM	DSS	natural abundance	1

試料状態

詳細: Sample prepared by dissolving lyophilized peptide in 95% H2O/5% D2O with 0.5 mM DSS, pH was adjusted to 3.8 using dropwise addition of 500 mM hydrochloric acid.
イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: TCI cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.21	Brunger A. T. et.al.	精密化
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: log harmonic potential used, water refinement used for 20 lowest energy structure

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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