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- PDB-6vwt: Transitional unit cell 1 of adenine riboswitch aptamer crystal ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vwt
タイトルTransitional unit cell 1 of adenine riboswitch aptamer crystal phase transition upon ligand binding
要素adenine riboswitch aptamer variant
キーワードRNA / riboswitch / phase transition / time-resolved
機能・相同性ADENINE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Wang, Y.-X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Synchronous RNA conformational changes trigger ordered phase transitions in crystals.
著者: Ramakrishnan, S. / Stagno, J.R. / Conrad, C.E. / Ding, J. / Yu, P. / Bhandari, Y.R. / Lee, Y.T. / Pauly, G. / Yefanov, O. / Wiedorn, M.O. / Knoska, J. / Oberthur, D. / White, T.A. / Barty, A. ...著者: Ramakrishnan, S. / Stagno, J.R. / Conrad, C.E. / Ding, J. / Yu, P. / Bhandari, Y.R. / Lee, Y.T. / Pauly, G. / Yefanov, O. / Wiedorn, M.O. / Knoska, J. / Oberthur, D. / White, T.A. / Barty, A. / Mariani, V. / Li, C. / Brehm, W. / Heinz, W.F. / Magidson, V. / Lockett, S. / Hunter, M.S. / Boutet, S. / Zatsepin, N.A. / Zuo, X. / Grant, T.D. / Pandey, S. / Schmidt, M. / Spence, J.C.H. / Chapman, H.N. / Wang, Y.X.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adenine riboswitch aptamer variant
B: adenine riboswitch aptamer variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,83912
ポリマ－45,3752
非ポリマー46510
水00
1
A: adenine riboswitch aptamer variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9206
ポリマ－22,6871
非ポリマー2325
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: adenine riboswitch aptamer variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9206
ポリマ－22,6871
非ポリマー2325
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.340, 25.200, 78.740
Angle α, β, γ (deg.)99.290, 90.550, 90.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain A
22chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GGCCchain AAA13 - 831 - 71
21GGCCchain BBB13 - 831 - 71
12ADEADEADEADEchain XAC101
22ADEADEADEADEchain YBH101

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: RNA鎖 adenine riboswitch aptamer variant


分子量: 22687.383 Da / 分子数: 2 / 変異: variant / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 参照: GenBank: 675337566
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 % / 解説: plates
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 40 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 80 mM potassium chloride, 100 mM magnesium chloride, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 65% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日 / Frequency: 120
放射モノクロメーター: Beryllium lens / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25.17 Å / Num. obs: 7656 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 751 % / Biso Wilson estimate: 82.8 Å2 / CC1/2: 0.9976 / CC star: 0.9994 / R split: 0.0734 / Net I/σ(I): 13.49
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 207.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 803 / CC1/2: 0.682 / CC star: 0.901 / R split: 1.9061 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 2 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 3.2 µJ / Pulse photon energy: 9.49 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: liquid injection / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: GDVN / Filter size: 20 µm / Flow rate: 10 µL/min / Injector diameter: 75 µm / Injector nozzle: double-flow focusing
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 76905 / Frames indexed: 28850 / Frames total: 8208739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc5_3822精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.9.0データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tzx

4tzx


解像度: 3.03→25.17 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 434 5.96 %
Rwork0.2259 6851 -
obs0.2274 7285 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.68 Å2 / Biso mean: 91.2944 Å2 / Biso min: 56.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.03→25.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3006 28 0 3034
Biso mean--76.39 --
残基数----142
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1503X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
12B1503X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
21A10X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
22B10X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.03-3.140.3265400.389570774796
3.14-3.270.2743300.311464367398
3.27-3.420.2999540.282167472898
3.42-3.60.293560.301970776398
3.6-3.820.2973340.262465068499
3.82-4.110.2346340.228871875299
4.11-4.530.344570.2574682739100
4.53-5.180.1852550.226767873398
5.18-6.50.2429360.181669172799
6.51-25.170.2013380.1725701739100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.983 Å / Origin y: -11.544 Å / Origin z: -0.177 Å
111213212223313233
T0.4551 Å20.001 Å20.0019 Å2-0.5763 Å20.0008 Å2--0.7094 Å2
L-0.5502 °2-0.0178 °20.302 °2-1.0658 °2-0.021 °2--5.0676 °2
S-0.0777 Å °0.0038 Å °-0.0986 Å °-0.0163 Å °-0.0059 Å °0.0032 Å °-0.052 Å °0.0032 Å °0.0642 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:83 OR RESID 101:101 OR RESID 102:105 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 102:105 OR RESID 13:83 OR RESID 101:101 ) )A13 - 83
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:83 OR RESID 101:101 OR RESID 102:105 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 102:105 OR RESID 13:83 OR RESID 101:101 ) )A101
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:83 OR RESID 101:101 OR RESID 102:105 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 102:105 OR RESID 13:83 OR RESID 101:101 ) )A102 - 105
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:83 OR RESID 101:101 OR RESID 102:105 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 102:105 OR RESID 13:83 OR RESID 101:101 ) )B102 - 105
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:83 OR RESID 101:101 OR RESID 102:105 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 102:105 OR RESID 13:83 OR RESID 101:101 ) )B13 - 83
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 13:83 OR RESID 101:101 OR RESID 102:105 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 102:105 OR RESID 13:83 OR RESID 101:101 ) )B101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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