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- PDB-6vuq: Crystal structure of CHIKV nsP3 macrodomain soaked with ADP-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vuq
タイトルCrystal structure of CHIKV nsP3 macrodomain soaked with ADP-ribose
要素Nonstructural polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / nsP3 / macrodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / : / Peptidase family C9 / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase ...: / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / : / Peptidase family C9 / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Polyprotein P1234 / Polyprotein P1234
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Wu, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI142759-01 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Pyrimidone inhibitors targeting Chikungunya Virus nsP3 macrodomain by fragment-based drug design.
著者: Zhang, S. / Garzan, A. / Haese, N. / Bostwick, R. / Martinez-Gzegozewska, Y. / Rasmussen, L. / Streblow, D.N. / Haise, M.T. / Pathak, A.K. / Augelli-Szafran, C.E. / Wu, M.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural polyprotein
B: Nonstructural polyprotein
C: Nonstructural polyprotein
D: Nonstructural polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3138
ポリマ－74,0764
非ポリマー2,2374
水7,476415
1
A: Nonstructural polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0782
ポリマ－18,5191
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nonstructural polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0782
ポリマ－18,5191
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nonstructural polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0782
ポリマ－18,5191
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nonstructural polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0782
ポリマ－18,5191
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.068, 88.068, 83.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Nonstructural polyprotein


分子量: 18518.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4D6GPC4, UniProt: Q8JUX6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 21-24% PEG 400, 0.1 M sodium citrate pH5.6, 10% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→76.29 Å / Num. obs: 88999 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 6179

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GPG

3gpg


解像度: 1.64→76.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2063 4420 5 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.189 84554 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.53 Å2 / Biso mean: 26.62 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→76.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4906 0 144 415 5465
Biso mean--25.65 37.93 -
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0135155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.6587009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2611.58510950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1355635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04521.928249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65215856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0011536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021030
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 312 -
Rwork0.267 6179 -
all-6491 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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