PDB-6vub: Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vub

タイトル

Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2-one (NMP) derivative 5 (1-methyl-4-phenylpyrrolidin-2-one)

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING / BRD4 BD1 / Bromodomain / NMP

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Substituted 1-methyl-4-phenylpyrrolidin-2-ones - Fragment-based design of N-methylpyrrolidone-derived bromodomain inhibitors.
著者: Hilton-Proctor, J.P. / Ilyichova, O. / Zheng, Z. / Jennings, I.G. / Johnstone, R.W. / Shortt, J. / Mountford, S.J. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.

履歴

登録	2020年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vub.cif.gz	92.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vub.ent.gz	56.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vub_validation.pdf.gz	313 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vub_full_validation.pdf.gz	313 KB	表示
XML形式データ	6vub_validation.xml.gz	1.3 KB	表示
CIF形式データ	6vub_validation.cif.gz	4.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/6vub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/6vub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vucC 6vufC 6vujC 5dw2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u5k-3 5ku3-d 6ji4-d 6cd4-d 6kec-d 5y1y-d 5luu-d 6jj6-d 4nue-d 4hxn-d 6v1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.619, 44.022, 78.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 14968.182 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 1 (UNP residues 44-168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-RLG / (4R)-1-methyl-4-phenylpyrrolidin-2-one 分子量: 175.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium nitrate, 35% PEG3350, 6% v/v ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.24 Å / Num. obs: 21587 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 7.59 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 1.056 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1063 / CC_1/2: 0.828 / R_pim(I) all: 0.583

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5DW2

5dw2

解像度: 1.5→39.24 Å / SU ML: 0.1197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.124

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1772	1083	5.03 %
R_work	0.1564	-	-
obs	0.1575	21531	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1048	0	13	248	1309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1201
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8159	1653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0443	176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	219
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.3457	998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.57	0.2107	147	0.1863	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.57-1.65	0.2111	140	0.1743	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.75	0.1926	117	0.1657	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.75-1.89	0.2006	137	0.1639	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.89-2.08	0.1758	135	0.1511	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.38	0.1932	139	0.146	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-3	0.1815	136	0.1564	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3-39.24	0.137	132	0.1479	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.02024899039	1.25621959235	1.42334166089	5.19292750332	3.51994760201	4.23201655462	0.057581972556	0.217777187691	0.0404972643478	-0.021271194377	0.104705454814	-0.115020678168	-0.138258868294	0.1148230661	-0.138204122878	0.0883772940941	-0.00842201031585	0.0194995752372	0.107754973365	0.0318411291176	0.054097158521	14.3143844604	6.90383405574	-17.2102354155
2	1.71040408774	-1.23389922079	1.12028239428	4.235284889	-0.0637222876162	0.838779720285	-0.0315553632324	0.143505545642	0.140641531685	-0.0665535652826	-0.108001206848	-0.138479617163	0.149740414567	-0.103751925596	0.133325263345	0.203218722361	0.0142528676591	0.0499878150578	0.0921871068795	0.000807271035096	0.0771256030139	13.1120878469	-8.00412234619	-26.4044040411
3	2.52185326379	-1.04447094772	-0.0393353915157	3.47756842838	-0.594492641205	2.38084378264	-0.0315918278513	0.0888095949335	-0.18568823834	-0.350124990241	0.00916709850459	0.0354558422916	0.622635237868	-0.410952641158	0.0662306511006	0.146428985978	-0.0658029106404	0.00632151056293	0.109835441513	-0.00599597728865	0.0522652024628	6.02287808083	-15.1753044283	-15.1601813359
4	0.886772947735	0.372440896047	-1.45727496319	6.18441497455	0.0369619272459	2.48106927885	0.040813302132	0.138015512684	-0.021084738757	-0.129870336983	-0.0251312802558	0.262549828435	0.0516278664492	-0.277317914527	-0.0630109268207	0.029799464364	-0.0138895530376	-0.00120337675189	0.0742854209528	-0.00434760057636	0.0650124744922	3.38015349077	-8.5287367065	-7.5260784969
5	2.04566149744	1.27067659557	-0.254533186297	2.65927386097	-0.359913987706	0.771244779438	0.00569654907567	-0.0384204565691	0.0604140295866	0.0554821859366	0.000647481477002	0.0408985540098	-0.0255558892702	-0.0622948357491	-0.00354998374763	0.0290588053071	0.00796317982102	0.00786120895082	0.0447418342368	-0.0151402570233	0.036000847538	8.48599677946	5.06655957755	-1.44489471861
6	1.83323262404	1.86522166953	0.675422614503	3.29474285684	1.5134514227	2.04284502395	-0.0976707943868	0.107576013362	-0.0131488563934	-0.149288204437	0.0539786227026	-0.0194031167859	-0.116022476807	0.00136291424329	0.0513047531028	0.0357031981413	0.00362634445262	0.00498848384625	0.0434425422599	0.0151064536645	0.0291091996644	13.8580612603	1.65511738907	-10.9743504723
7	0.263282783025	0.348690439265	0.383802203713	2.04735513952	1.99067249834	4.37847154676	0.00144270977299	0.0515344618973	-0.0238470394797	-0.0239865836494	0.032814145942	-0.14193623789	0.0960197904082	0.0434792710089	-0.0473754423924	0.0293257812951	0.000323243051824	0.00841040322426	0.0494877261149	0.0028695185633	0.0499262113874	16.4278144517	-5.78271044524	-10.8681901734
8	4.52804289877	-1.03241659839	0.000549321881882	3.68249738142	-4.19193792453	5.14687036666	0.0699841765522	-0.828578473045	0.0693884610269	0.818129938295	0.219709053115	-0.210513700185	0.0291914428128	0.733710382513	-0.0904355864171	0.184808998589	0.0340717360644	-0.0287034286393	0.220081546588	-0.0187450108924	0.0671579113996	17.6870114135	2.61784256318	8.46910956825
9	1.33647751186	0.491095122914	-0.497947030719	5.55735472584	2.08292202072	3.25454323498	-0.0348815478443	-0.0529202326525	-0.0517245061273	0.26016675987	0.0455048236795	0.0475870062491	0.279520263648	-0.0158371737559	-0.02204601947	0.0335902481131	0.00813498798303	-0.00825752645973	0.0506012849888	0.0158730062411	0.0498909316208	11.3611410635	-10.2569499177	0.538465387338
10	5.55608659717	-2.92531256027	-4.25948427998	6.3831963397	3.40982031156	5.40802154414	0.0748321734392	1.03222397685	-0.226901806615	-1.23303275993	-0.300803426247	-0.0322595631174	0.365453076369	-0.147710246738	0.140294114634	0.564030092507	0.00741865804653	0.0899633676467	0.194557664145	-0.0454158765084	0.176811106746	10.8237960935	-22.3534830452	-16.9776266013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 75 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 76 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 140 through 144 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 163 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 164 through 168 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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