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- PDB-6vt2: Sialic acid binding region of Streptococcus sanguinis SK1 adhesin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vt2
タイトルSialic acid binding region of Streptococcus sanguinis SK1 adhesin bound to sTa
要素Adhesin
キーワードCELL ADHESION / bacterial adhesion / adhesin / serine rich repeat / streptococcus
機能・相同性Immunoglobulin-like - #4140 / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Streptococcus sanguinis SK1 = NCTC 7863 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Stubbs, H.E. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008320-28 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)5T32EY007135-24 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106987 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI10400 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE019807 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Tandem sialoglycan-binding modules in a Streptococcus sanguinis serine-rich repeat adhesin create target dependent avidity effects.
著者: Stubbs, H.E. / Bensing, B.A. / Yamakawa, I. / Sharma, P. / Yu, H. / Chen, X. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_label_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _struct.title / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Chirality error / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin
E: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,50720
ポリマ－88,9152
非ポリマー3,59118
水29,4001632
1
A: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1599
ポリマ－44,4581
非ポリマー1,7028
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,34711
ポリマ－44,4581
非ポリマー1,89010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.213, 269.859, 47.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-705-

SO4

21A-1334-

HOH

31E-2023-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AE

#1: タンパク質 Adhesin


分子量: 44457.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis SK1 = NCTC 7863 (バクテリア)
株: SK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 1646分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Protein concentration: 72 mg/mL, Protein buffer: 150 mM NaCl, 20 mM tris pH 7.6, Reservoir solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgSO4, 0.01 M SrCl2. Crystals were soaked with 10 mM sTa and ...詳細: Protein concentration: 72 mg/mL, Protein buffer: 150 mM NaCl, 20 mM tris pH 7.6, Reservoir solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgSO4, 0.01 M SrCl2. Crystals were soaked with 10 mM sTa and cryoprotected with 40% (1:1 ethylene glycol: glycerol) and 60% reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 148960 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.52 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 9822 / CC1/2: 0.723 / % possible all: 61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VS7

6vs7


解像度: 1.52→35.66 Å / SU ML: 0.1703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8784
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 7361 4.96 %
Rwork0.177 141139 -
obs0.1778 148500 91.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→35.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6271 0 163 1692 8126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02166744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63499269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09741102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01191228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.79852479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.540.2888780.26141532X-RAY DIFFRACTION30.14
1.54-1.560.32572000.25913831X-RAY DIFFRACTION75.33
1.56-1.580.26832080.24133973X-RAY DIFFRACTION77.84
1.58-1.60.2662200.22634230X-RAY DIFFRACTION82.88
1.6-1.620.22862320.21624462X-RAY DIFFRACTION87.95
1.62-1.640.24652450.20624700X-RAY DIFFRACTION90.95
1.64-1.660.23512580.20434922X-RAY DIFFRACTION96.89
1.66-1.690.22712620.19375048X-RAY DIFFRACTION99.42
1.69-1.710.19822670.18585116X-RAY DIFFRACTION99.54
1.71-1.740.21882640.18555052X-RAY DIFFRACTION99.61
1.74-1.770.21962670.18185119X-RAY DIFFRACTION99.52
1.77-1.810.21762630.17545066X-RAY DIFFRACTION99.42
1.81-1.840.20442670.18445102X-RAY DIFFRACTION99.37
1.84-1.880.20972630.25063X-RAY DIFFRACTION98.83
1.88-1.920.39932450.37894756X-RAY DIFFRACTION92.49
1.92-1.960.19662650.18355071X-RAY DIFFRACTION98.67
1.96-2.010.18072670.16675091X-RAY DIFFRACTION99.61
2.01-2.070.18442700.16335186X-RAY DIFFRACTION99.6
2.07-2.130.17442640.1595065X-RAY DIFFRACTION99.53
2.13-2.20.16682660.15795102X-RAY DIFFRACTION98.84
2.2-2.270.2182990.17022028X-RAY DIFFRACTION39.08
2.27-2.370.17072680.15655122X-RAY DIFFRACTION99.12
2.37-2.470.17122320.15965172X-RAY DIFFRACTION99.76
2.47-2.60.1972620.16675136X-RAY DIFFRACTION99.48
2.6-2.770.17632730.16425167X-RAY DIFFRACTION99.13
2.77-2.980.17282770.16195170X-RAY DIFFRACTION98.64
2.98-3.280.17152830.16455176X-RAY DIFFRACTION99.56
3.28-3.750.17292070.15623960X-RAY DIFFRACTION74.99
3.75-4.730.1442710.1425260X-RAY DIFFRACTION98.28
4.73-35.660.19353180.18295461X-RAY DIFFRACTION98.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 83.0439347566 Å / Origin y: 72.130781572 Å / Origin z: -0.0373834230536 Å
111213212223313233
T0.110012642626 Å2-0.000338913415708 Å2-0.0262859924413 Å2-0.115885065317 Å20.000844570496594 Å2--0.108619937122 Å2
L0.00340118704233 °20.00269750276627 °2-0.0391509996525 °2-0.155968583924 °20.000578681324869 °2---0.0122779123531 °2
S0.0033901086868 Å °0.00162839842766 Å °0.00724743188164 Å °-0.00198660724297 Å °-0.00277566515303 Å °0.00347640598827 Å °-0.00369246642227 Å °-0.00167820080857 Å °-0.000291960449813 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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