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- PDB-6vrj: Solution structure of Pseudomonas aeruginosa IF3 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vrj
タイトルSolution structure of Pseudomonas aeruginosa IF3 C-terminal domain
要素Translation initiation factor IF-3
キーワードTRANSLATION / translation initiation factor 3
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation initiation factor activity / ribosome binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-3 / Translation initiation factor IF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhang, Y. / Li, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of Pseudomonas aeruginosa IF3 C-terminal domain
著者: Zhang, Y. / Li, L.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor IF-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2871
ポリマ－11,2871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, molecular weight as monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor IF-3


分子量: 11287.258 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain residues 81-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: infC, IPC47_09970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5E9LPE5, UniProt: Q9I0A0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-15N TOCSY
142isotropic23D CBCA(CO)NH
152isotropic23D HN(CA)CB
162isotropic23D HBHA(CO)NH
172isotropic23D C(CO)NH
182isotropic23D HNCO
193isotropic23D 1H-13C NOESY
1103isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.0 mM [U-15N] PaIF3C, 25 mM KPO4, 90% H2O/10% D2O25mM KPO4 buffer, DTT15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21.0 mM [U-13C; U-15N] PaIF3C, 25 mM KPO4, 90% H2O/10% D2O25mM KPO4 buffer, DTT13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution31.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PaIF3C, 25 mM KPO4, 100% D2O25mM KPO4 buffer, DTT13C15ND2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMPaIF3C[U-15N]1
1.0 mMPaIF3C[U-13C; U-15N]2
1.0 mMPaIF3C[U-99% 13C; U-99% 15N]3
25 mMKPO4natural abundance1
25 mMKPO4natural abundance2
25 mMKPO4natural abundance3
試料状態詳細: 25mM KPO4 buffer, DTT / イオン強度: 25 mM / Label: 15N-PaIF3C / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001600 MHZ Bruker Ultra Shield Plus NMR spectrometer
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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