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- PDB-6vq5: Crystal Structure of Epiphyas postvittana Pheromone Binding Protein 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vq5
タイトルCrystal Structure of Epiphyas postvittana Pheromone Binding Protein 3
要素Pheromome Binding Protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Insect Pheromone Binding Protein / Insect Odorant Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Odorant/pheromone binding protein, Lepidoptera / Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pheromome Binding Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Epiphyas postvittana (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hamiaux, C. / Carraher, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Epiphyas postvittana pheromone binding protein 3.
著者: Hamiaux, C. / Carraher, C. / Lofstedt, C. / Corcoran, J.A.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pheromome Binding Protein
B: Pheromome Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8524
ポリマ－36,6122
非ポリマー2402
水1629
1
A: Pheromome Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5463
ポリマ－18,3061
非ポリマー2402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pheromome Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3061
ポリマ－18,3061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.379, 53.379, 105.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 128 / Label seq-ID: 12 - 128

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Pheromome Binding Protein


分子量: 18305.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Epiphyas postvittana (蝶・蛾)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0K8TU48
#2: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 % / 解説: Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 12 % PEG 20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.67 Å / Num. obs: 9187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 72.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 2.249 / Num. measured all: 16455 / Num. unique obs: 1116 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.602 / Rrim(I) all: 2.329 / Net I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DQE

1dqe


解像度: 2.6→47.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 30.13 / SU ML: 0.285 / SU R Cruickshank DPI: 0.7092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.709 / ESU R Free: 0.318
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2589 505 5.5 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2183 8653 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.1 Å2 / Biso mean: 84.003 Å2 / Biso min: 56.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20 Å20 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----4.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 16 9 1860
Biso mean--119.93 72.94 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.6222525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2221.5874163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1165227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57425.38591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28715369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.584154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02339
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3531 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 34 -
Rwork0.335 651 -
all-685 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.363-0.02-1.85272.7762-0.27664.98150.10940.8275-0.3023-0.5253-0.10410.5371-0.0513-1.0628-0.00530.22170.0219-0.10230.3038-0.04590.116532.66654.93553.823
22.64951.67620.36845.6390.45365.81990.1493-0.394-0.39310.46370.00090.05730.9313-0.0002-0.15020.27160.0432-0.02250.12540.07360.081747.67232.97852.741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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