ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XDSデータ削減 Aimless0.7.3データスケーリング REFMAC5.8.0238精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 MoRDa位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1DQE解像度 : 2.6→47.66 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.949 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.931 / SU B : 30.13 / SU ML : 0.285 / SU R Cruickshank DPI : 0.7092 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.709 / ESU R Free : 0.318 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2589 505 5.5 % RANDOM Rwork 0.2161 - - - obs 0.2183 8653 99.98 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 157.1 Å2 / Biso mean : 84.003 Å2 / Biso min : 56.64 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.03 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 2.03 Å2 0 Å2 3- - - -4.05 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.6→47.66 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1835 0 16 9 1860 Biso mean - - 119.93 72.94 - 残基数 - - - - 230
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.007 0.013 1882 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 1785 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.377 1.622 2525 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.222 1.587 4163 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.116 5 227 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg35.574 25.385 91 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg16.287 15 369 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg8.584 15 4 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.061 0.2 248 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 2029 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 339
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 3531 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.08 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.391 34 - Rwork 0.335 651 - all - 685 - obs - - 100 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 7.363 -0.02 -1.8527 2.7762 -0.2766 4.9815 0.1094 0.8275 -0.3023 -0.5253 -0.1041 0.5371 -0.0513 -1.0628 -0.0053 0.2217 0.0219 -0.1023 0.3038 -0.0459 0.1165 32.666 54.935 53.823 2 2.6495 1.6762 0.3684 5.639 0.4536 5.8199 0.1493 -0.394 -0.3931 0.4637 0.0009 0.0573 0.9313 -0.0002 -0.1502 0.2716 0.0432 -0.0225 0.1254 0.0736 0.0817 47.672 32.978 52.741
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A12 - 128 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B12 - 128